物种内共线性分析步骤——JCVI安装以及数据下载(一)

安装

最简单的方法是通过PyPI安装它：

pip install jcvi #或者安装开发版本 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

或者，如果要手动安装

git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.gitpip install -e .

还有一些依赖包安装方法移步官网

数据下载

接下来重点说一下安装完成之后的使用，

1、下载测试数据

2021.10.15 看到以前的文章不知道为何排版竟然这么乱，代码块我会重新修改，至于测序数据，Phytozome V13 完全支持命令行模式下载了，所以没有那么麻烦，直接搜索去官网下载就行了。

# 下面是旧方法也可以用，但是没必要～
下载数据可以从Phytozome官方直接下载，
当然也有另外一种方法就是直接在服务器操作下载，相比而言第二种省去了下载上传的时间，可以直接放到后台运行：

python -m jcvi.apps.fetch phytozome#输入第一行命令之后会弹出，只需输入自己注册过的Phyzome账号密码即可Phytozome Login: xxxxxxxxPhytozome Password:

如果要下载可直接输入上面的名称，
eg：我需要下载Zmays和Zmarina只需要输入

python -m jcvi.apps.fetch phytozome Zmays,Zmarina

非常方便的下载共线性分析需要用到的数据，而不需要你在官网自己查找！！

解压

本次笔者使用的数据为Zmarina,使用命令下载完成之后得到以下两个压缩文件

$ ls -lh
总用量 10M
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 7.6M 10月 4 14:55 Zmarina_324_v2.2.cds.fa.gz
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 2.4M 10月 4 14:55 Zmarina_324_v2.2.gene.gff3.gz

通过$ gunzip Zmarina_324_v2.2.*
解压得到（PS:有兴趣可以关注一下公众号：生信技术更方便的获取知识，以后我也会提高内容的质量。）

$ ls -lh
总用量 47M
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 26M 2月   4 14:55 Zmarina_324_v2.2.cds.fa
-rw-rw-r-- 1 lixingze lixingze 21M 2月   4 14:55 Zmarina_324_v2.2.gene.gff3

下一步进行物种内共线性

参考

https://github.com/tanghaibao/jcvi

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