RDKit | 基于RDKit获取分子3D距离矩阵

获取分子的3D距离矩阵时，使用Get3DDistanceMatrix方法。

导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import rdDistGeom as molDG

mol = Chem.MolFromSmiles('CCC')
bm = molDG.GetMoleculeBoundsMatrix(mol)
bm

array([[0.        , 1.524     , 2.51279063],[1.504     , 0.        , 1.524     ],[2.43279063, 1.504     , 0.        ]])

AllChem.EmbedMolecule(mol)

dm=AllChem.Get3DDistanceMatrix(mol)
dm

array([[0.        , 1.50401361, 2.47848679],[1.50401361, 0.        , 1.50913087],[2.47848679, 1.50913087, 0.        ]])

mol1 = Chem.MolFromSmile

RDKit | 基于RDKit获取分子3D距离矩阵相关推荐

RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图
化学信息学中有许多网络结构化数据.例如分子,分子相似图和MMP等. Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件基于RDKit和Cytoscape绘制分子的相似图. py2cytos ...
RDKit | 基于RDKit绘制黑白颜色的分子
基于RDKit绘制黑白颜色的分子导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import ...
RDKit | 基于RDKit输出分子结构图（Image）的方法
RDKit内置功能绘制分子结构的函数,可根据rdkit.Chem.Draw包创建分子图像方法一:基于SMILES输出分子2D图(2D image) 导入库 from rdkit import Che ...
RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学
基于RDKit绘制带原子和键的索引.注释和立体化学导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Dra ...
RDKit | 基于RDKit和k-均值对化合物进行非分层聚类
具有高相似性的分子组合可以改写为在化合物空间(化学空间)中具有短距离.在这种情况下,"相似性"和"距离"可互换使用.通过选择相距较远的化合物,可以构建各种化合物 ...
RDKit | 基于RDKit(≥2020.09.1)的相似图绘制新方法
导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps fr ...
RDKit | 基于RDKit的指定原子或键高亮
基于RDKit的指定原子或键高亮指定原子或键高亮 HilightChemAtom.py from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import rdMo ...
RDKit | 基于RDKit的SMILES转canonical SMILES
基于RDKit的SMILES String转canonical SMILES String 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw ...
RDKit | 基于RDKit绘制化学反应
基于RDKit绘制化学反应导入库 from rdkit import RDConfig import unittest import random from rdkit import Chem fr ...

RDKit | 基于RDKit获取分子3D距离矩阵

RDKit | 基于RDKit获取分子3D距离矩阵相关推荐

最新文章

热门文章