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精选文章推荐

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3分和30分文章差距在哪里？
岛国科普—生命大跃进
宏基因组分析教程
微生物组入门必读+宏基因组实操课程

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你想要的生信知识全在这—生信宝典
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Cell：22篇微生物文章为微生物组打Call
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宏基因组领域杂志简介及最新影响因子
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Nature综述：宏基因组关联分析
Nature综述：肠道菌群如何划分肠型
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一文读懂宏基因组分析套路
生信9天速成班—成为团队不可或缺的人
进化树一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化
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漱口水增加糖尿病，高血压风险
简单漂亮的在线生信绘图工具
16S预测微生物群落功能 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
一文读懂微生物组

培训、会议、招聘广告

9月14-16日，北京，扩增子有参无参分析和功能预测
招募生物、医学、生信、计算机朋友加盟
最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
德国马普育种所植物与微生物互作方向招收3名博士1名博后
宏基因组学习交流4群成立

科研经验

如何优雅的提问
公众号搜索方法大全
如何第一时间了解研究领域最新动态?
科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
生信编程模板 Perl Shell R
生物信息之程序学习
手把手教你生信分析平台搭建
论文Figures，你不能不知道的秘密
原始数据极速上传NCBI SRA教程
Endnote X8云同步：有网随时读文献
Excel绘图新高度—EasyCharts
你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
Windows10远程桌面Ubuntu
R，Git和Github代码备份和版本管理上下
2018谷歌学术指数发布——看看综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志

软件和数据库

扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程中文帮助文档
SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
微生物扩增子数据库大全
antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
FUNGuild：真菌功能注释
在线RaxML构建系统发育树
KEGG在线数据库使用攻略
开启win10内置Linux子程序
Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
Docker的基本使用-Ubuntu18.04
SourceTracker—微生物来源分析

扩增子分析

史上最完整扩增子教程

扩增子图表解读-理解文章思路
扩增子分析流程-把握分析细节
扩增子统计绘图-冲击高分文章
QIIME2中文教程-把握分析趋势
9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集

易生信-扩增子教程

01-背景介绍
02-真菌引物选择

宏基因组分析

教程系列

宏基因组分析教程
- 1简介-定义、方法和数据库
- 2扩增子-微生物群落多样性
- 3PICRUSt功能预测
- 4宏基因组物种组成和分箱
- 5宏基因组功能数据库与通路
- 6宏转录组流程和功能
- 7挖掘微生物组生物标记
4500元的微生物组培训资料
微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
一文读懂宏基因组binning
30余款宏基因组分析软件经验总结上中下
微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

De novo

1背景知识-Shell入门与本地blast实战
2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
3组装拼接MEGAHIT和评估quast
4基因注释Prokka
5基于Kmer比较数据集sourmash
6不比对快速估计基因丰度Salmon
7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
10绘制圈图-Circos安装与使用

统计分析及可视化

Krona绘制物种或功能组成圈图
microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
MMinte：预测微生物群体内代谢物互作

R统计绘图

R语言基础系列：

你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？
使用dplyr进行数据操作30例
交集intersect、并集union、找不同setdiff
1数据类型（向量、数组、矩阵、列表和数据框）
2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
3数据筛选——提取对象的子集
4向量、矩阵的数学运算
5控制结构
6函数及作用域
7认识循环函数lapply和sapply
8分解数据框split和查看对象str
9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础系列：

1初识ggplot2绘制几何对象
2图层的使用—基础、加标签、注释
3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
4语法基础
5通过图层构建图像
6标度、轴和图例
7定位-分面和坐标系
8主题设置、存储导出
9绘图需要的数据整理技术

高级统计绘图：

热图绘制
R做线性回归
绘图相关系数矩阵corrplot
相关矩阵可视化ggcorrplot
绘制交互式图形recharts
交互式可视化CanvasXpress
聚类分析factoextra
LDA分析、作图及添加置信-ggord
解决散点图样品标签重叠ggrepel
添加P值或显著性标记ggpubr
Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
桑基图riverplot
微生物环境因子分析ggvegan
五彩进化树与热图更配ggtree
多元回归树分析mvpart
随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
加权基因共表达网络分析WGCNA
circlize包绘制circos-plot

鼠标点点绘图系列

SCI期刊数据可视化—折线图

实验设计与技术

微生物组取样和DNA提取建议
样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
样品命名注意事项实例
扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
海洋可培养微生物的鉴定与分类
怎么取粪便样品
根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
Microbiome: 室温存储样本方法比较
Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长
两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法
MiBioGen联盟倡议：综合分析人类基因组与菌群关系研究

基础知识

有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
16S测序，不知道OTU你就out了！
扩增子分析还聚OTU就真OUT了
主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
计量宏基因组学数据分析的方法及进展
排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
PCoA距离算法大全
读懂PCA和PCoA
LEfSe分析，你真的懂了么
宏基因组基础知识梳理
功能基因多样性研究概述
扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
环境因子关联分析—CCA还是RDA
P值背后那些事儿
轻松看懂机器学习十大常用算法
一文读懂随机森林在微生态中的应用
你想知道的ROC曲线
相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
肠·道 | 刘洋彧：重建肠道菌群生态网络
学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq

