pysam筛选reads写bam

使用pysam从bam中筛选reads

bamfile = 'Final.bam'
bam = pysam.AlignmentFile(bamfile, "r")
outfile = pysam.AlignmentFile('out.bam', "wb", template=bam)
ALL = set()
for reads in bam:status = '''some filters'''if status:outfile.write(reads)print(reads.qname)ALL.add(reads.qname)else:continue
bam.close()
outfile.close()

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