使用python简单实现K核苷酸频率（KNF，k-nucleotide frequencies）或K-mer频率

K核苷酸频率（KNF，k-nucleotide frequencies）或K-mer频率
KNF描述了序列中存在k个核苷酸的所有可能的多核苷酸的频率。如果k=2，则计算的为双核苷酸频率（即AA、AT、AG、AC、……TT），共42=16种；如果k=3，则计算的为双核苷酸频率（即AAA、AAT、AAG、AAC、……TTT），共43=64种；以此类推。
K-mer频率方法与上面所述相同。

from itertools import product  #定义包
def nucleotide_frequency(seq,k):  #seq为输入的多个序列，k为几核苷酸X = []char = []  for i in product('ACGT', repeat = k):  #笛卡尔积（有放回抽样排列）char.append(''.join(i))  #去除引号后存放到char里，即把('A,A,A')转变成（AAA）形式for s in seq:  #循环调用每一个序列frequence = []  #定义空列表，用于存放计算好的频率for a in char:  #循环取char里的k核苷酸类型number = 0for j in range(len(s)-k+1):  #在单个序列中进行循环取k间隔片段if s[j:j+k] == a:  #判断k间隔片段是否和char里的k核苷酸类型相等number += 1  char_frequence = number/(len(s)-k+1)  #计算频率，此时序列长度=原序列长度-k+1frequence.append(char_frequence)X.append(frequence)return X

#用具体数据进行调用
knf = nucleotide_frequency(data,k)  #data为具体数据，k的值根据需要自己设定

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