linux系统fasta程序,求助：如何用命令对fasta格式的序列按长短排序

wang7131984 于 2009-05-20 15:05:28发表:

提供一种解法吧，就是把文本的格式改改

比如

>xxxx

yyyyyyyyyyyy

你就把它变成

char_num#>xxxxx#yyyyyyyyyyyyyyyyyy

然后你就可以排序.

最后将它还原为原来的格式

以下是使用ruby的实现

file = File.open "fasta"

list = []

loop do

key = file.gets

value = file.gets

break if value == nil

line = value.size.to_s << "#" << key << "#" << value

#这里你自己没说清楚，到底序列是指

#>xxxxxx

#yyyyyyyyyyyyy还是指

#yyyyyyyyyyyyyy，所以自己修改，我默认为下一种

list.push line

end

list.sort! #恩，这里有些问题，国内的ruby少的可怜。而我又没有ruby的帮助文档。这里需要修改一下sort的这个算法。因为ruby默认是按照ascii顺序排列的。所以5反而在10的后面。还有另一种方法是使用linux的sort工具 sort -n 可以实现按数字排序，但是中间要生成临时文件，自己实现。

tmpfile =File.open "fasta.tmp", "w"

list.each { |elem| tmp_list = elem.splist ( /#/ ); tmpfile.puts tmp_list[1], tmp_list[2]}

#system "mv fasta.tmp fasta"这句等你确认算法是对的再来执行吧

linux系统fasta程序,求助：如何用命令对fasta格式的序列按长短排序相关推荐

linux系统中如何查看日志 (常用命令)
linux系统中如何查看日志 (常用命令) cat tail -f 日志文件说明 /var/log/message 系统启动后的信息和错误日志,是Red Hat Linux中最常用 ...
嵌入式Linux系统编程学习之二常用命令
嵌入式Linux系统编程学习之二常用命令文章目录嵌入式Linux系统编程学习之二常用命令前言一.常用命令 1.su(用户切换) 2.useradd(添加用户) 3.passwd(修改密码) 4 ...
Linux系统和程序中的DEP和ASLR保护机制
2014年,OpenSSL加密库中的一个缓冲区溢出漏洞被公开.该缺陷被称为"心脏出血".它使受欢迎的在线服务和软件平台的数亿用户暴露于易受攻击的OpenSSL软件版本中.于是操作系 ...
linux清除文件后df还是满的,Linux系统下用du和df命令清除大文件的方法
很多用户表示,Linux系统中发现/home目录下剩余空间不足的时候,可以使用du和df命令来对找到大文件,并且对它们进行删除,从而腾出足够的空间.但是,如何用du和df命令清除大文件呢?下面,U大侠 ...
linux系统如何为软件升级,在Linux系统中怎样才能使用一个命令升级所有软件？...
今天小编要跟大家分享的有关Linux的文章中,是关于在Linux系统中怎样才能使用一个命令升级所有软件,熟悉Linux系统的小伙伴都知道,让我们的 Linux 系统保持最新状态会用到多种包管理器.比如 ...
linux系统下压缩和解压缩文件命令
linux系统下压缩和解压缩文件命令 1.把/home目录下面的mydata目录压缩为mydata.zip zip -r mydata.zip mydata #压缩mydata目录 2.把/home ...
如何查看Linux系统下程序运行时使用的库？
Linux系统下程序运行会实时的用到相关动态库,某些场景下,比如需要裁剪不必要的动态库时,就需要查看哪些动态库被用到了. 以运行VLC为例. VLC开始运行后,首先查看vlc的PID,比如这次查到的V ...
linux 关闭scp服务器,Linux系统如何关闭scp和sftp命令
Linux系统如何关闭scp和sftp命令. sftp介绍 sftp是Secure File Transfer Protocol的缩写,安全文件传送协议.可以为传输文件提供一种安全的加密方法.sftp ...
在linux中at 调度出错,linux系统中的调度延迟任务:at 命令
linux系统中的调度延迟任务:at 命令主要概念 at命令可以使命令稍后运行 batch命令可以让命令在机器负载较低的情况下运行可以直接进入命令,或者以脚本形式提交命令作业中的标准输出用邮件发 ...

linux系统fasta程序,求助：如何用命令对fasta格式的序列按长短排序

linux系统fasta程序,求助：如何用命令对fasta格式的序列按长短排序相关推荐

最新文章

热门文章