TASSEL5进行GWAS中亲缘关系的估计

TASSEL5可以使用基因型文件进行群体亲缘关系的估计，主要过程如下：

一、删除单态性的位点

导入基因型文件mdp_genotype，点击Filter选项，选择Sites。弹出以下界面：

设置最小等位基因频率为0.05，复选Remove minor SNP states选项。点击Filter，产生过滤后文件。

二、估计亲缘关系

选择过滤后的基因型文件，点击Analysis-Kinship选项。

弹出以下界面：

点击OK选项，产生亲缘关系矩阵文件。

也可以对过滤后的基因型文件进行Impute（填充），再用于进行亲缘关系的估计。

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二、估计亲缘关系

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