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宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。

公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前分享3000+篇原创文章，14万+小伙伴在这里一起交流学习，累计阅读超3400万+。

公众号合作创办了宏基因组学、微生物组和生物信息高起点新刊“iMeta” ，由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授共同担任。目标是发表前10%(IF > 15)的高影响力论文。详见： iMeta创刊宣传片。125家单位联合完成《微生物组实验手册(Microbiome Protocol eBook)第1版》。

创办了世界首本微生物组与生物信息学期刊高起点新刊iMeta。

iMeta—微生物组与生物信息顶刊

• iMeta创刊宣传片全球首发-中文版(双语字幕)

• iMeta | 2022年发文60篇被引340次完美收官，因为有你2023将更精彩

• 2023中国肠道大会 ｜ iMeta专刊征稿进行中！

• iMeta期刊26位编委入选2022年全球高被引学者

• iMeta科学编辑招聘启事(可居家办公，弹性工作)

• iMeta被DOAJ数据库收录！(2022/10/17)

• iMeta | 引用300次，发文60篇，立即指数5，百引耗时49天(2022/12/14)

• iMeta | 引用200+，立即指数3.98，百引耗时54天(2022/10/26)

• iMeta期刊3篇文章被PubMed收录

• iMeta创刊花絮-探索未知，永不止步(全球青年编委的祝福)

• iMeta高起点期刊创刊会暨学术研讨会成功举办：宣传片、现场视频、报告直播回放

• iMeta期刊青年编委招募(定位IF>15)

• iMeta | 娄翼来/Mendes/Kudrin主持金砖国家土壤微食物网专刊征稿

• 2022年9月最新学术出版透明与最佳行为准则

iMeta高被引论文

• 西农焦硕/韦革宏等-干旱生态系统中土壤真菌与细菌群落构建的关系

• 网络分析平台iNAP图文/视频教程

iMeta最新文章中文版+视频

• iMeta | 中科院地球环境研究所王云强组解析了草地土壤微生物生活史策略

• iMeta | 湘雅医院刘庆组-泛癌分析揭示铜死亡调节子的临床和分子特征

第1卷第4期(2022.12)

• iMeta | 第1卷第4期来自8个国家的20篇文章正式发布(2022.12)

• iMeta | 水科院南海所姜敬哲/中大施莽利用病毒组揭示的牡蛎体内的新型RNA病毒

• iMeta | 中国农大杨栋组揭示膳食纤维化学结构对肠道微生物的调控

• iMeta | 同济大学朱瑞新团队靶向基石菌种可恢复非酒精性脂肪肝中失调的产丁酸菌

• iMeta | 中科院上海巴斯德所崔杰组综述海洋RNA病毒圈的二十年研究

• iMeta | 扬州大学杜予州团队揭示同域内同食物的两种昆虫肠道微生物群落装配机制

• iMeta | 南医大余光创组ggtree最新文章-系统发育树存储与可视化的数据结构

• iMeta | 中科院南土所褚海燕组揭示真菌对高寒林线多界生物群落的稳定作用

• iMeta | 中农马曦组综述肠道菌群与干细胞巢互作维持肠内稳态平衡

• iMeta | 德加合作揭示葛藤菌根真菌的遗传多样性和群落组成

• iMeta | 华科宁康等打通中药成分鉴定和网络药理分析，助力中药标准化数字化国际化

• iMeta | 浙大蒋超组综述环境暴露组全景景观图

• iMeta | 成都中医药大学张杨组开发抗新冠中医药及其机制与疗效数据库

• iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签测序数据的高质量宏基因组组装工具MetaTrass

第1卷第3期(2022.9)

• iMeta | 第1卷第3期来自8个国家的14篇文章正式发布(2022.9)

• iMeta | 南农沈其荣团队发布微生物网络分析和可视化R包ggClusterNet  教程 计算网络稳定性

• iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法

• iMeta | 海南大学张家超组-基于肠道菌群SNV基因标记物的炎症性肠病预测模型

• iMeta | 深圳先进院戴磊组开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具 视频教程

• iMeta | Sangerbox: 交互式整合临床生信分析平台

• iMeta | 短读长扩增子测序是否适用于微生物组功能的预测？

• iMeta | 林雁冰/James M. Tiedje/谷洁等揭示菌群对寄生植物列当的调控作用

• iMeta | 东农吴凤芝/南农韦中等揭示生物炭抑制作物土传病害机理

• iMeta | 华南农大陈程杰/夏瑞等发布TBtools构造Circos图的简单方法

• iMeta | 叶茂/时玉等综述环境微生物组中胞内与胞外基因的动态穿梭与生态功能

• iMeta | 华南师大王璋组综述人体肺部微生物组与人类健康和疾病之间的隐秘关联

• iMeta | 中农李季组揭示有机农业长期定位试验番茄微生物组结构

第1卷第2期(2022.6)

• iMeta | 第1卷第2期 在线正式发布(2022.6)

• iMeta | 中科院生态中心邓晔组发布微生物组网络分析平台iNAP

• iMeta | 南京医科大学孔祥清团队创建前瞻性多组学纵向原发高血压队列eHypertension

• iMeta | Majorbio Cloud：一站式多组学数据分析平台

• iMeta | 南医大陈连民/孔祥清等综述从基因组功能角度揭示肠菌对复杂疾病的潜在影响

• iMeta | 北大陈峰组综述口腔微生物组的标准化研究：从技术驱动到假说驱动

• iMeta封面 | 宏蛋白质组学分析一站式工具集iMetaLab Suite(加拿大渥太华大学Figeys组) 1小时视频教程+PPT

• iMeta | 北大陈峰/陈智滨等发表口腔微生物组研究中各部位取样的实验方法(Protocol)

• iMeta | 南昌大学丁霞等-水产养殖系统对中华鳖微生物组和肠道代谢组的影响

• iMeta｜西工大钟杨权威等-根系菌群沿环境梯度的响应机制

• iMeta | 深圳先进院马迎飞组开发基于神经网络分析肠道菌群的方法

• iMeta | 华南农大曾振灵/熊文广等-家庭中宠物犬与主人耐药基因的共存研究

• iMeta | 南科大夏雨组纳米孔测序揭示微生物可减轻高海拔冻土温室气体排放

第1卷第1期(2022.3)

• iMeta | 第1卷第1期在线正式发布(2022/3/28)

• iMeta | 高颜值高被引绘图网站imageGP

• iMeta: 整合宏组学重新认识生命和环境科学

• iMeta | 吴青龙/王明福/刘金鑫等-从肠道菌群看待人类对高原饮食的适应性

• iMeta | 德布鲁因图在微生物组研究中的应用

• iMeta | 南科大宋毅组综述逆境胁迫下植物向微生物组求救的遗传基础

• iMeta | 华中科大宁康组综述用于蛋白质结构预测的宏基因组定量分析

• iMeta | 电子科大林昊组开发蛋白质赖氨酸乳酸化位点预测工具DeepKla

• iMeta | 青岛大学苏晓泉组开发跨平台可交互的微生物组分析平台

• iMeta | 西农韦革宏团队焦硕等-土壤真菌驱动细菌群落的构建

• iMeta | 哈佛刘洋彧等基于物种组合预测菌群结构的深度学习方法

• iMeta | 中科院李小方等膳食甘草促进小鼠镉解毒并调节肠道菌群代谢

• iMeta | 浙大倪艳组MetOrigin实现代谢物溯源和肠道微生物组与代谢组整合分析 视频教程

iMeta教你绘图/跟着iMeta学做图

• 跟着iMeta学做图｜ggplot2包绘制棒棒糖图展示变量间的相关性

• 绘制基于非加权Unifrac距离的主坐标分析PCoA图

• ComplexHeatmap包绘制热图展示不同样本物种相对丰度

• 用ggClusterNet绘制共现网络（Co-occurrence Network）

• circlize绘制环状热图展示细菌功能聚类分析

• NMDS分析展示群落beta多样性

• 群落微生物与环境因子相关性分析

• circlize绘制和弦图展示样本物种相对丰度

• ggplot2绘制多个饼图展示菌群物种组成

• 微生物组共现网络（Co-occurrence Network）绘制

• ggplot2绘制曼哈顿图展现物种丰度差异

• 跟着iMeta学做图｜ComplexHeatmap绘制多样的热图

• 世界海拔地图

• 使用ImageGP绘图热图Heatmap

• 使用ImageGP绘图富集分析泡泡图

• 使用PMS分析微生物组(图文+视频)

• DeepKla预测赖氨酸乳酸化位点

ImageGP使用教程

• 分享高颜值免费在线绘图介绍和使用的一次视频直播

• 视频演示 | 如何解读和在线绘制进化树并添加属性注释？

• 视频演示 | WGCNA加权共表达分析在线操作

• 视频演示 | ImageGP重新绘制WGCNA性状关联热图

• 视频演示 | 在线差异基因/物种分析

• 视频演示 | 画个火山图，标记下基因的名字

• 视频演示 | BIC无代码绘制差异基因火山图

• 视频演示 |点点鼠标在线绘制GO/KEGG富集分析泡泡图

• 视频演示 | Meta-gene图谱在线绘制

• 视频演示 | 高颜值免费在线绘图工具功能预览和帮助预览

• 视频演示 | 在线轻松绘制配对连线箱线图

• 简单强大的在线绘图

• 简单强大的在线绘图-升级版

• 简单强大的在线绘图-第3版

• 在线WGCNA分析 （直接出交互式结果报告）

• 在线差异基因分析 （支持自动和指定批次校正）

• 这个工具可以组合参数画出2种单细胞Marker显示图

• 高颜值免费在线SCI绘图工具增加上传功能

• ImageGP新上几个小工具

• 如何保证文章中同一组样品在不同子图颜色一致？

• 推荐一款生信分析工具的集大成者

• 视频演示 | 功能新增 | 增强版在线LEFSe分析和可视化鉴定标志性基因或物种

• Venn网络展示富集分析结果

• 单个基因集富集分析泡泡图绘制

• 多个基因集富集结果泡泡图绘制展示

• 无代码调整聚类热图分支顺序

• 基因表达热图聚类并增加行列注释

• 热图绘制一个快乐五一

• 轻轻松松画个热图

• 续昨天的文章，在火山图标记基因名字

• 画个火山图，标记下基因的名字

• 无代码绘制基因表达箱线图

• 什么是倾斜45度的火山图？

• 在线直接绘制倾斜45度的“火山图”

• 在线进行 PCoA 分析和相关统计检验

iMeta相关资讯

• 惊人！iMeta发表文章被166个国家和地区下载104215人次！单篇最高10000+人次！

• iMeta | 引用过百次，立即指数 > ISME、NAR等期刊2倍 (2022/9/2)

• iMeta | 英文新媒体推特(twitter)主页关注人数破千(22/10/1)

