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最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
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3组装拼接MEGAHIT和评估quast
4基因注释Prokka
5基于Kmer比较数据集sourmash
6不比对快速估计基因丰度Salmon
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9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
10绘制圈图-Circos安装与使用
MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
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聚类分析factoextra
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堆叠柱状图各成分连线画法:突出组间变化
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微生物环境因子分析ggvegan
五彩进化树与热图更配ggtree
多元回归树分析mvpart
随机森林randomForest 分类Classification
加权基因共表达网络分析WGCNA
实验设计与技术
微生物组取样和DNA提取建议
样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复?
样品命名 注意事项 实例
扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择?
海洋可培养微生物的鉴定与分类
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Microbiome: 室温存储样本方法比较
Nat. Biotechnol.:高通量测序16S及18S rRNA全长
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基础知识
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COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
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Ann. Rev.:植物微生物组—系统见解与展望
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Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
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Nat. Genet.:微生物如何适应植物的? 评论 正文
Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
Nat. Commun.:降低微生物群落复杂度突破组装难题
GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
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Nat. Med.:菌群与疾病的关:先有鸡还是先有蛋?
Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物,居然也会抑制人体肠道菌群?
Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
科普视频-寓教于乐
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写在后面
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