必读综述

Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
Nat Rev Microbiol: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
Nature综述: 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上下
Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
Nat Rev Microbiol：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
Cell：代谢控制中的脑肠轴
Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
Nat. Micro.: 研究微生物，只靠多组学根本不够
COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
中国微生物组计划—农作物微生物组
Ann. Rev.：植物微生物组—系统见解与展望
Ann. Rev.：微生物组与人
微生物组学与植物病害微生物防治
组学重建真菌现有分类系统
BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
SCLS: 中国科学7月微生物组专刊：赵立平、秦楠、东秀珠领衔
FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
Nature Microbiology: 微生物数据的系统发育分析方法
Protein&Cell|解析宿主基因组和微生物的复杂互作

高分文章套路解读

Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
Nature：人类肠道微生物组的肠型
Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？评论正文
Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
Nat. Commun.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
Nat Commun：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
Nat. Micro：植物根系分泌物影响菌群结构
Nat. Micro：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
Cell Host & Microbe:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
Microbiome：重新定义“卫生”概念
Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！
Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康
Gut-2018-菌群标志物有望诊断早期肝癌
Cell子刊：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解
PNAS：水稻微生物组
PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物方法解读
ISME|宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
PLOS Biology: 发现一种固氮玉米

科普视频-寓教于乐

BBC人体奥秘之细胞的暗战
BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
NGC子宫日记Womb
NHK再造人类生命的神奇细胞
CCTV9让尸体说话-法医密档
一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
致命病毒为何疯狂袭击人类？
土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难
看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
漫画详解：厌氧君和好氧君，谁才是明日之子？
皮肤共生菌可以促进伤口愈合
梅毒狂想曲
盘尾丝虫病——河盲症
结核菌——抗药性的严峻形式
粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
水痘痊愈就能终生免疫？其实病毒仍潜伏在神经
想更易怀孕，生更多娃？男人去打猎，女人靠蛔虫？！
噬菌体的前世今生
乙肝疫苗的故事，居然有人体实验
他发现了疟疾的元凶，开创了致病生物研究新时代
吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！
减肥难？别急，精准调控细菌的方法已横空出世！
想知道自己能不能长命百岁？窝个粑粑测个菌？
谁来养活中国人？他，用小麦增产千亿斤让中国成为粮食大国
走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”
感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2200+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

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Microbiome: 16S rRNA基因拷贝数应该被校正吗？
怎样写出一流的论文
综述 | 现在是蛋白质组学数据共享和再分析的黄金时间？
Gut: 妊娠期糖尿病与孕妇及其新生儿微生物菌群失调有关（赵方庆作品）
小学生都学Python了，你还不知道怎么开始
微生物组——扩增子分析专题培训开课啦！！！
3月10-19日，北京，微生物组——扩增子分析专题培训
2017年发展简史和十大热文盘点
3月24-31日，北京，如何入门生信Linux
中国农业大学周欣实验室招聘科研助理、技术员启事
中科院遗传发育所王秀杰组招聘博后、技术员
中科院遗传发育所田志喜组博士后招聘启事
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2分钟视频回顾植物学家钟扬的贡献
转录组分析的正确姿势
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简单读懂微生物基因组的泛基因组学
微生物应用|农业废弃物资源化利用
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Nature: 测序技术的前世今生
Nature Reviews：全新的益生元定义和范围
原核转录组非编码RNA研究
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NC：自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作
ME：网络分析揭示微生物群落应对环境扰动的稳定性机制
SR: 土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化
豆瓣8.9，惹哭亿万中国人的纪录片-本草中华
非洲诸国人人都在嚼的“小草”，还没毒死人民却将毁掉整个国家
它是本草纲目里的名药，也是如今让上千万人疯狂迷恋的夺命零食
苏联“学术神棍”的冒牌祖师，活着打脸孟德尔，死后一统苏联生物学界
翻开干细胞新篇章的非凡女科学家，曾两夺央视音乐大奖演绎科学艺术双螺旋
全城悬赏的怪虫的确可怕，但传播“新艾滋”的宣传太夸张
MetaPhlAn2分析有参宏基因组
4月14-22日，北京，表观调控高通量测序分析培训开课啦
5月12-20日，北京，二代三代转录组测序分析实战班
5月11-13日，北京，中国肠道大会
5月19-20日，北京，数学、计算机和生物青年学者论坛
7月14-22日，北京，微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦！
梅西，你球踢得再好，也不如“发表了6篇SCI的国足武磊”
8月3-6日，北京，助力CNS-学术论文统计图插图绘制
8月8-12日，北京，Linux，R，Python，转组录组暑期黑马集训 – 低至2500每人
代谢组学/脂组学：短链脂肪酸分析服务
菌群采样神器，随时免费申领
2018基因组学技术与研究应用大会-8月7日-北京遗传发育所

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水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归