• iMeta | FSCapture报告录屏和视频剪辑(视频教程)

• iMeta | EndNote调整完美引文格式教程

• Publons：文章审稿、编辑工作认证平台

• 如何投稿iMeta期刊？ScholarOne投审稿系统作者使用教程

• 报告视频录制：腾讯会议录屏+人像画中画特效

• 高影响力期刊iMeta扬帆起航(微生物组&生物信息)

• iMeta入驻ResearchGate学术社交平台助力期刊国际化发展

• iMeta：已被谷歌学术(Google Scholar)收录

• iMeta期刊投审稿系统ScholarOne正式上线

• iMeta期刊12名编委入选科睿唯安2021年度高被引学者

• iMeta宏基因组&生物信息期刊-创刊背景和简介

• iMeta期刊顾问James M Tiedje当选中国科学院外籍院士

• 中国大陆SCIE收录期刊分析：多少本刊？发文多少？解决了多大内卷？未来在哪里

• 微生物领域SCIE期刊分析(英美各40本，中国大陆0本)

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《微生物组数据分析》专著

• 众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人(目录)

• 编者序：初衷、计划、要求、优势、目标和展望

• 111.Protein Cell：扩增子和宏基因组数据分析实用指南

• 112.CMJ：人类微生物组研究设计、样本采集和生物信息分析指南

• 121.个人电脑搭建微生物组分析平台(Win/Mac)

• 122.Linux系统和Shell命令行简介，走上数据分析之路

• 123.R简介和统计绘图

• 211.Alpha多样性箱线图(样章，11图2视频)

• 212.样本量和测序深度的Alpha多样性稀释曲线

• 213.维恩图和集合图(Venn&Upset)

• 221.Beta多样性PCoA和NMDS排序

• 222.Beta多样性限制性排序CPCoA/CCA/RDA/LDA

• 223.主成分分析PCA

• 231.菌群物种组成堆叠柱状图、弦图、词云

• 245.热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

• 246.三元图的应用与绘图实战

• 251.全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会

• 252.体现组间差异OTU模块的微生物网络图

• 341.基于高通量测序的微生物组研究技术简介

• 342.基于高通量技术的微生物组研究实验设计

• 343.微生物组研究写作的一般思路

• 西湖大学鞠峰组：环境宏病毒组学分析思路与常用工具

• 西湖大学鞠峰组：环境微生物的宏基因组学实例与新发现

• Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机

• 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子

学术报告录播、PPT分享

• 75分钟入门微生物组数据分析和结果解读—刘永鑫(合肥，2021年6月23日)

• 青年生命科学论坛报告：扩增子和宏基因组数据分析与可视化流程—刘永鑫(北京210606)

• 宏基因组数据分析的机遇与挑战—刘永鑫(北京，2020年12月8日)

• 刘永鑫：20分钟讲解微生物组数据分析与可视化实战

• 南京袁军/文涛ISME：基于大数据整合准确预测土壤的枯萎病发生

• 北生院王金峰Gut：时序微生物组数据重现生物膜装配的动态过程 PPT+视频

• 西湖大学鞠峰：环境微生物宏基因组学(报告视频+PPT,11月23日)

• 2020年12月8日中科院刘永鑫报告：宏基因组数据分析的机遇与挑战

• 扩增子和宏基因组数据分析流程和可视化方案—刘永鑫(南京，2020年10月27日)

会议、专刊、招聘

培训会议

• 1月6-8日，临床基因组/外显组数据分析实战技术研讨会

• 2月3-5日，微生物组-扩增子16S分析

• 2月17-20日，高级转录组分析和R语言数据可视化

• 2月24-26日，微生物组-宏基因组分析

• 【重磅】2023中国肠道大会启动，内容和组织10大升级！

• 【征稿】中国肠道大会≥60%口头报告将来自投稿，肠道大会欢迎你！

专刊征稿

• Agronomy|3.9分JCR1区征稿/37天见刊-宏基因组解析农业微生物组专刊(刘永鑫/于鹏)

• 程旭/王蒙岑/袁梦婷/李建刚/熊武客座主编Frontiers根际微生物组专刊征稿(IF>6)

• JoVE微生物组专刊征稿，写方法拍视频教程发SCI

人才招聘

• 深圳基因组所刘永鑫组招聘博士后4名(3年100万+文章奖励+项目绩效)

• 基因组所刘永鑫组招收客座研究生/海外联培博士(荷兰瓦大/澳州莫道克/比利时列日/爱尔兰都柏林)

• 基因组所食品科学中心贾耿介课题组诚聘博士后

• 生信人才，你的舞台——基因帮诚招英才！

• 南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+

• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物

广告合作

• 4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？

科研经验

• PubMed插件：分区、影响因子和即时IF一目了然

• 我的博士之路（壮根美颜-康亚龙）：五年读博路，苦熬曙光明

• Nature ：读博之前应该知道的二十件事情

• 研究生如何走出“迷茫”？

• Science：“每周工作进展汇报”在博士培养中的作用

• 学术界职称与凡人修仙传等级对应关系

• 论文返修与校对的经验教训

• 如何制作高质量的图文摘要（Graphical Abstract）

• 谷歌学术上网和查文献、引用、作者和领域分析指南

• 研究生新生进入实验室后，如何成长？5点建议分享

• 张启发院士的肺腑之言，值得每一位硕士/博士细细品读！

• Nature子刊：你想成为生物信息学家？

• SCI论文投稿全程模板

• 10篇一作SCI博士的走心分享—宏组学研究之“道”

• 985助理教授与二本教授哪个水平高？

• 清华生命院长王宏伟专访：面对这些情况，要勇于说“不”

• 从博后到PI的十个建议

• Nature：好导师的16个标准

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• 如何优雅的提问

• 我的生物信息之路

• 我的挣扎 与 TBtools 的开发

• 公众号搜索方法大全

• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号

• 文献阅读 1GeenMedical 2SCI-HUB

• 生信编程模板  Perl  Shell  R

• 生物信息之程序学习

• 论文Figures，你不能不知道的秘密

• 图表色彩运用原理的全面解析

• 原始数据极速上传NCBI SRA教程

• 中国核酸数据库GSA数据提交指南 扩增子16S实例 宏基因组实例

• 国家微生物科学数据中心微生物组学数据汇交指南：可提交文章附件

• Endnote X8云同步：有网随时读文献

• Excel绘图新高度-EasyCharts

• 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide

• Windows10远程桌面Ubuntu

• 想发高分论文的同学看过来，这里有10分的杂志和主编可以了解一下！

• 为何新刊物Microbiome影响因子这么高？主编Jacques Ravel教授来告诉你

• SCI论文写作1.论文的三段式结构 2.引言的逻辑解析

• PDF编辑处理 压缩PDF文件大小满足上传要求

软件流程

• 陈程杰、夏瑞：数据分析工具TBtools介绍和操作视频+公众号/社群

• Graphpad绘图初学 生物统计绘图进阶

• TBtools - 超过一万人在使用的生信小工具

• BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式

• STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档

• FUNGuild：真菌功能注释

• 在线RaxML构建系统发育树

• MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级

• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达

• psRobot：植物小RNA分析系统

• RepeatMasker：基因组重复序列注释

• 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka

• Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图

• 一个细菌基因组完整分析脚本

• 结构方程模型（SEM）的理论和基本实现过程

• 使用结构方程模型需要知道的那些事（理论篇）

• 高通量数据中批次效应的鉴定和处理

软件基础必学系列

• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网

• 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移

• 软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全

• 数据的质量控制软件——fastQC

• 整合QC质控结果的利器——MultiQC

• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp

在线软件

• 越来越多杂志用webp存储图像，这个工具可以在线转成PNG

• 图片质量低怎么办？这个网站很不错！

• 推荐一个可能是最全的Venn图一站式绘制工具

• 高颜值免费在线SCI绘图工具增加上传功能

• 国家微生物科学数据中心推出免费一站式生物信息分析云平台

• 在线差异基因分析 (支持自动和指定批次校正)

• 微生物组数据库: 一站式环境基因组学数据云平台更新啦！

AI系列视频教程

• 1论文矢量图文字、线编辑

• 2论文图形编辑和排版

• 3排版后图形导出这样的Tiff/PNG

• 4显示网格移除剪切蒙版和背景

• 6直接选择工具删除白板

• 7魔棒工具批量操作

• 8几个快捷键

• 9图的放置和微调

• 10设置字体和微调

• 11调整对象大小

• 12批量变换同时选中的单个对象

• 13选中所有点

扩增子分析

• 价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书

• 价值1143元的《R语言统计分析微生物组数据》系列图书

• 再读《数量生态学：R语言应用》

• 微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法

扩增子教程

• 扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• 16S功能预测 0概述   1KO通路PICRUSt  2元素循环FAPROTAX  3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun Tax4Fun2

• PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍 NBT文章解读 软件使用

• CHM：FishTaco将样本功能同对应的微生物联系起来，得到功能改变的驱动因子

• 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA  2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归

• Nature Method：Rob Knight团队开发Striped UniFrac算法分析微生物组大数据

QIIME2教程(2021.2)

• NBT：QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台

• 1简介和安装Introduction&Install

• 2插件工作流程概述Workflow

• 3老司机上路指南Experienced

• Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析

• 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures

• 5粪菌移植分析练习FMT

• Microbiome：粪菌移植改善自闭症

• 6沙漠土壤分析Atacama soil

• mSystems：干旱对土壤微生物组的影响

• 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse

• Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease

• 8差异丰度分析gneiss

• 9数据导入Importing data

• 10数据导出Exporting data

• 11元数据Metadata

• 12数据筛选Filtering data

• 13训练特征分类器Training feature classifiers

• 14数据评估和质控Evaluating and controlling

• 15样品分类和回归q2-sample-classifier

• 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal

• 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch

• 18序列双端合并read-joining

• 19使用q2-vsearch聚类OTUs

• 20实用程序Utilities

• 21进化树推断q2-phylogeny

• 22命令行界面q2cli

• 23图形界面q2studio

• 24Python命令行模式Artifact API

• 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins

• 26开发新插件DevelopingPlugin

• 27语义类型Semantic

• 28社区Community

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相关软件和数据库教程

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宏基因组分析

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高分文章和图书推荐

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• Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析

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• 3宏基因组定量、功能注释和高级分析代码

软件评测和简介

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• 方法革新：8个宏基因组分析新工具

• MIntO：一个模块化的微生物宏基因组和宏转录组整合分析工具

教程系列

• 2016加拿大宏基因组分析教程

• 1简介-定义、方法和数据库

• 2扩增子-微生物群落多样性

• 3PICRUSt功能预测

• 4宏基因组物种组成和分箱

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• 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下

