ComplexHeatmap包绘制热图(二)
前面我介绍了如何利用ComplexHeatmap包绘制简单的热图,现在我们绘制一个稍微复杂一些的热图
首先还是配置数据
data=matrix(rnorm(100),nrow=10)
colnames(data)=paste0('sample',1:10)
rownames(data)=paste0('gene',1:10)
head(data)
准备另外一个数据
anno_row=as.matrix(1:10)
rownames(anno_row)=paste0('gene',1:10)
colnames(anno_row)='bar_data'
anno_row
p1=Heatmap(data,col=c('blue','white','red'),cluster_rows = TRUE, cluster_columns = TRUE,name='expression',column_title = "samples",column_title_side="bottom")
p2 = rowAnnotation(width = unit(2, "cm"),bar_data = anno_barplot(anno_row,border = FALSE, axis = TRUE,gp = gpar(fill = "grey50",col = "white"),bar_with = 0.8,baseline=0))
p1+p2
这时候绘制的热图加bar图已经出现原形了
但是我也发现行名无法显示,这时候我们可以在p1的左侧加一个标签,或者是P2的右侧加一个文本
左侧加标签
left_anno=data.frame(gene_id=rownames(data))
left_annos = HeatmapAnnotation(df = left_anno,which = "row")
p1=Heatmap(data,col=c('blue','white','red'),cluster_rows = TRUE, cluster_columns = TRUE,name='expression',column_title = "samples",column_title_side="bottom",left_annotation=left_annos)
p2 = rowAnnotation(width = unit(2, "cm"),bar_data = anno_barplot(anno_row,border = FALSE, axis = TRUE,gp = gpar(fill = "grey50",col = "white"),bar_with = 0.8,baseline=0))
p1+p2
右侧加文本
p1=Heatmap(data,col=c('blue','white','red'),cluster_rows = TRUE, cluster_columns = TRUE,name='expression',column_title = "samples",column_title_side="bottom",left_annotation=left_annos)
p2 = rowAnnotation(width = unit(2, "cm"),bar_data = anno_barplot(anno_row,border = FALSE, axis = TRUE,gp = gpar(fill = "grey50",col = "white"),bar_with = 0.8,baseline=0))
p3=rowAnnotation(text = row_anno_text(rownames(data)), width = max_text_width(rownames(data)))
p1+p2+p3
当然ComplexHeatmap包绘制的不仅仅如此,还有很多其他的功能,这里先不介绍了,有兴趣的小伙伴可以研究研究哈!
ComplexHeatmap包绘制热图(二)相关推荐
- R语言:使用ComplexHeatmap包绘制热图
ComplexHeatmap包由顾祖光博士创建,用于绘制美观的热图,用颜色表示数据的聚合程度,相对美观. 使用手册见GitHub链接: https://jokergoo.github.io/Compl ...
- 跟着iMeta学做图|ComplexHeatmap包绘制热图展示不同样本物种相对丰度
本教程相关代码已经上传至 https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221125HeatmapOfAbundance 如果你使用本代码,请 ...
- R语言pheatmap包绘制热图
热图就是使用颜色来表示数据相关性的图.能绘制热图的R包很多,今天我们来介绍pheatmap包,这个包的特点是简单易学,图片精美. 废话不多说,我们先导入数据和R包 library(pheatmap) ...
- MATLAB画聚类热图,使用ComplexHeatmap简单绘制热图
ComplexHeatmap其实是一个很全面的R包,它除了可以绘制简单热图还有其他复杂实用的热图,这里主要简单的介绍一下如何用这个R包来绘制简单热图 1. 首先按照http://bioconducto ...
- nmf java_【rlt;-分析|绘图】 使用NMF包绘制热图
Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap函数实现,其余的热图函数都是基于它的修改.而aheatmap函数本身又是pheatmap包pheatmap函数的修改版本.引擎具体的优点作者 ...
- 服务器画热图显示无效的变量,使用pheatmap包绘制热图
加载所需R包 library(pheatmap) 设置工作路径 setwd("/Users/Davey/Desktop/VennDiagram/") # 清除当前环境中的变量 rm ...
- ComplexHeatmap绘制热图(一)
讲起热图,大家都会比较熟悉,绘制热图方式比较多,这里介绍的是ComplexHeatmap包绘制热图,首先配置数据,这里的自动生成一个10X10的矩阵 data=matrix(rnorm(100),nr ...
- R语言绘制热图(pheatmap包)
前言 **热图(Heatmap)**是一种使用颜色来可视化矩阵值的数据可视化工具,目前在各大领域有广泛的应用.本期介绍用R语言pheatmap包绘制热图.使用R自带的数据集mtcars,用热图可视化其 ...
- 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
文章目录 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图 检测安装加载包 创建测试数据集 一行命令绘图 调参美化 猜你喜欢 写在后面 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图 作者:刘梦瑶 ...
最新文章
- c语言多线程mysql_多线程读写mysql数据库
- java override 访问权限_java 重写(Override)的规则
- Centos6下安装中文字体
- 好的产品经理是怎样炼成的?
- 计算机组成原lta,计算机组成原理实验三运算器
- 默认以管理员启动_如何始终以管理员身份运行 CMD 命令提示符和 PowerShell
- java利用求余水仙花数_java求水仙花数
- MySql 性能优化
- Upload LABS Pass-2
- as5.4安装gcc和g++
- mysql命令成功数值不变_MySQL基础知识精华汇总_3(mysql基础命令操作)
- .Net读取Excel(包括Excel2007)
- 计算机审计风险背景,计算机审计风险探究
- 计算机主板虚拟化,启用Lenovo计算机BIOS虚拟化的方法
- win 7更改计算机用户名和密码错误,解决win7一开机就显示用户名和密码错误故障...
- JVM致命错误日志详解
- Visio2013 补丁
- nginx源码分析--master和worker进程模型
- 计算机导航窗格里没有桌面,今天解决win10 导航窗格怎么添加桌面的解决环节
- 阿里云服务器开放80端口