Igraph包绘制network

以下是Igraph包绘制网络图的小例子。

1.基础网络图绘制；

library(igraph)

# 创建数据框
links=data.frame(source=c("A","A", "A", "A", "A","J", "B", "B", "C", "C", "D","I"),target=c("B","B", "C", "D", "J","A","E", "F", "G", "H", "I","I"))

# 将数据框转变为igraph可用的对象
network <- graph_from_data_frame(d=links, directed=F)

#计算每个节点的数量
deg <- degree(network, mode="all")

# 绘图
plot(network, vertex.size=deg*6, vertex.color=rgb(0.1,0.7,0.8,0.5) )

2.将变量映射到network中的节点特性；

library(igraph)

# 创建数据框：links提供人与人之间的节点，nodes提供与人相关的特性
links <- data.frame(source=c("A","A", "A", "A", "A","J", "B", "B", "C", "C", "D","I"),target=c("B","B", "C", "D", "J","A","E", "F", "G", "H", "I","I"),importance=(sample(1:4, 12, replace=T))
)
nodes <- data.frame(name=LETTERS[1:10],carac=c( rep("young",3),rep("adult",2), rep("old",5))
)

# 将数据框转变为igraph可用的对象
network <- graph_from_data_frame(d=links, vertices=nodes, directed=F)

# 调用RColorBrewer调色板对应以上3种向量
library(RColorBrewer)
coul  <- brewer.pal(3, "Set1")

#创建一个矢量颜色
my_color <- coul[as.numeric(as.factor(V(network)$carac))]

# 绘图
plot(network, vertex.color=my_color)

# 添加图例说明
legend("bottomleft", legend=levels(as.factor(V(network)$carac))  , col = coul , bty = "n", pch=20 , pt.cex = 3, cex = 1.5, text.col=coul , horiz = FALSE, inset = c(0.1, 0.1))

3.更多局部样式的network；

  library(igraph)# 模拟数据集data <- matrix(sample(0:1, 400, replace=TRUE, prob=c(0.8,0.2)), nrow=20)network <- graph_from_adjacency_matrix(data , mode='undirected', diag=F )# 绘图par(mfrow=c(2,2), mar=c(1,1,1,1))plot(network, layout=layout.sphere, main="sphere")plot(network, layout=layout.circle, main="circle")plot(network, layout=layout.random, main="random")plot(network, layout=layout.fruchterman.reingold, main="fruchterman.reingold")

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