• 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

• Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架

有参分析Read-based

• MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量 文章解读 软件使用

• HUMAnN2基于UniRef数据库的功能定量 1文章解读 2软件教程 3有参分析流程

• Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件

• 宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用

• Kraken2：宏基因组快速物种注释神器

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无参Assembly-based

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3组装拼接MEGAHIT(多快好省)和评估quast

• MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案

• metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具

• IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据

• MetaQuast：评估宏基因组拼接

• 4基因注释Prokka Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释 Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定  metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测

• 5基于Kmer比较数据集sourmash

• 6不比对快速估计基因丰度Salmon Salmon不比对快速宏基因组基因定量

• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o

• 10绘制圈图-Circos安装与使用

物种/功能注释数据库

• NAR：查询未培养病毒基因组的综合生态和进化框架IMG/VR v3

• Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展

• WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具

物种注释

• TaxonKit：小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具 JGG | TaxonKit：一款实用又高效的NCBI分类学数据工具包

eggNOG

• EggNOG功能注释数据库在线和本地使用 eggNOG 5数据库介绍

KEGG

• 他开发了基因界的百科全书，贡献却少有人知

• KEGG在线数据库使用攻略

• KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用

• kofamscan：基于HMM模型注释KEGG通路

CAZy糖代谢

• NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因

CARD抗生素抗性/耐药基因

• Microbiome：城市海滩和污水中抗生素抗性组研究

antiSMASH

• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测

• NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测

• 抗生素抗性基因研究进展PPT分享

• 列举一些分析次级代谢物基因簇相关的数据库

分箱/MAG专题

• Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程

• Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署  实战和结果解读

• NBT：宏基因组”读云”10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组

• DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

• 一文读懂宏基因组binning

• GTDB：基因组分类数据库，物种注释和进化树构建工具GTDB-tk

• CheckM——细菌基因组/MAG完整性和污染率评估

• MaxBin2——高效的分箱工具

统计分析及可视化

• Krona绘制物种或功能组成圈图

• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram

• Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

• curatedMD包挖掘宏基因组公共数据库

微生物基因组

• 一文搞定细菌基因组De Novo测序分析

• EZBioCloud：16S和原核基因组物种注释和新种鉴定

• drep：微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战

• 微生物分类学研究利器：模式微生物基因组数据库

• Nature子刊：细菌和古菌从域到种的完整分类

• NAR：中科院微生物所发布全球模式微生物基因组测序计划进展

• NC：中科院微生物所陈义华组发现新颖的聚酮类化合物起始机制

• 微课堂：MUMmer——国家微生物科学数据中心云工具

• 中科院微生物所蔡磊课题组成功组装迄今最大的染色体水平真菌基因组

研究热点

绝对定量

• 细菌绝对定量的方法总结

• 微生物绝对定量研究知多少

参考基因(组)集

最新文章

• NM: 人的肠道古细菌基因组集

• NBT：涵盖20多万个基因组的人体肠道微生物参考基因组集

• NBT：5万个基因组和1.2万个新种的地球微生物基因组集

• NBT：牛瘤胃微生物组的4941个宏基因组组装基因组(MAG)

高分和功能挖掘

• Nature2019：人类肠道菌群的新蓝图

• Cell2019：15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种

• Cell2019：Tara2.0基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

• Cell子刊2019：人类微生物组参考基因集中的单体基因

培养组

• NBT：人类肠道培养细菌的1520个基因组

• NG：微生物如何适应植物的？ 细菌基因组适应植物的特征

历史经典

• NC2018：全球柑橘根际微生物组的结构和功能

• PNAS2016：土壤氮循环微生物功能特征的全球生物地理学

• NBT2014：人类微生物组千万基因的参考基因集

• Nature2010：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集

病毒组

• NAR | 深圳先进院马迎飞组发布底盘噬菌体的高通量制备方法

• NAR：vRhyme - 对宏基因组中的病毒基因组进行分选的生信工具

• Nature子刊：加州大学伯克利分校Banfield组发现某些淡水湖泊中的大噬菌体或能加速好氧甲烷氧化

• PhiSpy：在细菌基因组中识别噬菌体

• DBSCAN-SWA：一行命令找到溶源噬菌体

• 热点：3个故事概览突飞猛进的肠道病毒组研究

• Nature：梁冠翔等发现肠道病毒组在新生儿体内分段寄生的模式

• Cell子刊：人体肠道病毒组高度多样、稳定且个体特异

• QB：基于深度学习的病毒序列识别

• 病毒组研究的挑战-相关的新兴技术

• SCLS：巴斯德所崔杰组揭示海洋无脊椎动物RNA病毒的遗传多样

• eBioMedicine | 崔杰团队应用单细胞转录组技术强调了人内源性逆转录病毒在胆囊癌中的潜在功能

• Front Microbiol | 广东药科原丽红/水科院南海所姜敬哲-RNA病毒最新分类标准的讨论

三代测序专题

• AS：中科院微生物所王军课题组建立靶向RNA的病原检测新方法mtNGS和mtTGS

• Nature 子刊：三代测序的DNA提取和宏基因组学分析

• NanoPlot：三代纳米孔测序数据质量评估

• NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS文章解读 软件使用

• Nature方法 | 三代长读长宏基因组组装软件metaFlye

• Nature子刊：三代Nonopore测序数据耐药性分析软件NanoOK RT

• Nature子刊：使用MinION快速分析早产儿肠道菌群谱并鉴定抗生素抗性致病菌

• Nature子刊：三代Nanopore测序检测细菌和菌群多种DNA甲基化类型的新方法

• NBT封面：纳米孔宏基因组6小时识别下呼吸道病原体

• 纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响

• 2019新型冠状病毒Nanopore测序标准操作流程

• Medicine in Microecology：微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

• 纳米孔宏基因组测序高分文章精选

• 面对万亿级测序市场，纳米孔测序技术何去何从？

新冠病毒专题

• JGG：COVID-19感染导致儿童上呼吸道和肠道菌群持续失衡

• Gastroenterology：住院期间COVID-19患者肠道菌群的变化

• Cell：无症状新冠患者阳性持续105天

• CEJ：西安理工赵亚乾组冠状病毒在水中传播特征、可能遏制策略与研究挑战

• The Innovation | 直接病原学证据：无症状患者可引起COVID-19传播

Linux与Shell

• seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能

• Linux命令中21个不太好搜索其含义的特殊符号你都知道吗？

• Linux下为什么ls直接就可以运行，而你的程序要写./dir1/dir2/bin/bwa才可以

• 这个为生信学习打造的开源Linux教程真香！

• 生信人值得拥有的编程模板-Shell

• 生信人值得拥有的编程模板-Perl

• 手把手教你生信分析平台搭建

• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows 专题教程：这个40M的小工具助你在windows下处理数据如虎添翼

• 开启win10内置Linux子程序

• Docker的基本使用-Ubuntu18.04

• linux 极简统计分析工具 datamash

• csvtk：表格处理神器-美化、统计、头表、合并、转置、筛选、取样、去冗余 、分列、分类汇总和简单绘图

• 文件批量重命名的技术，你值得拥有

• 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

• 推荐2个命令快速在本地和服务器之间上传下载文件

R统计绘图

• 这个神奇的网站r-graph-gallery提供各种图的代码供您参考！

R语言基础

• R语言中这些你想知道含义又不知道怎么查的特殊符号

• 利用conda管理R包

• 图之典—可视化图表的词典

• 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

• R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences

• 数据可视化基本套路总结

• R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

• 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？

• 使用dplyr进行数据操作30例

• 交集intersect、并集union、找不同setdiff

• R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换

• R最快且比dplyr最高效的大数据处理R包：tidyfst

• 字符串处理stringr包在微生物生态的应用基础

• 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

• 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互

• 3数据筛选——提取对象的子集

• 4向量、矩阵的数学运算

• 5控制结构

• 6函数及作用域

• 7认识循环函数lapply和sapply

• 8分解数据框split和查看对象str

• 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础

• ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)

• 超详细的pheatmap热图绘制教程(5000余字)

• ggplot2地理信息可视化 上 下

• 1初识ggplot2绘制几何对象

• 2图层的使用—基础、加标签、注释

• 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布

• 4语法基础

• 5通过图层构建图像

• 6标度、轴和图例

• 7定位-分面和坐标系

• 8主题设置、存储导出

• 9绘图需要的数据整理技术

• ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！

• 不需要懂得编程，但却可以使用ggplot2画出论文级别的图？esquisse

• ggplot版本的华夫饼图吧

R语言统计绘图

• 使用aPCoA包实现校正协变量的主坐标分析（aPCoA）以排除混杂协变量的影响

• MBE：ggtreeExtra-用图层叠加方法绘制环形进化树

• 浅析R语言单因素方差分析中的多重比较

• 简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析

• 物种丰度排序堆积柱形图及处理间各物种差异分析

• ggplot2版聚类树+物种丰度堆叠图

• R语言：快速生成许多差异明显的颜色

• 50个ggplot2可视化案例

• R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结

• 28个实用绘图包，总有几个适合你

• R语言学习笔记之热图绘制

• 获取pheatmap热图聚类后和标准化后的结果

• 聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序

• R做线性回归

• 绘图相关系数矩阵corrplot

• 相关矩阵可视化ggcorrplot

• 绘制交互式图形recharts

• 交互式可视化CanvasXpress

• 聚类分析factoextra

• LDA分析、作图及添加置信-ggord

• 解决散点图样品标签重叠ggrepel

• 添加P值或显著性标记ggpubr

• R语言一键批量完成差异统计和可视化

• Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve

• 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化

• 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial

• 桑基图riverplot

• 分类堆叠柱状图顺序排列及其添加合适条块标签

• 浅析R语言非参数检验的多组比较及分面与分组的图形艺术

• 微生物环境因子分析ggvegan

• R包vegan的Mantel tests探索群落物种组成是否与环境相关

• 五彩进化树与热图更配ggtree

• 多元回归树分析mvpart

• 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression

• 加权基因共表达网络分析WGCNA

• SPIEC-EASI的微生物网络构建示例

• circlize包绘制circos-plot

• R语言搭建炫酷的线上博客系统

• 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图

• R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图

• Science组合图表解读：相关corrplot+环境因子连线

• gganimate绘制动图观察连续变化数据

• Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路

• ggcor：相关系数矩阵Science级组合图表

• ggridges包：时间动态波涛汹涌图

• gg.gap：ggplot阶截断坐标轴的优秀完美解决方案 gg.gap绘制截断图

• 地图 世界 中国 省份

• 手把手重现Science的主图Maptree

• 基于R的混合线性模型的实现

• 普鲁克分析（Procrustes Analysis）评估物种-环境/功能关联度的一个示例

• R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图

• R语言完美重现STAMP结果图

• 微生物群落基于KEGG预测功能的丰度分布图绘制

• 频率分布图和散点图SOP

• 路径分析图

微生物组R包

• 微生物组统计和可视化——phyloseq入门

• R包animalcules-一键式交互探索微生物组数据 Microbiome：animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包

