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生信分析第一步：R语言基础应用以及数据前处理

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R包下载
使用GEOquery包下载原始数据
芯片数据读取
GEOquery 下载并读取数据
提取GEO表达矩阵
提取GEO注释信息
提取GEO芯片样本及临床信息

前言

用最精简的代码展示生信分析的全部流程

一、如何一步安装生信所有R包

生信分析过程中会用到各种各样的R包。当我们在全身心投入到数据分析的工作中，突然发现有个R包尚未安装，而安装过程又费时费力还往往出现安装错误，这会很影响我们的工作效率。本节代码可以一步安装我们生信分析中遇到的95%的R包，做好前期准备工作，会让我们以后的分析畅通无阻。

首先安装BiocManager，若已安装则跳过if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager",ask = F, update = F)}安装stringr，若已安装则跳过if (!requireNamespace("stringr", quietly = TRUE)) { install.packages("stringr",ask = F, update = F)}去重，识别有无github格式的安装包pkgs <- unique(pkgs)pkgs2 <- pkgslogi <- stringr::str_detect(pkgs2, "/")pkgs2[logi] <- stringr::str_match(pkgs2[logi], ".*/(.*)$")[,2]安装pkgs中尚未安装的包new <- !(sapply(pkgs2, requireNamespace, quietly = T))显示需安装的包if (sum(new) > 0) {cat("pkgs to install: ", pkgs[new], "\n")} else {cat("All pkgs already installed \n")}install pkgsif(any(new)) BiocManager::install(pkgs[new], ask = F, update = F)
}需要安装的pkgs ----pkgs <- c("tidyverse", "limma", "affy", "oligo", "lumi","beadarray", "GEOquery", "simpleaffy", "gcrma", "readxl","impute", "genefilter", "pd.hugene.1.0.st.v1", "pd.hg.u133.plus.2","tkWidgets", "illuminaHumanv4.db", "AnnotationDbi", "org.Hs.eg.db","hgug4112a.db", "AgiMicroRna", "sva", "DESeq2", "edgeR","lumiHumanIDMapping", "remotes", "pheatmap", "shiny", "aggregation","tidyverse/dplyr", "limma", "hwriter", "devtools")安装pkgs中的R包 ----pkgs_in(pkgs)

# 最后运行pkgs_in()时应无提示，表明安装成功；

# library()，不报error，提示安装成功。

# 若仍有安装不成功的包，可参考下节的方法。

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一、如何一步安装生信所有R包

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