几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后,都会去做GO和KEGG富集分析。那么GO和KEGG都是什么?富集分析又是个什么东西呢?

01

为什么做富集分析?

在我们进行差异表达分析的时候,我们会得到很多的差异表达基因。这些基因如果只是按照基因名放到哪里的话,我们很难找到一个规律说这些有基因之间有什么关系的。例如下图,我们把这些差异基因平铺来了之后,就是这么一个情况。

高通量的数据的分析,可以让我们得到很多候选的结果。但是如果只是把结果这样的平铺开的话,反正不利于我们去发现事情的本质。所以为了更情况的看清楚这些基因的功能,我们就使用了富集分析。我们可以把富集分析理解为在把很零零碎碎的东西,通过一个整体来反应出来,类似于从微观到宏观的变化。

利用富集分析,我们就可以把很多看着杂乱的差异基因总结出一个比较整体反应事件发生的概述性的句子。例如:TP53信号通路和胃癌的发生有关。而不是说BAX、BID、ABL1、ATM、BCL2、BOK、CDKN1A这7个基因和胃癌的发生有关系。

剩余文章内容<<<<

GO分析和KEGG分析都是啥?相关推荐

  1. R语言——GO分析和KEGG分析

    目录 介绍 计算原理 实际操作过程 加载相关包 读取文件 格式转化 GO富集分析 KEGG分析 保存相关结果 介绍 在DEseq2的基础上,进行GO分析和KEGG分析 # 设置国内镜像,安装时运行一次 ...

  2. go分析和kegg分析_GO分析和KEGG分析都是啥?

    本文原创发布于微信公众号"数据库百科".未经许可,禁止转载. 几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后,都会去做GO和KEGG富集分析.那么GO和KEGG都是什么?富集分析又是个什 ...

  3. riboseq的下游分析ribodiff,在R里进行GO分析和KEGG分析

    1.导入数据 rm(list=ls()) options(stringsAsFactors = F) library(tidyverse) # ggplot2 stringer dplyr tidyr ...

  4. go分析和kegg分析_干货预警:3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析(2)

    在 3分钟了解GO/KEGG功能富集分析 一文中给大家讲解了GO和KEGG的基本概念和内涵,并且给大家介绍了DAVID这一神奇网站.今天我们就把GO/KEGG功能富集分析的详细教程按部就班地呈现给大家 ...

  5. go分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)

    介绍 生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见.目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护.例如D ...

  6. go分析和kegg分析_一文教你如何掌握基因功能(GO)和信号通路(Pathway)分析

    大家在进行差异基因表达分析时,会得到一批显著差异基因,接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能,常见的就是GO功能注释和KEGG(pathway)通路富集分析.那么,啥叫GO功能注释呢?啥是KEGG? ...

  7. go分析和kegg分析_GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集...

    一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. 以下以一个案例来 ...

  8. R软件--GEO数据分析教程:差异性分析、富集分析(GO\KEGG\DO)

    title: "GSE93798" output: word_document knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) R Markdown 关于GS ...

  9. go kegg_零基础 GO 与 KEGG 分析,手把手教你用多种途径实现!

    GO 是啥? 不是让你走的意思.GO 全称是 Gene Ontology,即基因本体.涉及生物学的三个方面,细胞组分(cellular component).分子功能(molecular functi ...

最新文章

  1. xgboost lightgbm catboost 多分类 多标签
  2. Microsoft.Data.ConnectionUI.DataConnectionDialog
  3. 阶段1 语言基础+高级_1-3-Java语言高级_02-继承与多态_第7节 内部类_14_匿名内部类的注意事项...
  4. 如果沟通有范式,它会是怎么样子?
  5. linux C如何获取服务器节点上所有网口的ip地址
  6. ORACLE 多版本读一致性
  7. lighthouse使用_如何在CircleCI中使用Lighthouse
  8. 如何去学好JS的8条小建议
  9. php 判断json包含key,php判断json对象是否存在的方法
  10. 2021 re:Invent ,我们到底该关注哪些发布?
  11. 中科院2020计算机sci分区,2020年中科院最新SCI分区表.pdf
  12. BZOJ 2339[HNOI2011]卡农
  13. 领先一步,步步领先:编程教育已进入中小学生课堂
  14. 两个路由器互连设置方法
  15. excel文件导出进度条的实现
  16. html div文字竖向显示,css怎么让文字竖着?
  17. 从公众号跳转至小程序页面,页面链接发生变化?原因剖析解决方案
  18. CSS设计指南---字体和文本的布局
  19. iPad最值得期待的切实改进构想
  20. Agile在线项目管理平台

热门文章

  1. vue中的Actions
  2. C# datagridview CheckBox勾选问题
  3. 孢子社群:今日推荐人工智能微信群:智能群3群 智能大数据合作交流群
  4. 中国流动人口动态监测调查数据(CMDS)2010-2018年
  5. 根据用户的不同登录不同的页面
  6. 如何修改PDF内容,PDF怎么旋转页面
  7. [Shell命令] tar -cvf -xvf 打包解包文件夹
  8. NC系统与一卡通集成解决方案(一)
  9. 在Qt中使用OpenGL(二)
  10. 10.4 好老师就在你身边——《逆袭大学》连载