在线作图丨差异分析——在线做Stamp分析

Q1：什么是RDA分析？
Stamp软件是一款用于组间差异分析的软件，适用于多种类型的组间差异分析，比如物种分布及丰度差异、基因差异、功能差异等等。该软件2014年发表于Bioinformatics，几乎适用于所有的组间差异分析，目前已被引用数百次。TUTU网站提供Stamp分析工具的在线分析功能，无需安装软件即可实现组间差异可视化。示例：The two runs showed similar trends, with CNSL feeding increasing the lipid, carbohydrate and vitamin metabolisms. However, these differences became significant (P < 0.01) only in Run 2 at the higher CNSL dose (Fig).参考文献：Network analysis and functional estimation of the microbiome reveal the effects of cashew nut shell liquid feeding on methanogen behaviour in the rumen。

Q2：如何不使用R语言进行Stamp分析？
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（www.cloudtutu.com，免费的哦~），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，不必注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到Stamp分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在2分钟内获得一张精美的Stamp分析图喽~
话不多说，我们开始行动吧~

Step 1 上传数据
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。
平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别。
a)准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物OTU表、物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表，也可以是测量数据，例如身高、体重、表型等）；
b)表格需要带表头和列名，第一行为样本名，第一列为各种指标名（如OTUID，genus等）。
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后上传该文件。

Step 2 设置参数
2.1 在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称和样品名称。不填写分组信息无法运算！

2.2 筛选显示种类：按需自行选择要用的样本进行作图

2.3 选择比较组：对比的两个组，如A、Aa
2.4 qvalue值：0.05、0.01两种值选择
2.5 颜色选择：左右两个色系分别对应两个比对组的填充颜色

Step 3 下载文件
根据个人需求进行参数调整后点击运行后等待5-10秒即可下载结果，平台提供PDF格式的矢量图下载，表格文件可用于后续分析。

Step 4 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件（Inkscape或AI）进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编微信获取。下载表格文件可以用于后续分析。

结果说明
以物种差异分析Stamp分析结果为例：左侧为柱状图，显示两组间的数值差异（如物种丰度差异）。右侧为点棒图，显示两组间的物种分别在两组样本中所有物种的百分比。

写作建议
Other metabolisms related to feed degradation and important metabolisms for cattle nutrients are summarized in Figure 4C. This prediction indicates that CNSL feeding might activate the metabolism of starches (P < 0.01), including cellulose, and the metabolism and biosynthesis of fatty acids, including propionate or butyrate (P < 0.05). In regard to the metabolism of amino acids, the effect of the CNSL feeding differed among the amino acid species. Histidine (P < 0.01) and tryptophan (P < 0.05) metabolism appeared to be suppressed by the CNSL feeding, whereas the phenylalanine, cysteine, methionine and tyrosine metabolisms were activated (P < 0.01). （参考文献：Network analysis and functional estimation of the microbiome reveal the effects of cashew nut shell liquid feeding on methanogen behaviour in the rumen）

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