三代16S多样性文献导读

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Sci Total Environ

译名：城市化促进了淡水微生物群中的特定细菌和潜在的病原体

时间：2022-11

期刊：Science of the Total Environment

影响因子：6.551

DOI：10.1016/j.scitotenv.2022.157321

淡水生态系统的微生物群落既复杂又多变，其结构受当地环境和生物的制约。不断增长的城市化和城市人口对淡水环境造成了不利影响。为确定与城市化相关的淡水微生物群落的差异，利用PacBio测序平台，对柏林城市和农村污水处理厂的地表水和沉积物进行了全长16S rRNA基因测序。

结论：1、水样显示出高度栖息地特异性的细菌群落，多个属显示出清晰的城市特征。确定了城市栖息地的潜在有害细菌群，如Alistipes、埃希菌/志贺氏菌、立克次体和链球菌。2、城市化通过同时变暖和富营养化改变了湖泊中的自然微生物群落，并创造了有利条件，促进特定细菌属，包括潜在病原体的生长。3、在全球城市化迅速扩大之际，城市化水体长期健康风险的可能性增加。结果突出了采取缓解措施的紧迫性，例如有针对性的湖泊恢复项目和可持续水体管理。

Mol Ecol Resour

译名：真核生物rRNA扩增子测序：新引物的评估

时间：2022-8

期刊：Molecular Ecology Resources

影响因子：6.286

DOI：10.1111/1755-0998.13623

基于高通量测序的微生物多样性分析在过去十年中有了很大的发展。真核生物的常用小于500bp的扩增子对18S rRNA基因可变区进行短读长测序。然而，应用长读测序来提高分类学分辨率的研究越来越多。该研究针对18S和28S rRNA设计了新引物，且将这些引物与参考序列数据库和海洋宏基因组学数据集上公布的引物进行了评估。在二代测序引物中，新的V6-V8对和V4_Balzano对提供了良好的结果。在三代测序引物对之间观察到较少差异。三代扩增子和ITS1单独提供了比V4更高的分类学分辨率。总之，该结果为选择用于真核微生物研究的引物提供了参考和指南。

Genes (Basel)

译名：全长16S rRNA基因测序揭示海洋生物膜微生物丰富度

时间：2022-6

期刊： Genes (Basel)

影响因子：3.759

DOI：10.3390/genes13061050

海洋生物膜是微生物的集合，评估其群落的微生物丰富度和特异性是一项具有挑战性的任务。该研究比较了PacBio平台的全长16S rRNA基因测序技术与传统Illumina PE250平台的部分16S rDNA基因测序结果的分辨率。同时，分析了同一批样品中相邻海水群落的微生物丰富度、多样性和组成。结论：1、这两种测序结果都表明，生物膜中的物种丰富度高于海水群落中的物种丰富度。2、与Illumina测序相比，PacBio测序检测到生物膜的更多特定物种，而海水的更少特定物种，与先前对适应表面相关生活方式的物种的理解一致，并验证了当前研究中的分类学分析。总而言之，16S rRNA基因的全长测序可能具有更强的能力来分析更复杂的微生物群落，如海洋生物膜。

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