KEGG COMPOUND 数据库
kegg compound 数据库存储了在生命活动中发挥作用的各种小分子,生物大分子和其他类型的化学物质,采用C number 进行标识,比如C00047
, 代表L-赖氨酸。除了名称等信息外,还存储了该物质的化学结构和其他相关信息;
对于所有compound 的分类详见 Brite 数据库
http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?br08001.keg
包括有机酸, 脂类, 碳水化合物, 核酸,肽链,维生素和辅助因子,类固醇,激素和递质,抗生素共9大类别;
看下每条记录的详细信息,以甲酸C000
为例
http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?cpd:C00058
上面的信息可以分成两大类:
1.基本信息
Entry | C Number, 在数据库中的唯一标识符 |
---|---|
Name | 名称 |
Formula | 化学式 |
Extract Mass | 质量 |
Mol weight | 分子量 |
structure | 结构 |
2.与其他数据库的链接
Reaction | 该分子涉及到的的Reaction |
---|---|
Pathway | 该分子参与的通路 |
Module | 该分子参与的module |
Enzyme | 该分子相关的酶 |
DB | 第三方数据库的链接 |
Reaction 数据库存储的是各种compound 之间的反应,所以会有Reaction的链接,比如 R00134
Pathway 数据库整合了ko, module, reaction, compound 等多个数据库库的信息,所以也会给出compound 参与的通路,在通路中,对应的compound 会高亮显示, 如下图中红色标记的圆形。
Module 是ko的集合,但是ko只是基因集,真正参与生命活动的是这些基因的产物,在产物发挥作用的时候,也需要compound 的参与,所有会给出compound 相关的module。
Enzyme 数据库保存各种酶的相关信息,酶作为催化剂调控一些生物学过程的发生和进行,在这个过程中肯定也会有compound 的参与;比如1.1.1.306 这种酶催化的反应中, 供体提供甲酸才能进行反应,所以会给出compound 对应的Enzyme 编号;
总结
compound 数据库存储了参与生命活动的各种分子的信息,数据库中的记录用C Number唯一标识, 每条分子都有对应的化学式,结构式,分子量等基本信息;
compound 和reaction , module, pathway, enzeme 等多个数据库都有联系;
KEGG COMPOUND 数据库相关推荐
- KEGG Enzyme 数据库
生物体内的大多数反应都需要酶的参与,酶在生命活动中发挥了重要作用.IUBMB/UPAC 国际标准化命名委员会对已经发现的酶都提供了标准化的的命名方式,叫做EC number. KEGG ENZYME ...
- KEGG Drug 数据库
kegg drug 数据库是一个药物相关信息的综合数据库,包括了在日本,美国,欧洲上市的的药物.所有在日本上市的药物,不论处方药还是非处方药,包括天然药物和中药,都会在Drug 数据中有对应的记录:对 ...
- KEGG Disease 数据库
kegg disease 数据库收录了已经报告的各种疾病的信息,每个记录用H Number 唯一标识, 比如H00004. 在kegg 中,将疾病视作分子网络的一个不正常的状态.所有的遗传因素,环境因 ...
- 从KEGG BRITE数据库下载数据
因为笔者学习需要从KEGG BRITE数据库下载数据,在这里记录一下. 系统:UBUNTU22 结果
- KEGG pathway 数据库
pathway 建立在ko 数据库的基础上,基于我们对生命活动中的分子相互作用和化学物质的反应的认识,构建了复杂的调控网络,采用通路图的形式,进行展示. 通路图中融合了ko, module, comp ...
- KEGG在线数据库使用攻略
本文转载自"美吉生物",己获授权. KEGG简介 KEGG是一个整合了基因组.化学和系统功能信息的数据库.把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞.物种和生态系统水 ...
- KEGG数据库,除了pathway你还知道哪些
欢迎关注"生信修炼手册"! KEGG称之为京都基因组百科全书,作为一个综合型的数据库,和NCBI类似,它也是有各个子数据库构成的,本文作为一个合集,整理了之前推送的KEGG数据库相 ...
- KEGG数据库与代谢通路图解读
KEGG的简介 KEGG是一个整合了基因组.化学和系统功能信息的数据库.把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞.物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一.与其他 ...
- 使用kegg数据库的一点见解
使用kegg数据库的一点见解 对kegg这个数据库感兴趣主要是看到Jimmy之前在推文中讲到做GSEA分析还是用kegg原始数据库好,因为msigdb这个数据库关于通路的数据是比较老的.而另外一个原因 ...
- 一文快速读懂 KEGG 数据库与通路图
一.介绍 在进行生物学实验或者生物信息的学习中,都会听说KEGG富集分析,而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环. 这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1995年开 ...
最新文章
- php屏蔽审查元素,前端:屏蔽F12审查元素,禁止修改页面代码
- 题目1103:二次方程计算器
- 解锁云原生 AI 技能|在 Kubernetes 上构建机器学习系统
- [Python人工智能] 三十四.Bert模型 (3)keras-bert库构建Bert模型实现微博情感分析
- Document类型知识大全
- (寒假CF)Choosing Symbol Pairs
- aws架构_如何使用AWS构建可扩展架构
- qt.pro转成vs程序
- 成员变量(全局变量)和局部变量区别
- java 输出xml文件_java解析xml文件并输出
- mysql in 索引_关于MySQL种的in函数到底走不走索引、我和同事差点大打出手!
- linux下 添加一个新账户tom,linux 账户管理命令 useradd、groupadd使用方法
- Android反编译工具
- SI4463的数据冲撞解决办法
- QTableView效率优化3 - 自定义Model的内容补充
- 4 卷积的拉普拉斯变换
- 如何用来客商城改造成种草商城
- [1-1] 把时间当做朋友(李笑来)Chapter 1 【心智的力量】 摘录
- 【Python 项目】02 微信定时发送消息
- h5案例分享 京东:有爱圣诞 无限京喜