Echarts绘制差异代谢产物分类与KEGG通路分类的旭日图

文章目录

前言
数据准备工作
绘图
- excel旭日图的绘制
- ECharts旭日图的绘制
- - ECharts旭日图
  - 菜鸟编辑器修改后的旭日图
附演示代码

前言

整理实验数据，进行可视化，旭日图有利于简洁明了的展示多层次结构

数据准备工作

对公司返回回来的代谢组结果进行整理，在MSMS二级质谱结果中找到需要分析组别的csv格式文件，直接用excel打开（p值过滤后的数据）

在总表的结果文件中找到全部物质的KEGG信息和HMDB信息

利用vlookup函数对目的分组数据进行所需信息的匹配
对匹配后的物质进行手动筛选分类整理

绘图

excel旭日图的绘制

对上面分类汇总的数据设置如下（不要合并单元格，最后一列一定要赋值）

选中A列到D列区域的有效数据，插入-插入层次结构图表-旭日图，生成如下

注意：多层子目录不要命名，写一个，下面同样的空白即可；最后一列一定要赋值，没有具体的值可以像我一样全部写1，不然无法生成旭日图

ECharts旭日图的绘制

excel一键绘制旭日图虽然快捷简便，但许多细节无法按需调整，色彩饱和度过高，数据标签的摆放，圈内外径的调整等等都不方便，而下面使用echarts绘制旭日图尽管录入数据麻烦，但是出图美观，调整方便
可直接在 ECharts旭日图（我这里用的drink flavor，更适合我的展示需求）按数据准备中整理后的结果替换模板，实时可视化，便于调整，可出png和svg两种格式结果图
可根据 RGB颜色对照表自行替换想要颜色
画布大小问题
- 在线的echarts的画布大小是根据浏览器页面调整的，有时候会出现超出页面且下载后的图片也显示不全的情况（在线的就是显示什么样，下载下来就什么样），这时可调整最后option参数中r0和r的半径范围来控制整个图片大小
- 如果数据太多仍然显示不全，可使用另一个菜鸟在线编辑器，可设置画布大小（这里每次调整需重新运行，不能实时运行，建议在echarts中调整差不多后再到这边调整出图大小）。菜鸟只能直接出png格式，且默认最外层字体颜色随子扇叶（个人觉得更美观，不喜欢可以color: #000000)

