2020.9.2丨遗传图谱产品类型

建库测序分析
- 重测序遗传图谱
  - 分析流程
    - 流程图
  - 重测序图谱划bin原理
    - 概念
      - 把在所有个体中均没有发生重组的SNP划分到一个区块中，然后以该区块作为一个标记进行图谱构建分析，极大的简轻了分析的工作量。
    - 划bin过程
      - Step1：根据SNP分型，确定每个样品染色体区段的亲本来源；
      - Step2：当出现亲本来源改变，则改变发生的地方为重组断点，每条染色体上断点之间为一个block；
      - Step3：将所有样品的染色体进行线性比较，以每个重组断点为界将所有样品的染色体划分为若干个区域，每个区域即为bin。
    - 特点
      - 所有个体在bin内均没有重组发生。
      - bin的长度在几十kb到1-2Mb，所以无论开发的SNP有多少，在一定的群体规模下，上图的bin数目变化不大。
  - 测序方案及送样要求
    - 测序方案
    - 送样要求
      - DNA样品浓度：≥30ng/µl 总量：≥2µg 纯度：OD260/280=1.7-2.2 电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解。
      - 组织样品植物：1g新鲜叶片动物：新鲜肌肉、肝脏组织0.5-1g，血液1.5m
  - 成功案例
    - 水稻亚种基因组测序与重组群体遗传分析揭示地域性产量与质量相关的遗传位点发表期刊：BMC Biology 影响因子：6.72（2018）合作单位：沈阳农业大学水稻研究所
- SLAF遗传图谱
  - 分析流程
    - 流程图
  - 预实验
    - 在正式进行SLAF建库测序前，需对待测物种的基因组进行酶切位点序列分析，并给出多种酶切组合方案供选，以完成合同签订的标签数目。然后以酶切方案对小部分样品进行实际分子实验、测序、分析，并根据最终的分析的结果，确定最优的方案
    - 电子预实验
      - 根据序列数目确定获得多少slaf片段
    - 分子实验
    - 无参物种如何做电子酶切？
      - a. 近缘物种基因组;
      - b. 基因组的GC含量、重复序列相似的物种
    - 什么情况下需做预实验？
      - a. 没做过的物种;
      - b. 做过的物种，但没做过的标签数
    - 预实验怎么做？
      - a. 电子酶切选择3种符合合同标签数的酶切组合（可能是单酶切或者双酶切）
      - b. 选择2个亲本和5个子代进行SLAF建库+测序+分析（3种酶切方案均做）
      - c. 选择1种最优方案，该方案能够保证达到合同标签数，能够尽量保证分子标记开发的密度均匀。
  - SLAF标签开发
    - 有参物种分析：将测序reads比对到参考基因组上，双端比对到同一个位置的reads视为同一个SLAF标签
  - 测序方案及送样要求
    - 测序方案
    - 送样要求
      - DNA样品浓度：≥20ng/µl 总量：≥2µg 纯度：OD260/280=1.7-2.2 电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解
      - 组织样品植物：0.5-1g新鲜叶片动物：新鲜肌肉、肝脏组织0.25-0.5g，血液1.5ml
  - 成功案例
    - 黄瓜持绿基因突变使其产生长久的广谱抗病性
- 转录组遗传图谱
  - 分析流程
    - 流程图
  - 测序方案及送样要求
    - 测序方案
      - 亲本数据量6G
      - 子代数据量4G
    - 送样要求
      - RNA样品浓度：≥50ng/µl 总量：≥3µg 纯度：OD260/280≥1.8，OD260/230 ≥0.5 RNA完整性：动物RIN≥7.0；植物RIN≥6.5；28S/18S≥1.0；图谱基线无上抬；5S峰正常。
      - 组织样品普通样品0.6g以上，RNA含量少的花、果实等组织需要加量送。
  - 成功案例
    - RNA遗传图谱定位甜瓜果实品质相关基因
纯分析
- 原始数据的从头分析
- SNP数据
- 已分型数据
总结表
- 黄色重点

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