新冠病毒做进化树covidseq

1:将下机数据与参考基因组进行比对和变异检测

2:生成全基因组水平的一致性序列
参考链接：https://samtools.github.io/bcftools/howtos/consensus-sequence.html
cat reference.fa | bcftools consensus calls.vcf.gz > consensus.fa

3:构建基因组水平的进化树
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/help/HowTo/#sequence_clustering_and_phylogenetic_analysis

变异检测：Snippy
多重序列：MAFF
构建进化树：pplacer/iqtree/FastTree/RAxML/Gubbins
进化树可视化：Figtree

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