ECharts旭日图

菜鸟编辑器修改后的旭日图

附演示代码

附编辑器内全部演示代码，echarts则只用var data部分即可。

<!DOCTYPE html>
<html>
<head><meta charset="utf-8"><title>ECharts 实例</title><!-- 引入 echarts.js --><script src="https://cdn.staticfile.org/echarts/4.3.0/echarts.min.js"></script>
</head>
<body><!-- 为ECharts准备一个具备大小（宽高）的Dom --> //设置画布大小<div id="main" style="width: 1200px;height:1200px;"></div> <script type="text/javascript">// 基于准备好的dom，初始化echarts实例var myChart = echarts.init(document.getElementById('main'));var data = [{name: 'Amino acid', //最里面第一层圈itemStyle: {color: '#B22222'},children: [ //第二层子圈{name: 'Cysteine and\n methionine metabolism',itemStyle: {color: '#DC143C'},children: [ //第三层子圈{name: '5-Methylthioadenosine',value: 1,itemStyle: {color: '#DC143C'}},]},{name: 'Glutathione metabolism',itemStyle: {color: '#CD5555'},children: [{name: 'Pyroglutamic acid',value: 1,itemStyle: {color: '#CD5555'}},]},{name: 'Lysine biosynthesis',itemStyle: {color: '#EE6363'},children: [{name: 'Aminoadipic acid',value: 1,itemStyle: {color: '#EE6363'}},]},{name: 'Tryptophan metabolism',itemStyle: {color: '#FF6A6A'},children: [{name: 'N-Acetylserotonin',value: 1,itemStyle: {color: '#FF6A6A'}},{name: 'L-Formylkynurenine',value: 1,itemStyle: {color: '#FF6A6A'}},]},{name: 'Tyrosine metabolism',itemStyle: {color: '#FA8072'},children: [{name: 'Normetanephrine',value: 1,itemStyle: {color: '#FA8072'}},]},]},{name: 'Carbohydrate',itemStyle: {color: '#CD950C'},children: [{name: 'Amino sugar and\n nucleotide sugar metabolism',itemStyle: {color: '#EEAD0E'},children: [{name: 'Chitobiose',value: 1,itemStyle: {color: '#EEAD0E'}},{name: 'N-Acetyl-D-glucosamine',value: 1,itemStyle: {color: '#EEAD0E'}},]},{name: 'Glycolysis / Gluconeogenesis',itemStyle: {color: '#FFB90F'},children: [{name: 'D-Glucose 1-phosphate',value: 1,itemStyle: {color: '#FFB90F'}},]},{name: 'Butanoate metabolism',itemStyle: {color: '#CDAD00'},children: [{name: '(R)-3-Hydroxybutyric acid',value: 1,itemStyle: {color: '#CDAD00'}},]},{name: 'Starch and sucrose metabolism',itemStyle: {color: '#FFD700'},children: [{name: 'Glucose 6-phosphate',value: 1,itemStyle: {color: '#FFD700'}},]},{name: 'Citrate cycle (TCA cycle)',itemStyle: {color: '#FFA500'},children: [{name: 'Citric acid',value: 1,itemStyle: {color: '#FFA500'}},{name: 'Succinic acid',value: 1,itemStyle: {color: '#FFA500'}},]},{name: 'C5-Branched dibasic acid\n metabolism',itemStyle: {color: '#CD8500'},children: [{name: 'Mesaconate',value: 1,itemStyle: {color: '#CD8500'}},]},{name: 'Pentose and \nglucuronate interconversions',itemStyle: {color: '#FF8C00'},children: [{name: 'Ribitol',value: 1,itemStyle: {color: '#FF8C00'}},]},]}, {name: 'Cofactors and\n Vitamins',itemStyle: {color: '#20B2AA'},children: [{name: 'Retinol metabolism',itemStyle: {color: '#53868B'},children: [{name: 'Stale',value: 1,itemStyle: {color: '#53868B'}},]},{name: 'Biotin metabolism',itemStyle: {color: '#008080'},children: [{name: 'Biotin',value: 1,itemStyle: {color: '#008080'}},{name: 'Dethiobiotin',value: 1,itemStyle: {color: '#008080'}},]},{name: 'Vitamin B6 metabolism',itemStyle: {color: '#008B8B'},children: [{name: '4-Pyridoxic acid',value: 1,itemStyle: {color: '#008B8B'}},]},{name: 'Nicotinate and nicotinamide \nmetabolism',itemStyle: {color: '#79CDCD'},children: [{name: 'Quinolinic acid',value: 1,itemStyle: {color: '#5F9EA0'}},]}, {name: 'Thiamine metabolism',itemStyle: {color: '#20B2AA'},children: [{name: '5-(2-Hydroxyethyl)-4-methylthiazole',value: 1,itemStyle: {color: '#20B2AA'}},]},{name: 'Pantothenate and \nCoA biosynthesis',itemStyle: {color: '#00CED1'},children: [{name: 'Pantothenic acid',value: 1,itemStyle: {color: '#00CED1'}},]},  {name: 'Folate biosynthesis',itemStyle: {color: '#48D1CC'},children: [{name: 'Pyrimidodiazepine',value: 1,itemStyle: {color: '#48D1CC'}},]},  {name: 'Ubiquinone and other \nterpenoid-quinone biosynthesis',itemStyle: {color: '#40E0D0'},children: [{name: 'Dehypoxanthine futalosine',value: 1,itemStyle: {color: '#40E0D0'}},]},{name: 'Riboflavin metabolism',itemStyle: {color: '#AFEEEE'},children: [{name: 'Lumichrome',value: 1,itemStyle: {color: '#AFEEEE'}},{name: 'Riboflavin',value: 1,itemStyle: {color: '#AFEEEE'}},]},]},{name: 'Lipid',itemStyle: {color: '#CDB38B'},children: [{name: 'Fatty acid biosynthesis',itemStyle: {color: '#EECBAD'},children: [{name: 'Myristic acid',value: 1,itemStyle: {color: '#EECBAD'}},]},{name: 'alpha-Linolenic acid metabolism',itemStyle: {color: '#FFDAB9'},children: [{name: 'Stearidonic acid',value: 1,itemStyle: {color: '#FFDAB9'}},]},{name: 'Steroid biosynthesis',itemStyle: {color: '#EED5B7'},children: [{name: 'Lathosterol',value: 1,itemStyle: {color: '#EED5B7'}},]},{name: 'GlycerophosphoLipid',itemStyle: {color: '#FFE4C4'},children: [{name: 'Glycerol 3-phosphate',value: 1,itemStyle: {color: '#FFE4C4'}},]},]},{name: 'Nucleotide',itemStyle: {color: '#2E8B57'},children: [{name: 'Purine metabolism',itemStyle: {color: '#3CB371'},children: [{name: 'beta-D-3-Ribofuranosyluric acid',value: 1,itemStyle: {color: '#3CB371'}},]},{name: 'Pyrimidine metabolism',itemStyle: {color: '#8FBC8F'},children: [{name: 'Cytosine',value: 1,itemStyle: {color: '#8FBC8F'}},{name: 'Thymine',value: 1,itemStyle: {color: '#8FBC8F'}},{name: 'Dihydrouracil',value: 1,itemStyle: {color: '#8FBC8F'}},]},]},{name: 'Xenobiotics',itemStyle: {color: '#CD96CD'},children: [{name: 'Neomycin, kanamycin and\n gentamicin biosynthesis',itemStyle: {color: '#AB82FF'},children: [{name: 'Gentamicin C1a',value: 1,itemStyle: {color: '#AB82FF'}},]},]},
];
option = {title: {textStyle: {fontSize: 14,align: 'center'},subtextStyle: {align: 'center'},sublink: 'https://twocanis.github.io/'},series: {type: 'sunburst',data: data,radius: [0, '95%'],sort: undefined,emphasis: {focus: 'ancestor'},levels: [{},{r0: '13%', //内径r: '30%', //外径itemStyle: {borderWidth: 2},label: {align: 'right',  //调整文字摆放方向fontSize: 14, //调整label字符大小color:'#000000', //使文字显示为黑色}},{r0: '30%', //下一个圈的内径要和上一个全2外经一致才不会出现交错r: '68%',label: {align: 'right',fontSize: 14,color:'#000000'}},{r0: '68%',r: '70%',label: {position: 'outside',padding: 3,fontSize: 14, //这里不额外设置颜色则和母扇叶颜色一致silent: false},itemStyle: {borderWidth: 4}}]}
};// 使用刚指定的配置项和数据显示图表。myChart.setOption(option);</script>
</body>
</html>

