GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库

2024-03-31 14:41:52

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GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据，采用标准流程进行peak calling分析，并基于已有的转录因子motif数据，预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下

http://gtrd.biouml.org/

整个数据库构建的pipeline示意如下

采用bowtie2将reads与基因组进行比对，并利用MACS,SISSRS等4款软件进行peak calling, 得到转录因子的peak区域。

对于同一个转录因子，同一种peak caling软件得到的peak区域，如果两个peak区间的中心距离小于50bp的话，就合并为一个区间，此采用这种方式来对原始的peak进行聚类，即cluster。

对于同一个转录因子，多种peak calling软件得到的所有peak区域，将peak中心小于50bp的peak区间归类为一组，并从中根据软件的优先级选取一个peak作为代表，各个软件优先级从高到低为GEM, PICS, MACS, SISSRs，这种聚类方式称之为MetaClusters, 构建出一个转录因子所有的非冗余peak区间。

该数据库常用的使用场景如下

1. 查询转录因子chip_seq原始数据

2. 查找基因上的转录因子结合位点

3. 查询转录因子的靶基因

除了在线查询外，该数据库还开放下载功能，链接如下

http://gtrd.biouml.org/downloads/19.04/chip-seq/

GTRD收录的转录因子的数据最多最全面，其查询转录因子靶基因的功能真的是非常实用。

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