• FEMS：微生物群落生态学数据挖掘的R包microeco

• microbiomeMarker：整合多种biomarker分析工具的R包

• EasyMicroPlot: 一种快速进行微生物下游分析的整合R包

网络

• 网络方法的发展及最新iDIRECT方法介绍

• 周集中团队Nature子刊中网络图布局的R语言可视化复现

• Science：组合图表绘制

• MetagenoNets：在线宏基因组网络分析实操教程 NAR文章解读

• 使用网络图展示Venn图集合及Cytoscape操作视频

• 网络图在R中的实现-igraph

• Gephi轻松绘制超美网络图

• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet

• SparCC的微生物网络构建示例

• Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析 GIANT包分析网络的Z、P-score 制作带bar和pie节点的网络图

• 一文学会基于R的静态和动态网络绘制

• 网络分析概述之网络基础简介

实验设计与技术

• 一文讲透植物内生菌研究怎么做

• 环境DNA高通量测序问题及解决SOP (Part 1: From sample to data)

• Cell Reports：去除宿主和胞外DNA以提高微生物基因组得率（痰液样本）

• 环境样品中病毒的富集与检测方法

• 微生物组取样和DNA提取建议

• 微生物常见20种培养基配方

• 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型

• 样品生物学重复数据选择 1必要性  2需要多少重复？ 样本量确定

• 样品命名 注意事项 实例

• NBT：扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)

• NBT：未培养病毒基因组的最少信息标准（MIUViG）

• 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估

• 海洋可培养微生物的鉴定与分类

• 怎么取粪便样品

• 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取

• Microbiome: 室温存储样本方法比较

• NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长

• Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响

• Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法

• Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合！

• DNA提取方法对浮游生物群落研究结果的影响

基础知识

• 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组

• Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

• Microbiome：微生物组名词定义

• 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性

• 16S测序，不知道OTU你就out了！

• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了

• 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较

• 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA

• Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理

• PCoA距离算法大全

• 读懂PCA和PCoA

• 二代测序数据统计分析中为什么是负二项分布？

• 宏基因组基础知识梳理

• 功能基因多样性研究概述

• 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结

• 环境因子关联分析—CCA还是RDA

• P值背后那些事儿

• 轻松看懂机器学习十大常用算法

• 一文读懂随机森林在微生态中的应用

• 你想知道的ROC曲线

• 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson

• 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq

• 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用

• 小麦的一生矢量图收藏贴-从种子的萌发到完熟

文献解读

*作者解读(由论文作者亲自讲述文章结果和背后的故事)。

国刊之光

• mLife | 清华郭雪等气候变暖重塑草地土壤微生物群落的季节动态变化

• Fundamental Research：根系分泌物通过调控土壤微生物影响碳周转的机理

• STTT | 蒋建东/曹雪涛/王琰-口服黄连素c通过肠道菌群改善帕金森症状

• SBIO | 西农韦革宏组-大豆土壤细菌门间负向互作影响群落的动态变化和功能

• GPB：GAPIT 3全基因组关联分析与预测软件最新版发布

• JIPB：白洋组综述根系微生物组群落构建及其对植物适应性的贡献

Nature

• Nature | 全球海洋微生物组的生物合成潜力

• Nature | 朱轩/陈福和/袁国勇等证实冠状病毒利用宿主半胱天冬酶-6 促进复制

• Nature：环境因素塑造了荷兰人的肠道微生物组

• Nature：肺部微生物组调节大脑自身免疫

• Nature | 江西农大黄路生/陈从英等揭示猪血型基因调控肠道菌群的机制

• Nature | 植物与病原菌“军备竞赛”的“化学装备” 何祖华研究组在水稻广谱抗病的免疫代谢机制上取得重大进展

• Nature：深大李猛组揭示阿斯加德古菌新门(悟空古菌)及其与真核生物的关系

• Nature：承磊/李猛等发现产甲烷古菌的碳代谢新途径

• Nature | 原核生物基因的生物地理学研究

• Nature：分离到一种位于原核生物-真核生物“交界”的古菌

• Nature：复杂菌群空间分布研究

• Nature：Jeff Dangl团队揭示贪噬菌属在微生物组中维持根的生长

• Nature：Rob Knight团队发现血液和组织微生物组可诊断癌症

• Nature：何胜洋和辛秀芳组发表植物叶际微生物组稳态机制*

• Nature：李海等揭示肠道菌群参与塑造B淋巴细胞抗原受体组库

• Nature：人类胎盘应该真的是无菌的

• Nature：中科院先进院发现空间扩展生境定殖的进化稳定性策略

• 10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望

• Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”

• Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”

• Nature：人体菌群研究的25个里程碑

• Nature：首个肠道微生物对药物代谢影响的系统性研究

• Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育

• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应

• Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用

• Nature：真菌由肠道入侵胰腺定植富集Malassezia菌

• Nature：肠道菌如何影响大脑，帮助消除恐惧相关的行为

• Nature：微生物的胆汁酸代谢物调节宿主肠道特异Treg细胞的稳态

• Nature专题：肠道菌群研究的现在和未来

• Nature：在人类肠道营菌群中发现获得性细菌防御基因

• Nature：依靠锰的氧化实现细菌的化能自养生长

• Nature综述：肠道菌群与结直肠癌的研究进展

• Nature分享：如何写好高被引综述论文？

Scinece

• Science | 再野化植物微生物组——作物祖先微生物群可能为提高可持续的粮食生产提供了一种方法

• Science | 红树林中发现的巨型细菌挑战传统无核膜观念

• Science | 郑文山等发布微生物组单细胞测序新技术Microbe-seq(王军/戴磊/晁彦杰点评)

