matlab生成计算软件,利用Matlab从第一性原理计算软件Siesta读取和生成能带图
Siesta关于E-k关系计算结果保存于systemlabel.bands文件内,故Matlab程序只需要读取此文档即可。经笔者测试,在siesta-2.0.2与siesta-3.2版本内均可完美运行。
function sband( filename, E_range)
%sband('systemlabel.bands',[RangeOfBandEnergy])
%Read the file 'systemlabel.bands' and plot the band structure from siesta.
%The first argument is a must, while the E_range is of your own choice.
%Edited by JackyTu, July 29, 2014.
%Please contact tuxingchen@pku.edu.cn
fid=fopen(filename);
frewind(fid);
% -------------------- Read --------------------
E_fermi=fscanf(fid,'%f',1);
kmin=fscanf(fid,'%f',1);
kmax=fscanf(fid,'%f',1);
Emin=fscanf(fid,'%f',1);
Emax=fscanf(fid,'%f',1);
nband=fscanf(fid,'%d',1);
spin=fscanf(fid,'%d',1);
k_num=fscanf(fid,'%d',1);
if(nargin<2)
E_range=[Emin,Emax];
end
kp=zeros(k_num,1);
e_data=zeros(nband*spin,k_num);
for i=1:k_num
kp(i)=fscanf(fid,'%f',1);
e_data(:,i)=fscanf(fid,'%f',nband*spin);
end
E_k=zeros(nband,k_num,2);
if spin==2
E_k(:,:,1)=e_data(1:nband,:);
E_k(:,:,2)=e_data((nband+1):end,:);
else
E_k(:,:,1)=e_data;
end
n=fscanf(fid,'%d',1);
fgetl(fid);
for j=1:n
str=fgetl(fid);
str_out=strsplit(strtrim(str));
xtick(j)=str2double(str_out{1});
xtickLabel{j}=str_out{2}(2:end-1);
end
fclose(fid);
% -------------------- Plot --------------------
figure;
if spin==2
subplot(1,2,1);
hold on;
for ii=1:nband
plot(kp,E_k(ii,:,1)-E_fermi,'b');
end
for jj=2:n-1
plot([xtick(jj),xtick(jj)],ylim,'k')
end
set(gca, 'xtick', xtick);
set(gca, 'xticklabel', xtickLabel);
ylabel('E-E_F(eV)');
axis([xtick(1),xtick(end),E_range]);
plot(xlim,[0,0],'--k');
hold off;
subplot(1,2,2);
hold on;
for ii=1:nband
plot(kp,E_k(ii,:,2)-E_fermi,'r');
end
for jj=2:n-1
plot([xtick(jj),xtick(jj)],ylim,'k')
end
set(gca, 'xtick', xtick);
set(gca, 'xticklabel', xtickLabel);
ylabel('E-E_F(eV)');
axis([xtick(1),xtick(end),E_range]);
plot(xlim,[0,0],'--k');
hold off;
else
hold on;
for ii=1:nband
plot(kp,E_k(ii,:,1)-E_fermi,'b');
end
for jj=2:n-1
plot([xtick(jj),xtick(jj)],ylim,'k')
end
set(gca, 'xtick', xtick);
set(gca, 'xticklabel', xtickLabel);
ylabel('E-E_F(eV)');
axis([xtick(1),xtick(end),E_range]);
plot(xlim,[0,0],'--k');
hold off;
end
end
下面是附有运行sband函数后的效果图(此处计算体系为BCC-Fe):
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