生物信息学习——bowtie实例解析

-a——保留bowtie 报告所有有效的比对（服从比对策略：-v 2）.在这种情况下，bowtie在大肠杆菌基因组中发现5个不准确匹配;1个hit（列出的第二个）有1个配错数，而其他4个hit有2个配错数。四个在反向参考链上，一个在正向链上。注意，它们没有按照从最好到最差的顺序列出。[注意：如果不加-a 则只显示一个结果（上面结果的第一列）]

-v——两种模式之一（另一种模式是-n），在-v模式下，后面的数字表示最高配错数V，其中V可以是从0到3的数字。不考虑高保真区也不保证碱基质量。-v选项与-n选项互斥。通过改变V的值可以对比对结果造成影响，当V=3时，结果时所有错配数<=3的比对信息。
-c——输入项：-c 后面的是直接输入的要比对序列，-f后面的是FASTA文件（扩展名是.fa/.fna/.mfa），-q后面的是FASTQ文件（扩展名是.fq/.fastq），[注意：此项默认是-q，所以如果不填，则后面的文件要是fastq文件，否则报错]

-k——显示的结果数，当-k设置为3时，结果只显示3个，（由上面的例子中我们知道总共有5个结果）[注意：当-k的值设置的大于总共的值时（如-k为6），只显示全部（即5个），同样不加-k选项，则结果只显示一条，相当于-k=1]

--best——保证在报告文件中，结果按照匹配质量有高到低排列。此处指错配数最少。

--strata——与-best连用，使结果只输出匹配质量最高的那一部分。

-m——限制输出，当比对结果数大于M时，不报告，当结果数小于或等于M时，报告。[注意：M选项是最后判断的。]

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