• Science：纽约西奈山医学院房刚组定量分析真核生物DNA 6mA解析细菌污染的影响

• Science观点：不同细菌物种间极少合作—合理利用细菌间普遍存在的竞争关系来替代抗生素

• Science：产前母体感染促进后代的组织特异性免疫和炎症

• Science：无氧世界的古菌氨氧化

• Science：豆科植物如何建造“固氮工厂”？Murray组在根瘤共生机制取得重要进展

• Science：中科院微生物所向华/李明组揭示护卫CRISPR-Cas的全新毒素-抗毒素RNA系统

• Science：拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组* 专家点评

• Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！*

• Science综述：利用根际微生物组提高作物抗旱和产量

• Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄

• Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用

• Science：又一明星菌群可以调控肠道免疫？

• Science：固氮（The nitrogen fix）

• Science：比较基因组揭示银边鱼应对捕鱼行为的表型进化机制

• Science评论|只需加一种菌，番茄不仅抗盐胁迫还提高65%产量！

• Science：微生物组“淘金热”，从人体中发现新型抗菌剂

• Science：病原菌激活植物内生菌群的抑病功能

• Science：综述肠道菌群如何影响社交行为

• Science: 微生物组是宿主新兴表型的来源

• Science：充满铵盐的环境依然发生固氮

• Science：基于微生物条形码系统的高分辨率物源追踪技术

• Science：英国Castrillo组揭示微生物群与根内皮的协调支持植物营养平衡！

• Science综述：人类与微生物共进退

• Science：植物和微生物的新途径：与共生微生物和病原微生物的相互作用驱动植物进化！

• Science：大数据揭示野生动物肠道菌群的多样性与功能景观

• Science：全球旱地放牧和生态系统服务

Cell

• Cell | 膳食糖诱导的微生物失调破坏免疫介导的代谢综合征保护

• Cell：清华程功组揭示皮肤菌群的一种气味挥发物促进黄病毒感染宿主吸引蚊虫

• Cell综述：人类微生物组研究中的单细胞方法

• Cell丨一图读懂西湖实验室蔡尚团队揭示乳腺癌“胞内菌”在肿瘤转移定植中作用

• Cell：康奈尔大学郭春君组开发针对非模式肠道细菌的基因编辑工具

• Cell：人体肠道菌群的长期遗传稳定性和个体特异性

• Cell：蜱虫基因组和宏基因组数据

• Cell：一种用基因流定义微生物种群的反向生态学方法 PopCOGenT简介

• Cell：浙大张兴/朱永群组揭示细菌鞭毛马达结构、组装与扭矩传输机制

• Cell：中科院遗传发育所周俭民受邀综述植物免疫激活及信号传导的最新进展

• Cell：土传遗产

• Cell：植物根系如何允许有益微生物定植的

• Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控

• Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存

• Cell：小基因开启微生物组研究新领域——大规模鉴定微生物基因组编码的小蛋白质

• Cell：绝对异养型生物改造成完全自养型生物

• Cell二连发 | 广东CDC/耶鲁大学利用纳米孔测序揭示中/美新冠病毒基因组流行病学传播规律

Nature综述

• Nature综述 | 肠道菌群在心脏代谢性疾病预防与治疗中的应用潜力

• Nature Food | 浙江大学构建叶际微生物组精准设计策略，促进粮食可持续生产

• Nature综述：微生物群落形成过程中的优先效应

• Nature综述：梁冠翔等总结近20年人类病毒组学的发展

• Nature综述：一文揭秘土壤微生物的生死过程如何影响生物地球化学

• Nature综述：从土壤到临床-微生物次级代谢产物对抗生素耐受性和耐药性的影响

• NRM：肠道微生物在人类代谢健康与疾病中的作用

• 束文圣和黄立南Nature综述极端环境中的微生物多样性

• NRM：人类微生物培养及培养组学

• NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态

• NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性

• NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态

• NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用

• NRM：多年冻土的微生物组

• NRM：种内多样性：解释微生物组中的菌株

• Nature综述: 给医生的菌群分析指南上 下

• NRM：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落

• NRM：提高作物产量？农作物微生物组是关键

• NRM：未培养微生物的新兴培养技术

• NRM：微生物的衰老与寿命

• NRM：预测生物学：微生物复杂性的解析、模拟与应用

• Nature综述: 微生物与气候变化

• Nature综述：噬菌体的百年研究

• NRGH：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用

• NRG：临床宏基因组学的应用与挑战

• NRM：微生物沿着寄生-共生连续体进化和转变！

• NRM：宏基因组测序研究耐药基因的方法和资源

• NRM：菌根共生的独特性和共性

• NRM：如何获得理想的微生物组

• NRM：工程微生物组的通用原则和最佳实践

• NRG：关于RNA-seq，你想知道的都在这

• NRG：宏基因组测序研究耐药基因的方法和资源

• NRM：植物与微生物组的相互作用：从群落装配到植物健康上 下

Nature子刊

• Nature Microbiology｜益生菌的菌株特异性影响驱动早产儿肠道微生物组的发展

• Nature Medicine | 傅静远/陈连民评估肠道菌群、饮食及遗传对人体代谢的重要性(王军/郑钜圣点评）

• NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用*

• Nature Microbiology | 陈云/白洋/虞云龙等鉴定高效抗小麦赤霉病菌株及其作用机制

• Nature Microbiology | 王璋/陈荣昌/周宏伟-慢阻肺病呼吸道菌群-宿主互作机制

• Nature Microbiology | SeqCode：基于序列数据描述的原核生物命名规则

• Nature Protocols：遗传发育所白洋组发表高通量分离培养和鉴定根系细菌的方法

• Nature Microbiology | 山羊粪便的绿色秘密

• NBT | 刘勇勤/骆迎峰等发布冰川微生物组的基因组和基因集

• Nature子刊 | 地下水固碳速率与寡营养海洋系统固碳速率相近

• Nature Microbiology | 枯草芽孢杆菌生物膜促进甜瓜生长并抗病

• Nature Microbiology | 可感染阿斯加德古菌的六种深海沉积物中的病毒基因组

• Nature子刊 | 绘制植物叶际菌群互作图谱以建立基因型表型关系

• Nature子刊 | 周集中团队揭示长期气候变暖导致草地土壤微生物多样性降低

• Nature方法 | CAMI2宏基因组分析方法评估

• NBT：王军等用AI在肠道超高效“挖”抗菌肽

• Nature子刊：宏基因组组装基因组实现谱系解析

• Nature子刊：来自人类肠道菌群的189,680种DNA病毒基因组集

• NBT：南农沈其荣、韦中团队：番茄细菌性青枯病的噬菌体联合疗法(附视频)*

• NBT：王运浩、区健辉等综述纳米孔测序技术

• Nature子刊 | 翟冰等造血干细胞移植中的肠道真菌菌群动态变化与临床结果分析(招聘博后、助研)

• NBT封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染

• NBT：MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布

• NBT：线虫的工程细菌共生体提高对西方玉米根虫的生防潜力

• NBT：利用血液代谢组预测肠道微生物组的多样性

• NBT：Rob Knight团队发表微生物组数据降维新方法

• NBT：利用细胞甘油三酯存储提高链霉菌中聚酮类化合物的效价

• NBT：改进宏基因组的分箱和组装的新方法

• Nature Methods：中大骆观正组在RNA修饰方法学领域取得重要进展

• Nature Geoscience：到底谁才是限制非共生固氮的幕后主使*

• Nature Medicine：iHMP之“微生物组与早产”

• Nature Medicine：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态

• NEE：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家

• NEE综述：微生物系统的功能与功能冗余

• Nature Microbiology：加州大学Banfield组揭示CPR细菌和DPANN古菌多样性及与低温TEM下宿主互作关系

• Nature Microbiology：房刚组揭示细菌表观遗传调节艰难梭菌孢子形成*

• Nature Microbiology：视频解读！铁载体：作物根际稀缺资源保卫战的“秘密武器”

• Nature Microbiology：微生物组数据系统发育分析的方法

• Nature Microbiology：全球污水处理厂细菌群落揭秘！

• Nature Microbiology：王四宝组揭示按蚊肠道共生菌抗疟的分子机制

• Nature Microbiology综述：古菌的多样性、生态功能和进化史

• [Nature Microbiology：古菌基因组的标准化物种分类方法

• Nature Climate Change：周集中团队揭示气候变暖增强了微生物网络的复杂性与稳定性

• Nature Plants：植物根系微生物组中共生细菌的宿主偏好性

• Nature Plants: 可持续农业生态系统中的核心微生物组

• Nature Plants：英属哥伦比亚大学揭示植物塑造根际微生物组新机制

• Nature子刊：Sundaresan组-水稻长期干旱之后持续性的扰乱微生物组构成(宋毅点评)

• Nature Plants：根系微生物可以远程提高植物应对地上部环境胁迫的能力

• Nature Plants: 中科院微生物所郭惠珊研究组揭示土传病原菌逃避寄主免疫的新机制

• Nature Plants：华中农大Kenichi Tsuda组利用植物体内原位细菌转录及蛋白组学鉴定寄主免疫攻击的病原菌蛋白

• Nature Plants：中德合作发现玉米根系与根际有益微生物互惠关键生物学机制

• Nature Plants：浙大王蒙岑组揭示水稻种子内生菌抗病新功能

• Nature Plants：河南大学王学路团队揭示大豆与根瘤菌匹配性的进化及其分子机制

• Nature Protocols：何胜阳组建立拟南芥微生物组研究的标准化生长体系！

• Nature Food综述：墨尔本大学贺纪正组综述土著作物微生物组对可持续农业的潜力！

• NEE：微生物系统中的功能与功能冗余

Nautre Communications

• NC | 中科院蔡磊组揭示跨界合成菌群增强番茄对镰刀枯萎病抗病能力

• NC | 哈佛医学院刘洋彧组MAG解析人微生物组在COVID-19中的作用

• NC | 中国农大草业学院杨高文组揭示发现多因子干扰会降低土壤微生物多样性的积极效应

• NC | 董西洋等在深海冷泉沉积物发现大量固氮微生物(视频解读)

• NC | 西湖大学陶亮组-TMPRSS2“助攻”病毒感染并介导索氏梭菌出血毒素的宿主入侵

• NC | 肠道细胞和乳酸菌共同作用来防止念珠菌感染

• NC | 程蜀琳/陈洛南/张晨虹-运动干预脂肪肝的改善与肠道菌群网络的联系

• NC：港大张彤团队-基于组学的耐药基因风险评估框架

• NC：中国药科郝海平和郑啸发现饮食-微生物互作缓解肠损伤

• NC：遗传发育所Speakman组-棕色脂肪是无菌小鼠改善血糖的关键

• NC：宏基因组联合宏蛋白组分析揭示土壤微生物降解多酚

• NC：中科院动物所王关红等综述基因技术防控蚊媒疾病

• NC：王金锋等揭示阴道菌群异位对子宫健康的影响

• NC：中农徐凌/UC伯克利Coleman-Derr-植物与根际微生物在干旱下的互作机制(招博后)

• NC：噬菌体中无机硫辅助代谢基因的生态学研究

• NC：海大张晓华团队发现马里亚纳海沟微生物抵抗高压的新机制

• NC：菌物组构建—-随机性v.确定性、干旱胁迫、宿主筛选、统一动态(郭良栋、杨军点评)*

• NC：南农沈其荣、张瑞福团队揭示多样性激发的确定性细菌装配过程限制群落功能

• NC：你觉得你吃的是草，其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)

• NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性

• NC：蜜蜂肠道微生物的多样性

• NC：应对干旱 细菌崩了 真菌依然很稳（纯网络分析发Nature子刊）

• NC：南土所贾仲君组-稻田甲烷氧化的微生物机制

• NC：沈阳生态所揭示病原真菌和昆虫对温带森林木本植物物种共存的重要作用

• NC：机器学习方法扩展了anti-CRISPR蛋白家族的所有成员

• NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库

• NC：微生物所科学家建成小鼠肠道微生物资源库

• NC：南农团队解码并重构微生物群体感应系统

• NC：全球变化因子对土壤微生物多样性和功能的影响

• NC：电缆细菌减少水稻种植土壤中的甲烷排放

• NC：三代测序重构菌株水平宏基因组序列的计算框架iGDA

• NC：刘威/潘玉峰等发现肠道微生物可以影响果蝇的攻击行为

npj期刊

• npj | 宁波大学张德民团队揭示对虾生物絮团养殖系统细菌群落的调控机制

• npj | 王德华/张学英等揭示荒漠啮齿动物通过“菌群-肠-肾”轴耐受高盐的机制

• 华南师大王璋、广东省中医院黄清春、黄闰月等揭示痛风患者肠道菌群特征

• npj Microbiomes|细菌群落的整体涌现特性诱导了拟南芥的干旱抗性

Science和Advance系列

• SA：植物所杨元合组揭示矿物保护和微生物属性对冻土碳动态的关键调控作用

• SA | 天昊Accu16S细菌绝对定量技术助力发现“肠-骨轴”调控股骨头坏死机制

• Science子刊: 长期杀虫剂诱导选择下的宿主基因组与微生物组的共适应

• SA：南农沈其荣团队Science子刊揭示番茄早期微生物组功能决定成年健康*

• SA: 类配对分析法揭示孤独症患者肠道菌群解毒功能受损

• AS：西湖郑钜圣/鞠峰-人类肠道中特定耐药基因累积可能导致糖尿病风险上升

• AS | 中大丁涛/田国宝等揭示口腔菌群的差异化输入塑造了与健康状况相关的两种肺型

为什么Science子刊这么少，因为杂志和文章量最小，比Nature子刊少1个数量级。

Cell子刊

• Cell子刊：清华梁冠翔组综述人类病毒组从起源到成熟的过程以及相应的调控机制

• Cell子刊：源自微生物群的醋酸盐能够在健康和疾病期间促进大脑先天免疫系统的代谢适应性

• Cell Host | 张群业/王哲/张澄-肠道微生物群失调加重腹主动脉瘤

• Cell子刊：粘上你-细菌生长素介导的植物根部细菌定殖

• CHM：中科院遗传发育所周俭民组发现特异靶向病原菌致病力的植物天然产物并阐明作用机制*

• CHM：微生物来源的细菌素靶向宿主抗早期断奶仔猪腹泻研究

• CHM综述：口腔微生物群的部位特点：微米级生境与生态位

• CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会

• CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系

• CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关

• CHM：中山大学李剑峰组揭示植物利用细菌获得真菌抗性

• CM：发现60%的非酒精性脂肪肝与肠道菌有关，携带者体内酒精可达健康人4-6倍

• CM:北大姜长涛组发现HIF-2α通过肠道菌群调控脂肪产热

• TiMM微生物组学研究的突破与瓶颈

• Cell Reports：中大骆观正+上科大季泉江-CRISPR引导的细菌靶向遗传筛选系统

• Cell Reports：中科院动物所魏辅文组解析大熊猫肠道菌群季节性变化的功能

• Cell Reports | 北大吴晓磊/聂勇组代谢分工微生物群落的组装机制

Gut

• Gut | 华科宁康组利用迁移学习克服区域效应实现微生物特征的跨区域疾病诊断(视频)

• Gut：刘星吟/王益超/曹爱华等揭示孤独症患儿肠道菌群发育轨迹图谱(赵方庆点评)

• Gut：粪便病毒组移植减轻2型糖尿病和肥胖症模型小鼠的相关症状

• Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康* 孕期健康对孩子至关重要

• Gut：人体口腔菌群的稳定性和动态变化规律* 科普：口腔微生物“你的大能量，超乎我想象”

• Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定

PNAS

• PNAS | 朱永官院士团队单细胞拉曼结合靶向宏基因组揭示土壤活性抗生素耐药组

• PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌

• PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象

• PNAS：问微生物群落演替之随机性与确定性过程-谁主沉浮

Microbiome

• Microbiome | 吉林大学付云贺组揭示“肠源性乳腺炎”的新机制

• Microbiome | 农业微生物资源团队揭示水稻种子内生核心微生物组垂直传播机制

• Microbiome | 周之超等开发基于微生物基因组的功能分析软件METABOLIC(视频)

• Mirobiome | 广东省科学院土壤所孙蔚旻团队：固氮内生菌可以提高中国芒草的生态适应性

• Microbiome：沈其荣院士团队揭示土传枯萎病发病根际微生物群落形成机制

• Microbiome | 黄海所陈松林院士/华科宁康等-肠道菌群在龙利鱼(半滑舌鳎)抗弧菌病性状形成中的机制

• Microbiome | 印遇龙院士团队尹佳组在猪益生菌研究领域取得重要成果

• Microbiome | 东北农大石宝明/孟庆维等揭示宿主-微生物互作介导猪肠炎免疫

• Microbiome | 中国农科院王加启+赵圣国：宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战

• Microbiome：污水处理厂的微型真核肠道寄生虫：多样性、活性和去除

• Microbiome：香港理工李向东组-医院源可吸入耐药基因与宿主群落、临床关联和环境风险

• Microbiome：中科院微生物所蔡磊组揭示病害影响植物微生物组群落构建与功能适应

• Microbiome：西农韦革宏团队简化合成菌群通过激活ISR防治黄芪根腐病

• Microbiome：人类肠道和病原菌的可移动抗性组驱动环境中抗生素抗性增长

• Microbiome：海南大学张家超、Rob Knight等揭示益生菌在宿主肠道内适应性进化规律

• Microbiome：城环所杨军组-小幅盐度变化改变了城市水库微型真核浮游生物群落的构建过程和网络稳定性

• Microbiome：浙大马忠华团队-生防细菌抑制病原真菌新机制

• Microbiome：微生物所刘双江组建立人肠道微生物资源库（hGMB）

• Microbiome | 中科院张惠明团队揭示RNA介导的DNA甲基化影响植物根部微生物群落

• Microbiome：南土所梁玉婷组-稻田土壤产甲烷菌的共存模式

• Microbiome: 乡村环境微生物组成及功能基因或对呼吸道及过敏疾病具有保护性

• Microbiome：中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系

• Microbiome：地球上有多大比例的原核生物已经被测序了基因组？

• Microbiome: 微生物组的定义重新审视:旧概念和新挑战

• Microbiome：Kraken2进行16S物种注释又快又准，秒杀QIIME2

• Microbiome：捕食性细菌新类群-慢生单胞菌目细菌独特的生境适应性

• Microbiome：微生物群落在深海热液硫化烟囱体由活跃转换为非活跃状态过程中的演替模式

• Microbiome：华中农大谢卡斌组利用CRISPR系统减少16S rRNA基因测序宿主污染*

• Microbiome：南土所孙波组揭示间作重塑根际微生物组并促进生长的机制

• Microbiome：南京农大团队在粘细菌捕食的生态学功能方面取得重要进展

• Microbiome：中外合作揭示微生物群落降解复杂微生物聚合物的酶(视频导读)

• Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布*

• Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环*

• Microbiome：40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制 新闻稿:南土所褚海燕组揭示长期施肥抑制根际微生物固氮的作用机制*

• Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌*

• Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展*

• Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？*

• Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)*

• Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关*

• Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组*

• Microbiome：随机过程主导亚热带河流微型真核浮游生物群落构建*

• Microbiome：扩增子16S分析苏铁类植物微生物组*

• Microbiome：韦中组揭示根际原生动物群落是决定植物健康的关键因素*

• Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应

• Microbiome：微生物在植物世代之间的旅程

• Microbiome：南农张瑞福团队揭示放牧引起草原微生物组变化驱动土壤有机碳的转化和生产力的提升

• Microbiome：中科院遗传发育所揭示植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物组

• Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力

• Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler

• Microbiome：首个地球微生物“社会关系”网络在浙大绘制！

• Microbiome：再论扩增子功能预测分析(Picrust)的效果

• Microbiome：使用16S rRNA基因数据集实现种水平的分类

• Microbime：微生物组学领域的标准制定

• Microbiome：稻种的驯化在生态进化上塑造水稻种子的细菌与真菌群落

• Microbiome：长江中浮游和底栖硅藻的生物地理模式

• Microbiome：生态中心张丽梅组-植物发育时期驱动玉米微生物组生态角色的分化

• Microbiome：宏基因组揭示冻土带、温带草原和热带土壤抗性的特征

ISME

• ISME | 西农姜雨/牧医所黄火清等发布肠道原虫基因组集，颠覆百年认知

• ISME：表层蓝藻下沉至1000米深海固氮

• ISME | 浙大黄健华/陈学新等揭示寄生蜂调控寄主营养代谢的新机制

• ISME | 拟南芥次生代谢物调控微生物组介导的线虫入侵

• ISME | 沈其荣团队韦中组-土壤生物障碍发生的根际微生物组诊断

• ISME | 热液微生物群落揭示了喷口区的生物地理学和嗜热性的进化历史

• ISME | 沈其荣团队在有机肥驱动原生生物与芽孢杆菌互作防控土传病害取得进展

• ISME：林科院袁志林等-冷杉优势真菌共生发育的基因家族趋同演化及平衡选择机制

• ISME：胡锋/朱永官等揭示土壤噬菌体-宿主菌协同应对有机氯农药胁迫机制

• ISME：南农张瑞福组揭示芽孢杆菌通过代谢互作刺激常驻根际微生物促进植物生长！

• ISME：南农韦中等消减土壤青枯菌生物障碍新策略

• ISME：微生物网络构建与分析面临的挑战

• ISME：土壤微生物对硫的短期及长期利用的决定因素-基于13C,15N,14C和35S多同位素标记结果

• ISME：西农沈锡辉+韦革宏+王瑶揭示细菌铁获取和外膜囊泡招募新机制

• ISME：根系招募特异型菌群增强植物对盐胁迫的抗性

• ISME：中国林科院亚林所袁志林组揭示盐碱地根系深色有隔内生真菌种群基因岛的正向选择机制

• ISME：南土所梁玉婷组-不同气候条件下微生物代谢及残体介导施肥对土壤有机碳的影响

• ISME：中大李文均组在放线菌生命暗物质的生态功能与进化上取得进展

• ISME：昆士兰大学郭建华组-人造甜味剂会促进细菌耐药性的传播

• ISME：多组学揭示低氧环境下的汞甲基化细菌

• ISME：中科院微生物所揭示细菌利用光能新机制！

• ISME: 中科院南京土壤所褚海燕组揭示关键菌群的生物多样性决定作物产量

• ISME: 北大吴晓磊组发现囊泡为细菌利用环境血红素提供全新途径

• ISME：南农沈其荣团队基于大数据准确预测土壤的枯萎病发生 纯生信发ISME

• ISME: 近海沉积物中古菌群落的时空动态：群落构建机制和共现关系

• ISME：海洋氨氧化古菌的营养能量策略决定其生物地理学分布格局(秦玮组招聘博士/博后)

• ISME：中科院动物所张知彬组揭示肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应*

• ISME：群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存*

• ISME：污水厂抗性组受细菌组成和基因交换驱动且出水中抗性表达活跃*

• ISME：城环所杨军组揭示水库蓝藻影响真核浮游生物的群落演替和物种共存*

• ISME：宿主性别可以决定肠道微生物对寄生虫感染的响应*

• ISME：整合分析揭示塑料圈微生物组的全球多样性

• ISME：二型糖尿病患者中与牙周炎相关的龈下菌群

• ISME：华中农大李霞组发现大豆根际微生物组变化与根瘤菌共生效率的关系

• ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装

• ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸

• ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识

• ISME：高手开杠-‘1%的微生物可培养’到底为哪般？

• ISME：相关分析在微生物生态学中的应用与误用

• ISME：沈农栾军波组揭示水平转移基因的功能

• ISME：二氧化碳和氮水平对植物根表菌群和功能的影响

• ISME：比较基因组学揭示蓝藻进化和生境适应性特征

• ISME Commun: 华中农业大学在菌群收敛机制方面取得新进展

• ISME Comm | COVID-19疫情期间和之后河流浮游生物群落的干扰和恢复

Genome Biology

• GB：香港城市大学孙燕妮组发表高准确度病毒株识别工具VirStrain

• GB：赵方庆组揭示生命早期肠道菌群演变规律及决定因素

• GB：MITRE利用微生物组时间序列数据推断与宿主状态变化相关的特征

• GB：徐健/王师/黄适合作开发微生物组测序新方法2bRAD-M

Cell Research

• Cell Research封面 | 刘志华组揭示肠道菌群可促进胰岛素的分泌*

• Cell Research：华农解析水虻基因组图谱和肠道微生物组降解规律

Protein & Cell

• Protein Cell | 骆观正/梁普平/何川-CROss-seq技术系统鉴定多个CRISPR工具的脱靶效应

• Protein & Cell：心血管疾病中的肠道微生物及其潜在的治疗应用

• PC：肠道菌群及其代谢物在代谢性疾病中的作用

• PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身*

• PC: 对菌群影响药效和毒性的全面总结*

Molecular Plant/New Phyto/Plant Comm

• MP: 王二涛组及合作者揭示丛枝菌根共生与根瘤共生的协同进化机制*

• MP综述：植物-微生物互作的系统生物学

• MP：微生物跨界平衡维持植物健康

• MP：中科院微生物所郭惠珊组和中科院上海植物逆境中心段成国组合作揭示油菜生长与免疫动态调节的新机制

• New Phyto | 沈其荣团队李荣等解析生物有机肥培育抑病土壤的根际菌群抵御病原菌入侵的机制

• New Phytologist | 中农冯固组揭示菌丝际核心微生物组帮助AM真菌矿化有机磷

• Plant Com：绝对定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术简介* 全文解读

Bioinformatics

• Bioinformatics & BIB｜港城大孙燕妮组用于识别和分析宏基因组数据中噬菌体序列的网站

• BiB：王秀杰/裴小兵合作开发单细胞组学细胞标记基因鉴定算法COSG

• BiB | 姜敬哲/原丽红/孙燕妮团队合作开发可用于病毒快速分类生信工具

• BiB: 电子科大邹权组构建基于肠道菌群平衡的疾病预测模型及微生物生物标志物发掘平台

• GPB：农业生产活动对水体微生态的重要影响

• GPB：菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制

• GPB：葛根芩连汤调节肠道菌群治疗糖尿病的关键活性成分鉴定及机制研究

• GPB: MicroPhenoDB量化关联宏基因组与病原微生物、核心基因和人类疾病表型

• Bioinformatics：吉林大学刘富组-深度学习从宏基因组序列中识别短病毒序列Virtifier

美国微生物学会mSystems/mBio/AEM

• mSystems | 中农汪杰组揭示影响土壤“塑料际”微生物群落的机制

• mSystems | 中科院微生物所东秀珠组发现细菌和古菌协同代谢甜菜碱产甲烷

• mBio：西农韦革宏/焦硕等揭示随机组装过程促进稀有物种多样性和多功能性(附招聘)

