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DNA 甲基化作为重要的表观遗传学的标记，能够调控基因的表达，在生长发育和疾病相关研究领域都有着重要意义。测定甲基化的手段有很多，芯片作为一种成熟的手段，其稳定性，可重复性以及性价比，使得在DNA甲基化研究领域芯片占据了半壁江山。

对于human来说，目前主流的DNA甲基化芯片有450K 和 850K 两种，都是illumina 公司研发的。这里的 450K 和 850K 指的是芯片上探针的数量，对应可以检测的甲基化位点个数。本文整理了DNA甲基化芯片分析的相关资料，首先是初步的认知

  • 初识DNA甲基化芯片

  • DNA 甲基化芯片中的bead到底是什么

  • beta 值和 M 值: 衡量样本甲基化水平的金标准

  • DNA甲基化芯片探针的P值如何计算

  • 甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么

接下来是分析软件的操作，常用的软件有GenomeStudio, Minfi, ChAMP这3种，GenomeStudio相关资料如下

  • illumina 官方提供的甲基化芯片分析软件 GenomeStudio - 安装篇

  • GenomeStudio methylation : 对DNA甲基化水平进行定量

  • GenomeStudio 中的背景校正和归一化算法

  • 使用GenomeStudio 鉴定差异甲基化位点

Minfi相关资料如下

  • minfi 分析甲基化芯片数据-数据导入篇

  • minfi 分析甲基化芯片数据 - 质量过滤篇

  • minfi 分析甲基化芯片数据 - 预处理篇

  • minfi 分析甲基化芯片数据-差异分析篇

  • minfi 分析甲基化芯片数据-pipeline篇(附完整代码)

ChAMP相关资料如下

  • ChAMP R包安装中的事故

  • ChAMP 分析甲基化芯片数据-数据导入篇

  • ChAMP分析甲基化芯片数据-QC篇

  • ChAMP 分析甲基化芯片数据-归一化篇

  • ChAMP分析甲基化芯片数据-差异分析上篇

  • ChAMP 分析甲基化芯片数据-差异分析下篇

  • ChAMP分析甲基化芯片数据-GSEA篇

  • ChAMP 分析甲基化芯片数据-EpiMod篇

同时也提供了基于测序的甲基化分析资料

  • bismark对参考基因组建立索引

  • bismark 识别甲基化位点-比对篇

  • bismark 识别甲基化位点

  • bismark 识别甲基化位点-可视化篇

  • methylKit 进行差异甲基化分析

  • bsseq 进行差异甲基化分析

最后就是DNA甲基化相关的数据库

  • DiseaseMeth 人类疾病相关的甲基化信息数据库

  • PubMeth: 癌症相关的甲基化基因数据库

  • iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

  • MethHC: 整合了癌症相关的甲基化与基因表达谱数据的数据库

  • MethyCancer : 癌症相关的甲基化基因数据库

DNA甲基化主要以芯片为主，只需要掌握对应R包的使用，就可以轻松分析甲基化芯片的数据。

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