影像数据库 | ADNI数据下载/分析
碎碎念:最近在折腾ADNI数据库,想扒点data下来验证下自己data算出来的结果。啊~庞大的数据库往往伴随着痛苦滴筛选过程~~~~~~~~
ADNI,Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative,是一个聚焦阿尔茨海默病神经影像的公共数据平台,除了MRI(sMRI/fMRI/DTI)、Aβ-PET等影像资源,同时涵盖被试的体液标志物(血液、脑脊液样本)、神经精神量表等临床信息,其队列建设可谓业内标杆了。
下载ADNI数据的第一步就是网站注册,按照网站指示填表格等邮件回复就行啦,so easy~~ 邮件回复需等待约1~2周时间。
进入下载界面,可看到下图所示的高级检索平台,根据研究需要可设定条件,emmm建议先别卡太严格不然被试太少了.......具体怎么下可参考下其他blog,最好都自己点点尝试下......我用Edge浏览器下的,下载速度偏慢,而且容易断,断了就点击继续就行,大部分还是能重新连上继续下载的,尚能忍受.........
下面分享遇到的一些坑,有的解决的,有的还在摸索......
1)下载格式可以选择原始的dcm或者转好的nii格式,dcm优点可以看到头文件信息,缺点在于下载体积大,nii优点是体积小、减少部分处理步骤,但是,下的nii文件在后续处理遇到点问题,一是fMRI数据如果转4D nifti格式出现以下bug,当然了,不转直接用也不影响.....二是预处理过程中不能进行原点校准——会发现x/y/z roll变成了上下/左右移动;三是一大半图像的冠状位是颠倒的.......如果不校正这配准.......
2)我在筛选过程中只选了3T Siemens的、TR/TE、matrix、thickness参数一致的文件,但图像质量肉眼看上去有的不大一样,算出来的FC有点诡异,目前还没找到原因。打算再看下扫描protocol,看看是否要剔除被试或者纳入协变量。
3) 在Slice timing环节,第一遍处理时想当然地填了mricron读取的nii的Slice order。后来越想越不对,因为我在西门子、联影、飞利浦多个型号的机器都扫过,之前遇到过工程师给的准确扫瞄顺序与mricron这个参数不一致的情况......
幸而找到这篇blog解决了问题
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