差异表达基因热图怎么看_基因表达谱热图绘制

我们通过TCGA或者GEO数据库下载基因的表达谱数据，我们需要看一下某些基因在肿瘤组织和正常组织中的表达情况，我们可以通过差异分析后绘制火山图。获得的差异基因，结合下载的临床数据，我们可以进行生存分析【后台回复:TCGA-DEG，查看文章】。我们和还可以绘制热图。

下面是我们通过之前从TCGA数据库下载LUAD的表达矩阵(标准化后的FPKM数据)，数据格式如下：

我们做的基因有：

METTL3METTL14WTAPKIAA1429RBM15ZC3H13YTHDC1YTHDC2YTHDF1YTHDF2HNRNPCFTOALKBH5

绘制一些基因的热图代码：

## 微信公众号：MedBioInfoCloudoptions(stringsAsFactors = F)## 读入标准化的表达矩阵文件，TCGA直接下载好的HTSeq - FPKM，就可以用exp ".\\ExpMatrix.NT-TP.txt",header = T,                  sep = "\t",check.names = F)## 读入我们要分析的基因，也可以是来自你进行差异表达分析后具有显著差异表达的基因gene ".\\gene.txt",header = F,sep = geneNM 1],rownames(expData exp[geneNM,] conNum 59treatNum #####热图的绘制#install.packages("pheatmap")HeatMapData 1)library(pheatmap)Type "Normal",conNum),rep(names(Type) Type pdf("heatmap.pdf",height=5,width=20) # 图片宽高，根据样本数大小和基因数目修改pheatmap(HeatMapData,          annotation = Type,          color = colorRampPalette(c("green", "white", "red"))(50),#设置颜色         cluster_cols =F,         show_colnames = F,         scale="row",         fontsize = 10,         fontsize_row=10,         fontsize_col=3)dev.off()

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