计算机辅助药物设计系列专题（蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接、能量优化、结合自由能计算、深度学习药物发现）
近年来，利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用，计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展，运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了新思路。
大纲
CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽）
生物分子互作基础
蛋白数据库
蛋白结构分析
同源建模
小分子构建
小分子化合物库
生物分子相互作用Ⅰ
生物分子相互作用II
虚拟筛选
小分子格式转换
拓展对接使用场景（上）
拓展对接使用场景（下）
基于碎片药物设计
构效关系分析
分子动力学模拟
AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题
1 分子力学简介
1.1 分子力学的基本假设
1.2 分子力学的主要形式
2 分子力场
2.1 分子力场的简介
2.2 分子力场的原理
2.3 分子力场的分类及应用
3 LINUX 简介
3.1 用户属组及权限
3.2 目录文件属性
3.3 LINUX基础命令
3.4 LINUX环境变量
3.5 shell常用命令练习
4 AMBER简介和安装
4.1 GCC简介及安装
4.2 Open MPI简介及安装
4.3 AMBER安装运行
4.4 LIUUX操作练习
主要知识点
5 模型文件的预处理
5.1 模型来源简介
5.2 蛋白文件简介
6 模型文件的预处理
6.1 蛋白预处理
6.2 小分子预处理
6.3 AMBER力场简介
6.4 拓扑文件、坐标文件简介
6.5 top、crd文件的生成
6.6 tleap模块的使用
案例实践：
HIV-1复合物的预处理
7 能量优化、分子动力学模拟
7.1 能量优化意义以及方法
7.2 模拟温度调节意义及方法
7.3 溶剂模型分类及选择
7.4 动力学模拟输入文件的编写
7.5 运行分子动力学模拟
7.6 输出内容解读
7.7 练习答疑
案例实践：
HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟
主要知识点
8 焓变计算
8.1 实验数据分析及检索
8.2 MM/PBSA结合自由能计算原理
8.3 GB模型讲解及分类
8.4 焓变输入文件的编写
8.5 焓变结果解读
9 熵变计算
9.1 Nmode计算熵变原理
9.2 熵变输入文件的编写
9.3 熵变结果解读
9.4 实验值与理论值对照分析
案例实践：
HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算
10 3D可视化分析
10.1 VMD安装和使用
10.2 Pymol 安装和使用
11 构象分析
11.1 RMSD分析
11.2 B-Factory 分析
11.3 RMSF分析
11.4 RG分析
11.5 VMD动画展示
11.6 距离角度测量
11.7 溶剂可及表面积（SASA）
主要知识点
12 能量分析
12.1 残基分解（相互作用分析）
12.2 丙氨酸扫描（寻找热点残基）
12.3 氢键网络（盐桥，pi-pi共轭等其它相互作用）
13 经典文献工作复现(请同学在课前自行下载仔细阅读)
13.1 Nanoscale 2020, 12, 7134−7145.
(a) RMSD和2D_RMSD检验模拟的稳定性
(b) 结合自由能的对比与分析
(c) 热力学积分计算相对结合自由能
(d) 氢键网络分析
(e) 残基分解预测热点氨基酸
13.2 Phys.Chem.Chem.Phys.
(a) 蛋白结构的同源建模
(b) 复合物构型的聚类分析
(c) 结合自由能的计算与对比 有兴趣私
(d) QM-MM/GBSA方法的自由能计算
计算机辅助药物设计系列专题（蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接、能量优化、结合自由能计算、深度学习药物发现）相关推荐
- 单细胞及空间转录组设计分析与机器学习在生物医学+CADD计算机辅助药物设计应用专题
背景 "单细胞多组学技术"和"空间转录组技术"先后在2019年和2020年被Nature Methods评为年度技术方法.时间和空间维度多维研究技术结合,将以全 ...
- AIDD机器学习深度学习药物发现与设计教程总结
AIDD(AI Drug Discovery & Design):是近年来非常火热的技术应用,且已经介入到新药设计到研发的大部分环节当中,为新药发现与开发带来了极大的助力.倾向于机器对数据库信 ...
- 蛋白对接_【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接（DOCK 6.9）
用途 使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用. 预备知识 分子对接的算法流程 将配体放置在受体口袋中,搜索/调整配体构象,获得可能的结 ...
- “COMSOL 多物理场/FDTD 时域有限差分/ RSoft 光电器件仿真设计” 系列专题
专题一:COMSOL光电 案例一:光子晶体能带分析.能谱计算.光纤模态计算.微腔腔膜求解 案例二:类比凝聚态领域魔角石墨烯的 moiré 光子晶体建模以及物理分析 案例三:传播表面等离激元和表面等离激 ...
- 果断收藏！AI绘图文字设计指南；将文本创建为漂亮时间线；伯克利·全栈深度学习训练营课程；CMU·数据库系统系列课程；前沿论文 | ShowMeAI资讯日报
- 计算机辅助药物设计在新药研发中的应用,计算机辅助药物设计在新药研发中的应用 | 每日生物评论...
随着分子生物学.X射线晶体学的发展,大量与疾病相关的生物大分子的三维结构被确定:计算机科学的迅速崛起使得数据挖掘.机器学习等技术快速发展.在这两方面的推动下,计算机辅助药物设计(CADD)应运而生,并 ...
- 计算机辅助药物筛选教程,药物筛选之计算机辅助药物设计
欢迎您注册蒲公英 您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册 x 计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)是近年来发展起来的研究与开发新药的一种崭新 ...
- 计算机辅助药物设计的一般原理,朱瑞新着--_计算机辅助药物设计(Ⅰ)--基本方法原理概要与实践详解.pdf...
文档介绍: 计算机辅助药物设计 ------ 基本方法原理概要与实践详解作者朱瑞新 2011 年 1 月目录序前言第一章"计算机辅助药物设计"与 M OE 概貌一.导言二.&quo ...
- CADD--Amber分子动力学--Schrodinger薛定谔--Pymol--AutoDock 等系列专题会议
专题一<计算机辅助药物设计CADD专题>为基础专题,共计4天,采用"理论+实操"模式,详细讲授PDB 数据库使用.蛋白结构分析.同源建模.Autodock分子对接.虚拟 ...
最新文章
- sum_series() 求一列数的指定个数的数和(5个数字的和)
- keepalived+MHA实现mysql主从高可用集群
- 小蚂蚁学习数据结构（4）——线性结构——线性表的链式表示和实现（下）
- Qt creator工程项目移植时因环境变换造成qmake错误的解决方案
- 编译原理 - 实验三 - 递归下降语法分析器的调试及扩展
- WWW 2021有哪些值得读的图机器学习相关论文？
- iOS之深入定制基于PLeakSniffer和MLeaksFinder的内存泄漏检测工具
- 备库设置read_only被阻塞
- P2852 [USACO06DEC]Milk Patterns G
- Java容器Stack
- pythonsklearn乳腺癌数据集_Python的Sklearn库中的数据集
- java学习_Java学习路线图
- HTTP劫持 方面了解和学习
- java怎样定义和使用数组,Java一维数组的定义和使用
- 端口和波特率测试软件,端口和波特率检测工具
- python 神奇时钟项目_第一个python小程序——即时动态时钟(代码解读)
- nova7s鸿蒙系统,华为四摄手机nova 2s开放升级GPU Turbo
- 高炉的3D数字孪生体，线上操控高炉作业
- 如何预编译ASP.Net程序
- UE4蓝图导入导出csv