Echarts绘制差异代谢产物分类与KEGG通路分类的旭日图相关推荐

echart旭日图_海报级设计感的旭日图，就在 ECharts 4.0
2018 年 1 月 16 日 ECharts 发布了 4.0,其中包括一种新的图表系列--旭日图. 普通旭日图: 文艺旭日图: 2B 旭日图--这货真的长得像个旭日啊 щ(ﾟДﾟщ): 可能大家印象 ...
Nature综述：从土壤到临床-微生物次级代谢产物对抗生素耐受性和耐药性的影响...
编译:微科盟小木,编辑:微科盟茗溪.江舜尧.转载来源<微生态>公众号导读次级代谢产物深刻影响着微生物生理.代谢和应激反应.越来越多的证据表明,这些分子可以调节微生物对常用抗生素的敏感性 ...
STE：环境菌群代谢产物可预防炎症症状
点击上面蓝字关注我们导读您是否有在某个"病了"的建筑中呆久了,就会感觉到不舒服,比如眼睛痒.流鼻涕.喉咙干痛.局部皮肤痒或者发红.头疼或者感觉疲劳?其实早在20世纪70年 ...
的生物合成方式主要包括_J EXP BOT 综述| 植物次级代谢产物在调控微生物组组分及功能中的作用...
点击上方植物代谢情报站关注我们您的关注,是对我们最大的支持! 原创微文,欢迎转发转载. 2020年9月,德国University of Cologne的研究人员在Journal of Exper ...
ERJ | 马来西亚三城室内环境微生物/代谢产物与初中生哮喘的关联
导读哮喘是一种常见的与过敏相关的慢性呼吸道疾病,影响全球超过 3.5 亿患者.在包括澳大利亚.爱尔兰和英国在内的许多国家,有哮喘症状(气喘或哮鸣音)的人群占 30%以上,对公众健康构成严重威胁.流行 ...
MPB：南农成艳芬组-瘤胃厌氧真菌代谢产物的检测方法
为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...
MS｜谢黎炜组发现混合益生菌制剂及其代谢产物可缓解结肠炎
目前,炎症性肠病(Inflammatory Bowel Disease, IBD)由于发病率高且治愈率低,现已成为全球公共卫生问题.虽然该病的发病机制尚不清楚,但肠道微生物群与炎症信号之间存在的潜在关 ...
Linux次级代谢物分析,9大验证，精准靶向代谢组学技术对植物各部分次级代谢产物分析研究...
前言 2020年2月24日加拿大研究者Jie chen在<Scientific Reports>发表的题为"Secondary Metabolites Profiled in C ...
PBJ | 华中科大宁康组揭示甘草根转录组-微生物群落-次级代谢产物调控模式
近日,华中科技大学宁康教授团队针对野生和栽培甘草根的基因表达,次生代谢产物含量及根系微生物群落分布展开了深入研究,提出了野生和栽培甘草基因表达-微生物群落-代谢产物调控模式.相关研究成果以" ...

Echarts绘制差异代谢产物分类与KEGG通路分类的旭日图

文章目录

前言

数据准备工作

绘图

excel旭日图的绘制

ECharts旭日图的绘制

ECharts旭日图

菜鸟编辑器修改后的旭日图

附演示代码

Echarts绘制差异代谢产物分类与KEGG通路分类的旭日图相关推荐

最新文章

热门文章