大豆SNP位点信息查找V2.1版本

import time
import csv
import timestart  = time.time()f = open("GM18.txt" , "r")
txt = f.read()
txt = txt.strip(">Gm18")
txt = txt.replace("\n","").replace("\r","")        #更改了此处的删除换行符！
txt = txt.strip("")pie5 = list()
with open("5pie.list", 'r') as fin:for f in fin:pie5.append(f.replace("\n","").replace("\t",""))pie3 = list()
with open("3pie.list", 'r') as fin:for f in fin:pie3.append(f.replace("\n","").replace("\t",""))pie_all = list()
for i in range(len(pie3)):pie_all.append([pie5[i], pie3[i]])
print(pie_all[:5])def indexstr(str1,str2):'''查找指定字符串str1包含指定子字符串str2的全部位置，以列表形式返回'''lenth2 = len(str2)lenth1 = len(str1)indexstr2 = []i = 0while str2 in str1[i:]:indextmp = str1.index(str2, i, lenth1)indexstr2.append(indextmp)i = (indextmp + lenth2)return indexstr2def main():pie_result = list()for i in pie_all:pie5_pos = indexstr(txt,i[0])sequence1 = ""sequence2 = ""for number in pie5_pos:if len(i[0]) == 44:sequence1 = txt[number - 302 : number-2]sequence2 = txt[number + 44 : number + 344]elif len(i[0]) == 50:sequence1 = txt[number - 300 : number]sequence2 = txt[number + 50 : number + 350]print("由以上条件我们可以得知前300个碱基为 {} ，后300个碱基为 {} ".format(sequence1,sequence2))pie3_pos = indexstr(txt,i[1])sequence3 = ''for number in pie3_pos:if len(i[1]) == 44:sequence3 = txt[number + 44 : number + 344]elif len(i[1]) == 50:sequence3 = txt[number + 50 : number + 350]print("由以上条件我们可以得知前300个碱基为 {} ，后300个碱基为 {} ".format(sequence1,sequence2))pie_result.append([pie5_pos, pie3_pos, sequence1, sequence2, sequence3])print("此次查找花费的时间是：{:.5f} 秒".format(time.time() - start))with open('csv.csv', 'w') as csvfile:writer = csv.writer(csvfile)writer.writerow(['5_pos', '3_pos', '5_front', '5_end', '3_end'])for result in pie_result:writer.writerow([result[0], result[1], result[2], result[3], result[4]])if __name__ == '__main__':main()

代码背景介绍：
查找SNP位点的5‘端的前300基因序列和后300基因序列以及3’端后300基因序列，并保存到csv文件中。

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