• James M. Tiedje院士：微生物与气候变化——未来研究的新篇章

• MS：中山大学丁涛/吴忠道-肠道菌群调控血吸虫病传播媒介光滑双脐螺适生性的新机制

• mSystems：“地球第四极”马里亚纳海沟极端环境中神秘的底栖病毒群落及其生态功能

• mSystems：生物地球化学进入病毒时代-采用多样的方法研究病毒和生物地球化学循环

• mSystems：华中农大郝秀丽组发现稀有/丰富微生物类群对镉污染土壤改良剂的不同反应！

• mSystems：青大苏晓泉阐述微生物组的Beta多样性-从全局比对到局部比对

• mSystem：西农韦革宏组细菌-真菌互作影响微生物多样性-土壤养分循环关系

• mSystems：苏晓泉、徐健等发布全球微生物组结构和功能搜索平台2.0

• mSystems：苏晓泉、徐健-基于大数据引擎的全球微生物组转化网络

• mSystems：华南农大揭示水稻SST基因调控根际微生物协同耐盐机制

• mSystems: 中科院动物所王德华组揭示低温下野生动物肠道菌群提高存活率的机制

• mSystems：南京土壤所褚海燕组受邀发表微生物生物地理学综述(官方配视频简介)

• mSystems： 南土所褚海燕组揭示了大空间尺度下空间比季节对土壤微生物群落的影响大

• mSystems：土壤化学计量特性影响土壤C、N和P循环微生物丰度及其对全球变化的抵抗力

• mSystems：南昌大学徐振江团队发现微生物预测年龄皮肤比肠道更准确

• mSystems：从铁载体窥根际菌群互作大局，可见一斑！

• mSystems：相对丰度会歪曲实际丰度，联合16S扩增子测序和总菌qPCR获得的绝对丰度可靠吗？

• mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性

• AEM：众里寻他千百度，用了SIP不迷路-识别污水处理单元中砷氧化细菌的多样性及代谢潜力

• AEM：南林樊奔等-植物根际促生菌控制大豆疫病

• MS｜谢黎炜组发现混合益生菌制剂及其代谢产物可缓解结肠炎

• MS | 北航贺子龙等泛基因组研究金黄色葡萄球菌基因组可塑性的驱动因素

Frontier系列

• Frontiers | 北林邬荣领/何晓青-网络作图揭示拟南芥与叶际微生物组互作机制

• FiM | 牧医所奶业创新团队建立瘤胃微生物脲酶的靶向宏蛋白质组方法

• FiM：西南民大朱英等-肠道菌群研究促进了朱鹮的迁地保护

• FiPS综述：植物次生代谢物与微生物组互作研究进展

• FiM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力

土壤SBB/SEL/Geoderma

• EJSS: 南土所梁玉婷组-生境决定了土壤植物系统中细菌、抗性基因和可移动元件间的关系

• Geoderma：南土所梁玉婷组-施用粪肥土壤中抗生素抗性基因和金属抗性基因的共存机制

• SBB：南土所梁玉婷、孙波等跨气候带土壤移置揭示了气候变暖及施肥对土壤固氮微生物递增的环境过滤作用

• SEL重磅：重新认识菌根：菌根真的如普遍认为的那样重要吗？

• SEL | 植物通过根系分泌物招募假单孢菌协助抵抗地上部病原菌侵染

• SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究*

• SBB：增温掩盖不同形态氮素对青藏高原草地微生物群落的作用*

• SEL：力争成为土壤生态学界的“Cell”

• SBB：南土所褚海燕组-pH主导土壤中固氮群落的共存与装配

• SBB：土壤微生物群落的特征究竟由什么决定

• SBB：替代固氮酶对非共生固氮可能的贡献

Current Opinion系列

• COM：重组菌群体系在根系微生物组研究中应用*

• COM：下一代微生物组技术在作物生产中的应用——局限性以及基于知识的解决方案的需求

• COM：病原体之外-微生物组与植物免疫系统的相互作用

• COM：根系-土壤-微生物互作

• COB：自然界的循环利用-厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解

• COPB：Current综述：中农宋春旭等为植物有益微生物组构建一个美好家园

Communications Biology

Nature出版社新开源期刊，目标是承接Nature Communications拒稿的优秀文章。今年获首个影响因子，预计2-3年后将稳定在8分左右(Nature Communicates和Scientific Reports的平均水平)。

• CB: 浙工大钱海丰组等发现浮丝藻水华促进抗性基因传播转移

• CB：南土所梁玉婷组-细菌群落的高稳定性和代谢能力促进了土壤中易分解碳的快速减少

• CB：中国农大胡永飞组构建整合的鸡肠道微生物组的参考基因和基因组集

环境EST/EM/EP/EI/JHM/STE

• JHM | 华科宁康组在微生物介导的环境和人的互作关系领域取得多项成果

• EST | 城环所朱永官院士团队在抗生素抗性基因的土壤食物网传递的研究中取得进展

• STOTEN | 朱永官团队综述完全氨氧化-更便捷的微生物氨氧化过程

• EST | 北大朱怀球组揭示大气微生物与人为活动的关联及对人体健康的影响

• 沈阳生态所在保护性耕作促进农业可持续发展方面取得新进展

• JHM：原生动物对酸性矿山废水侵蚀土壤的生态响应机制

• JHM：中科大盛国平组揭示蚯蚓堆肥降低污泥耐药基因ARG的传播

• EST：西湖大学鞠峰组-污水厂病原菌与土著反硝化细菌是多重抗生素耐药基因的活跃表达者

• EST：广东生态所孙蔚旻团队发表尾矿微生态调查两部曲

• EST：李芳柏团队揭示微生物介导的砷氧化耦合硝酸还原

• EI：南土所褚海燕组发现农业土壤微生物核心菌群能够提升土壤生态功能

• EI：西湖大学吴连锋&鞠峰团队饮用水中的二甲双胍氯化副产物的潜在健康隐患

• EI：天大王灿+昆士兰郭建华揭示生物气溶胶是猪场耐药基因的重要传播途径

• EP：广东省生态环境技术研究所孙蔚旻团队: 梯田土壤微生物对不同酸性矿山废水侵蚀作用的响应机制*

• EM： 生而为菌，自强不息-嗜酸杆菌在重金属污染土壤中的生态适应性机制

• EM: 土壤pH和温度调节农业生态系统中丰富和稀有细菌群落的构建过程

• EM：不同气候条件下土壤稀有与丰富微生物类群的分化策略

• STE：环境菌群代谢产物可预防炎症症状

• STE：华南农大曾振灵/熊文广-猪粪介导抗生素耐药基因向农场工人和周边环境传播

• STE：中科院微生物所胡松年组揭示一年内医院ICU环境菌群的生物多样性

• 提高社会的微生物素养：势在必行！

Journal of Genetics and Genomics(遗传学报)

• JGG | 江南大学翟齐啸组解析肠道益生菌体外免疫刺激活性的种属依赖性

• JGG | 中科院微生物研究所王军团队发现肠系膜淋巴系统可能为肠-肝轴第二通路

• JGG：青岛大学苏晓泉团队利用条件致病菌指数评估环境微生物风险

• JGG：微生物组学专刊(赵方庆、白洋、张志刚、王军、郑钜圣、魏泓、沈伟、刘永鑫等）

• JGG：我国多民族间宿主—微生物基因多样性及微观共进化研究

• JGG：北大陈峰+陈宁揭示维生素A缺陷小鼠中多因素对肠道菌群的调节作用

• JGG：EVenn: 3分钟在线轻松绘制5种Venn图和Venn网络

• JGG：肠道微生物研究助力穿山甲圈养保护

• JGG：肠道细菌加重小分子量卡拉胶诱发的直肠炎症

• JGG：微生物所王军-综述固有免疫细胞在胃肠道疾病中研究进展

• JGG：华中师大蒋兴鹏组-不同稀疏水平信号的微生物组关联检验方法

• JGG: 赵方庆、赵翔等开发高效捕获RNA病毒基因组的宏转录组建库测序新技术

• JGG：遗传发育所白洋组和曹晓风组-水稻组蛋白甲基化调控根系核心菌群

• JGG：赵方庆组综述菌群-肠-脑轴与自闭症谱系障碍的研究进展

• JGG：口腔微生物组助力妊娠糖尿病识别

• JGG：肠道菌群与COVID -19重症风险密切关联

• JGG：Microbiome 专刊征稿

• 遗传：细菌、真菌和动植物的泛基因组研究进展

中国科学

• SCLS：水稻微生物组时间序列分析*

• SCLS：拟南芥二半萜类化合物调控根系微生物组*

• SCLS | 朱永官院士等-噬菌体技术阻抑抗生素耐药风险隐匿大流行

• SCLS：微生物所方荣祥/张莉莉团队开发植物内生细菌特异16S引物

• 中国科学：植物免疫研究与抗病虫绿色防控：进展、机遇与挑战

• 科学通报：合成微生物群落的构建与应用

• Science Bulletin：崔杰组发表了深浅海软甲纲动物比较病毒组学分析成果

食品

• 微生物所蔡磊等利用微生物组技术成功开展大豆原产地溯源与病原真菌检疫筛查

综述

• Trends in Plant Science | 植物微生物群失调与安娜-卡列尼娜原则

• TiM | 韩国中央大学贾保磊等综述肠道微生物组介导的胆固醇水平降低的机制

• TiG: 王关红和Jackson Champer综述共生菌和基因驱动技术防控蚊媒疾病

• TiP：湖大于峰组综述病原体分泌的宿主模拟物在植物病害发展中的新作用！

• 刘双江：微生物对经济社会发展的影响研究

• 近9分的生信杂志发了一篇Venn图工具大比拼

• 微生物组学大数据：如何挖掘与利用？

• TM综述：低微生物量微生物组研究中的污染：问题和建议

• 南土所褚海燕组综述微生物组学的技术和方法及其应用

• TM：微生物稀有生物圈群落装配过程

• TM：rDNA拷贝数的种内变化影响微生物群落分析吗?

