2021年nanopore第12期培训班(线上)开始报名。本期主题为“nanopore测序基因组拼接数据分析”。nanopore测序实时,快速,便携,长度长,高通量等诸多特点,特别适合微生物研究。在新冠病毒研究以及后续病毒溯源方面都会有重要的应用。本次培训班,我们将系统介绍纳米孔测序在基因组拼接中的应用,并新增两章新冠病毒数据分析专题。通过本次培训班你将完成以下五大主题:1、熟悉纳米孔测序;2、配置数据分析工作环境;3、纳米孔测序基因组拼接;4、新冠病毒数据分析;5、基因组序列分析。

课程特色  

1、内容丰富,循序渐进,从零基础开始学习;

2、以完整项目为案例,提供超高配置服务器亲自上手操作,快速掌握技能;

3、线上教学,可以周末在家中学习,提供录屏,可供回看;

4、130多页讲义,400多张PPT,600多行案例代码提供丰富学习材料。

主讲老师

王通

曾任职于华大基因,12年以上生物信息分析经验,擅长基因组拼接,处理过细菌,真菌,宏基因组,动植物,病毒,RNAseq等各种物种基因组拼接,处理过illumina,454,pacbio等测序技术数据。nanopore测序技术专家,阅读nanopore相关文献百余篇,撰写nanopore测序技术数据分析中文专栏,已完成nanopore培训11期。曾任华大基因高级讲师。2015年开始创业,主要做生物信息培训工作。国内最早生物信息教学视频制作者,已制作视频600集以上。目前已在北京、上海、广州、深圳、哈尔滨、杭州、武汉、南京、长春、青岛、重庆、海口等组织42场培训班,培训经验丰富,线上线下累计学员超过6000多名。公众号“基因学苑”作者,已写作生物信息教程800多篇。

课程安排  

(根据教学进度现场情况适当调整进度)

时间

主题

课程安排

第一天(上午)

课程介绍

一、纳米孔测序技术简介

纳米孔测序技术介绍

纳米孔测序的应用

测序原理

不同测序平台比较

纳米孔测序的错误问题

二、熟悉Linux系统

登录Linux系统

传输文件

Linux基本操作

第一天(下午)

安装软件

目录结构

编写脚本

三、利用bioconda管理生物软件

安装bioconda

纳米孔测序分析软件安装

下载练习数据

第二天(上午)

纳米孔数据处理

四、纳米孔数据处理

fast5文件格式

利用guppy进行basecalling

拆分barcode

利用nanopplot进行数据质控

利用filtlong进行数据过滤

测序数据可视化

五、纳米孔基因组拼接

纳米孔测序基因组拼接原理

常用nanopore数据拼接软件

小基因组拼接

第二天(下午)

纳米孔基因组拼接

动植物基因组拼接

六、拼接结果统计及评估

拼接结果统计

N50

quast组装结果评估

BUSCO评估

不同数据混合拼接

illumina测序数据拼接

方案几种拼接方案的比较

不同条件对拼接结果的影响

 

七、拼接结果优化

组装结果优化原理

medaka组装结果纠错

pilon组装结果纠错

racon组装结果纠错

第三天(上午)

新冠病毒数据分析

八、拼接新冠病毒基因组

拼接新冠病毒参考序列

病毒序列富集

病毒基因组拼接原理

一致性序列得到病毒基因组

ARTICNetwork工作流程

九、新冠病毒基因组分析

聚类分析

变异检测

构建系统发育树

变种病毒识别

第三天(下午)

拼接结果优化及分析

十、序列分析

基因预测

基因功能注释

ncRNA分析

重复序列分析

结果统计

在线分析

报名须知  

培训时间:2021年7月23日~25日 (每天上午9:00-下午5:00)

培训费用:4900元 

上课方式:腾讯会议直播

付款方式  

付款方式:银行对公转账
户      名:
青岛同源基因科技有限责任公司
开户银行:
中国建设银行青岛高新区支行
账户:
37101006101052502221

也可以公务卡微信支付宝扫码支付等,会议通知等请联系工作人员。

报名方式  

扫描下方二维码,添加微信报名,备注nano

常见问题

1、零基础是否可以学会?

完全没有问题,我们本次培训班会从零开始,一步步带领大家逐步熟悉nanopore测序相关的原理以及具体操作。不要害怕自己是零基础,如果不学习,永远都是零基础。

2、对计算机有要求吗?

对计算机要求不高,因为我们主要分析部分都是通过远程服务器来完成的,我们会给每个用户一个账户密码,远程登录到我们2T内存的服务器上,2T内存可以让每个用户都现场完成分析。如果有条件,我建议准备两个屏幕,一个评估观看直播,一个同步操作,这样最好。

3、Mac电脑是否可以?

苹果电脑完全没有问题,也可以远程登录服务器和传输文件,不过我们课程介绍的最后一个组间统计检验的软件stamp,该软件本身对mac系统支持不好,所以,这个软件可能用不了,其他的都没问题,不过根据我的经验,windows系统可能更方便一下,当然这个也看个人习惯。

4、如何付款?

可以对公转账,也可以支付宝微信转账。

5、上完课就能够自己做分析了吗?

可以,如果你现在手里就有纳米孔测序的数据,或者即将开始要测序,我们课上会介绍完整纳米孔数据分析流程,也都会给出案例代码,回去之后,只需要会修改文件名部分,就可以自己完成分析。

6、可以开发票吗?

可以,具体开票内容可以填写到报名回执清单里,开票内容可以在里面进行勾选。

7、需要做哪些准备?

因为我们培训以实际操作为主,有很多操作部分,这些操作都是敲代码完成,所以,最好提前熟悉Linux操作,我们会提前发送一下这方面的学习资料,希望大家提前预习,上课也会详细介绍,如果提前预习,效果会更好。

8、视频可以回看吗?

可以,直播的内容,我们会分段剪辑,然后发给大家,大家可以继续巩固学习。

最后,欢迎大家报名参加我们本次培训班。

9、课程具体时间安排?

每天上午9点正式开始,5点半结束,具体上午9点至中午12点,下午1点半至5点,然后答疑时间,平均每1小时休息10分钟答疑时间。

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