差异表达基因热图怎么看_多变的热图1(新手专用)
热图(heatmap)用不同的颜色和颜色的深浅来直观的展示数据之间的差异。在测序类的文章里,几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作,今天这篇文章主要介绍利用R语言的 pheatmap包制作热图的简单小例子。pheatmap是R语言中专门用来制作热图的工具包。首先我们需要安装R和Rstudio。接下来就是安装pheatmap包了。
install.packages("pheatmap")
library(pheatmap)
使用pheatmap进行热图绘制
准备数据,最简单粗暴的方式,从Excel中复制,
现在Rstudio中复制这一段代码
Exp<-read.delim(file="clipboard",header=T,row.names=1,sep="t")
随后,复制excel里的表达矩阵
此时,这个基因表达矩阵已经存放在电脑的剪切板中,回到Rstudio,
此时你只需要第三行代码,就可以输出一张可以看的热图
pheatmap(Exp)
我们需要对基因进行标准化
pheatmap(Exp,scale="row")
取消对列的聚类
pheatmap(Exp,scale="row",cluster_cols=F)
还可以改变配色方案
pheatmap(Exp,scale="row",cluster_cols=F,color= colorRampPalette (c("green", "white", "red"))(50))
这样一张热图就画出来啦,是不是很简单?不会的可以开始动起手来试一试了。
单基因泛癌分析链接
TCGA单基因免疫相关泛癌分析(应要求,对出图添加更细致的描述)mp.weixin.qq.com
TCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本mp.weixin.qq.com
公众号“生信小课堂”
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生物信息学教学m.study.163.com
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