• TM: 微生物入侵：过程、模式与机制

• TiM：清华杨云锋-微生物功能性状的新兴模式

• BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展*

• FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪

• TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁

• MER：系统了解宏组学实验与分析

• 淡水：21世纪的分子微生物生态学

• ARM：植物微生物组的生态学与进化

• Ecology&Evolution|微生物功能多样性从概念到应用

• BA综述：微生物群落的生物技术潜力及应用

其它

• J Infect (IF 38) | 韩国中央大学贾保磊等揭示人口腔微生物组中编码羊毛硫抗生素链球菌是肝脏疾病的潜在风险因子

• Ann Rheum Dis | 华科韩金祥/宁康等发现微生物失调和代谢紊乱在类风湿关节炎中的作用

• EM | 北京市农林科学院生物所仇天雷等揭示畜禽粪便及堆肥中ARGs宿主分布特征

• Clinical Chemistry | 张建中/徐健开发幽门螺杆菌单细胞精准诊疗技术

• PBJ | 华中科大宁康组揭示甘草根转录组-微生物群落-次级代谢产物调控模式

• PBJ | 华南农大联合中科院东北地理所发表植物功能基因与根际微生物互作综述

• NAR：测序数据鉴别和去除rRNA序列利器RiboDetector

• 微生物组数据揭示中国稻谷产毒真菌分布及仓储动态变化

• BFS：南土所梁玉婷组综述促进土壤植物生态系统健康的微生物共存理论

• 中大李文均团队在氮循环功能基因的生物地理学分布格局研究中取得进展

• IJMS：牧医所奶业创新团队在瘤胃微生物新型脲酶抑制剂开发方面取得新进展

• ME：环境DNA（eDNA）宏条形码技术正在转变我们考察动植物群落的方法

• ESTL：郭建华等新型多重扩增子测序法可实现污水中 SARS-CoV-2 RNA 的精确定量和病毒溯源

• Aquaculture：天津农科院谢凤行团队揭示菌群预测功能与实际代谢特性的相关性

• Water Research：南土所褚海燕组揭示冰川源水体和沉积物细菌群落显著分异

• Water Research | 南科大夏雨组揭示Anammox菌群微米级空间异质性和保守互作

• Water Research | 南科大夏雨等-纳米孔宏基因组揭示污水受纳水体耐药菌/基因特征及耐药基因富集机制

• WR | 水源水耐药基因稳定赋存的关键：以致病菌为“源”，群落构建主导菌为“汇”

• Engineering：王军和张发明组发表人体肠道菌群的原位重建及昼夜节律的研究

• EBioMedicine：西湖大学郑钜圣组-乳制品摄入与肠道微生态、心血管代谢健康的关系

• PCE：南农张瑞福组揭示微生物肥料菌种芽孢杆菌应对植物免疫防卫实现根际定殖的新策略

• 【新疆棉花】合成生物学驱动第四次工业革命，生物技术促进新疆棉花健康绿色发展

• 土壤学报：张福锁院士等提出根际生命共同体新概念

• GEB：中科院南土所梁玉婷组-大陆尺度下稻田土壤微生物β多样性的纬度分布特征

• JGG：口腔微生物组助力妊娠糖尿病识别

• Diabetes Care：西湖大学郑钜圣等机器学习揭示影响2型糖尿病的肠道菌群特征

• Arthritis Rheumatology：张烜+王军发表系统性红斑狼疮患者的肠道菌群变化

• Horticulture Research：植物界的“投之以桃，报之以李”的合作共赢典范 模式图的手稿

• FEMS: 砷锑污染土壤剖面的微生物世界

• FEMS：广东生态所孙蔚旻组利用DNA-SIP宏基因组揭示锑氧化微生物及其代谢途径

• CSBJ综述：微生物组数据挖掘方法的挑战与机遇

• GCB：生态中心邓晔组-增温改变了微生物相互作用关系

• GCB：农田土壤丰富真菌比稀有真菌适应更广(一作解读+主图重现)

• GCB：西农韦革宏团队-土壤多营养级网络的复杂度增强农田系统生物多样性和多功能性的联系

• GCB: 南土所冯有智组揭示了温度非线性的控制了全球土壤腐生真菌地理学分布

• GCB | 华中农大刘玉荣组在海拔梯度下土壤碳周转领域取得系列新进展

• GEB：焦硕等发表生态位的系统发育保守性决定土壤古菌地理格局

• 青岛大学苏晓泉组-微生物组16S扩增子功能校正算法Meta-Apo

• BMC Biology：香港城市大学孙燕妮组发表高准确度预测病毒宿主的工具

• BMC Biology | 中科院北京基因组所李明锟组建立微量样本的宏基因组学研究方法

• BMC：幼儿关节炎患儿肠道菌群的特征*

• WR：微生物污染源解析中宿主特异性标记物在中国的表现特征*

• Water Research：南科大夏雨+唐圆圆-台风对深圳沿海微塑料和微塑圈的影响

• WR：城环所杨军组揭示亚热带水库浮游有壳虫群落构建受随机性过程影响比确定性过程更强

• Science Bulletin：上海植生所王二涛组发表基于绝对定量丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型*

• JCP：曝气生物滤池处理焦化废水过程中N₂O和NO的产生机理与群落功能研究*

• Fungal Diversity：70位作者共同修订真菌界担子菌门分类系统

• PCE：南农沈其荣团队根系分泌物驱动土壤-微生物-养分之间的反馈作用以响应植物的生长

• PB：玉米气生根分泌物支持的高效生物固氮

• EL：谁说N素含量高就不固氮了(本研究反而“多多益善”)

• EL：固氮能力主要取决于物种分类而不是土壤养分

• BT：关键胞外酶触发了细菌群落演替偶联的高效堆肥

• BT：大豆皮堆肥过程中的物质转化、微生物群落组成和代谢功能演替

• Viruses：病毒宏基因组学揭示马来亚穿山甲受仙台病毒和冠状病毒的侵染

• 微生物所高程-郭良栋组（内附招聘）在菌根适应策略研究中取得进展

• NewPhy.-揭秘优势种dominant species

• New Phytologist：王建军等综述全球变化下的山地微生物组和生态系统功能

• Gut Microbes：南医大刘星吟团队揭示肠道微生物与孤独症相关*

• Gut Microbes：南医大刘星吟组-孤独症的基因变异与肠道微生物群、代谢物和细胞因子的改变有关

• 中国微生物组计划—农作物微生物组*

• 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较*

• EID：宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用*

• Current Biology: 微生物所白逢彦组段守富揭示酿酒酵母通过基因网络的逆向进化适应环境的新机制*

• 中国人是否对新冠病毒更易感？*

• 遗传：从遗传力到肠菌力：概念及研究进展

• 遗传：基因组时代线粒体基因组拼装策略及软件应用现状

• NAR：RiboFR-Seq将16S rRNA与宏基因组连接的方法

• NAR：浙大陈云/马忠华团队揭示病原真菌组蛋白H3K27甲基化识别新机制

• IBD：5-氨基水杨酸治疗后溃疡性结肠炎患者真菌菌群的变化

期刊介绍

• 微生物学综合性英文期刊mLife入选高起点新刊

• The Innovation | 中科院青促会主办精品英文期刊视频简介，定位IF 20+国际顶刊

• Applied and Environmental Microbiology (AEM)

• Soil Biology and Biochemistry(SBB)

• Bioresource Technology

• FEMS Microbiology Ecology

• 微生物领域非顶级期刊概述

• GPB编辑部招聘启事 2019 Impact Factor破7；CiteScore破10

科普视频-寓教于乐

• Nature点评丨超乎你想像，打喷嚏的飞沫竟然能飞这么远！戴口罩防新型肺炎非常有必要！

• 一人一天发两篇Science，配视频揭秘：植物如何在与病菌的斗争中取胜？

• 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络

• CCTV9让尸体说话-法医密档

• 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

• 走进科学：锄禾者新说

• NHK再造人类生命的神奇细胞

• NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用

• NHK生命大跃进

• BBC人体奥秘之细胞的暗战

• BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body

• NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body

• NGC子宫日记Womb

• 脱口秀《娶妻当娶女博士》续集《娶妻别娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加泪点

• 地球5000年变化全景动画——看完叹了口气：整个世界安静了

• 东北大米为何如此好吃

• 人类的体温为何是37度

• 龙的简史

• 基建狂魔：硬核技术之隔绝厌氧菌的涂料

• 美国人眼中的中国崛起，15分钟让你明白美国对中国打贸易战的真相！

• 89岁屠呦呦再次震惊世界！视频介绍疟疾、青蒿素和背后的故事

• 肠·道 | 邱琇：靓汤/烧香影响母婴健康？看巨大出生队列如何揭秘！

• 肠·道 | 朱元方：产检消毒恐误伤菌脉，6大举措则促菌脉相承

• 肠·道 | 马雄：20年钻研自身免疫性肝病，争研究型医生金牌！

• 王金锋：母婴菌群传递的7大关键词

科普图文

原创

• 你狠心冲掉的便便，正成为许多肠胃病人的救星

• 原来益生菌是这么搞定致病菌的

• CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇

• 从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药

• 漱口水增加糖尿病，高血压风险

• NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效，Immunity|LGG促进生骨

• Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎

• 口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯

• 一些你可能忽略的护牙小技巧

• 过年了，少喝点酒，多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单

• 作物驯化与人类的生活

漫画科普

• 一图读懂丨2019新型冠状病毒，你需要知道什么？

• 杀人最多的合法毒品

• 成年人过敏的N种变态表现

• 你看的每一篇Nature论文，都是这样出炉的！

• Nature审了个稿，却卷进一桩诺贝尔奖的公案！

• 起源、进化、创造、探索——穿越138亿年的时间之旅

• 染上艾滋的第22个小时，我完成了自救

• 艾滋病交响诗

• 被传染艾滋

• 生命简史

• 梅毒狂想曲

• 气候创造历史

• 厌氧君和好氧君谁是明日之子

• 疯狂的消化之旅——消化系统简介

• 生物学家也要了解的物理

• 真菌其实是长歪了的动物

• 那些不回微信的人，都在想什么？

• “我付了钱，为何要说谢谢？

其它

• 病从口入：土壤菌群如何影响肠道健康

• Nature子刊评论：2020年后，微生物组将如何发展？

• 调控微生物改善土壤，生物制剂能否开启农业新篇章？

• 饶毅对非升即走的思考

• “一不小心”成为大佬：Rob Knight 的传奇故事

• 结肠癌个性化治疗新手段——基于类器官的Cas9筛选平台 | Cell Press 青促会述评

• 大多数人都不知道，人类基因组正在衰败

• 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇

• 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇

• Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天

• Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重

• 在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难？

• 怎么跑都不累？自然医学揭秘微生物组提升运动表现

• 为了你的幸福，你知道细菌有多努力吗？

• 肠道菌群助你脱单，爱TA就请TA一起吃饭

• 56张图片带您认识细菌长啥样？

• Nature：剖腹产到底好不好？——肠道菌群的视角

• 生物领域预印本bioRxiv发展概览

• 微生物对人类社会的影响

• 口腔菌群想要突破？这一方法潜力无限

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外6000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

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