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计算机辅助药物设计 ------ 基本方法原理概要与实践详解作者朱瑞新 2011 年 1 月目录序前言第一章“计算机辅助药物设计”与 M OE 概貌一、导言二、“计算机辅助药物设计”概貌三、 MOE 概貌四、知识拓展五、本章小结六、复****思考题第二章虚拟组合库设计一、虚拟组合库设计的运用二、组合化学与虚拟组合库设计三、虚拟组合库设计的方法原理四、虚拟组合库设计的操作要领五、知识拓展六、本章小结七、复****思考题第三章生物大分子结构预测一、生物大分子结构预测的运用二、生物大分子结构测定与生物大分子结构预测三、生物大分子结构预测的方法原理四、生物大分子结构预测的操作要领五、知识拓展六、本章小结七、复****思考题第四章定量构效关系 1 一、定量构效关系的运用二、构效关系与定量构效关系三、定量构效关系的方法原理四、定量构效关系的操作要领五、知识拓展六、本章小结七、复****思考题第五章药效团模型一、药效团模型的运用二、活性特征基团和药效团三、药效团模型的方法原理四、药效团模型的操作要领五、知识拓展六、本章小结七、复****思考题第六章分子对接一、分子对接的运用二、分子(生化)水平的高通量筛选技术和分子对接三、分子对接的方法原理四、分子对接的操作要领五、知识拓展六、本章小结七、复****思考题第七章全新药物设计一、全新药物设计的运用二、片段组学(基于片段的药物设计)和全新药物设计三、全新药物设计的方法原理四、全新药物设计的操作要领五、知识拓展 23 六、本章小结七、复****思考题第八章分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛一、分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛的运用二、体系全部性质测定和分子动力学/ 随机动力学/ 蒙特卡洛三、分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛的方法原理四、分子动力学、随机动力学和蒙特卡洛的操作要领五、知识拓展六、本章小结七、复****思考题第九章 MO E 中其它实用模块一、受体- 配体复合物指纹( PLIF ) 二、大分子质子化( Protonate3D ) 三、抗体模建( Antibody Modeler ) 四、知识拓展五、本章小结六、复****思考题参考文献致谢前言本书系作者在近年来为同济大学本科生开设的《计算机辅助药物设计》课程所用讲义基础上,经扩展、补充和修改编写而成。本书内容涵盖了“计算机辅助药物设计”七大研究方向: 1、虚拟小分子生成、 2、大分子结构预测、 3、定量构效关系、 4、药效团模型、 5分子对接、 6、全新药物设计和 7、动态模拟(分子动力学/随机动力学/蒙特卡洛) 。并且第一次系统地对这些技术的操作进行了讲解。其中,本书第一章是对“计算机辅助药物设计”和配合本书实例讲解的国际著名软件 MOE 的全貌进行了介绍;第二章到第八章依次对“计算机辅助药物设计”的七大研究方向进行了理论和实践操作的系统介绍;最后一章对 MOE 中三个特色模块进行了单独介绍。另外,本书每章还设有一个“知识拓展”,该部分主要是介绍一些更为前沿或热门的知识,希望能为读者的相关研究或深入学****起到抛砖引玉的效果。“计算机辅助药物设计”是门非常综合且前沿的学科,对于本科生而言系统的理论学****将会严重打击其学****的积极性;同样如果只是科普性的介绍一些新概念或者介绍一些传奇故事,而不进行系统的实践操作,那么学生们的动手能力无法得到很好的训练,这点对于部分本科毕业即将要走上工作岗位的同学显得尤为重要。因此本书对于理论部分的介绍尽量做到简明扼要,而对于实践操作的讲解尽量做到详细,以期能够让读者一直保持着“强烈的掌握欲望”快速掌握“计算机辅助药物设计”核心技术。本书是国内第一本专门为本科生撰写的《计算机辅助药物设计》教材,此外,本书也将是工业界相关人员和研究生的一本非常合适的参考书。鉴于作者学识浅薄,再加上时间紧迫,书中定有多处不足,甚至错误之处,还请各位专家和读者指出。朱瑞新同济大学生命科学与技术学院 2011-01-05 第一章“计算机辅助药物设计”与 MOE 概貌本章内容目录一、 导言二、 “计算机辅助药物设计”概貌三、 MOE 概貌四、 知识拓展五、 本章小结六、 复****思考题一、导言“数学就是一门把不同的东西归结为相同问题的艺术。”——Jules Henri Poincaré (法国数学物理学家, “最后一位数学通才”) “用物理的火炬照亮化学的暗室。”——Friedrich Wilhelm Ostwald (1909 年 Nobel 化学奖得主,物理化学学科奠基人) “计算化学家的时代即将到来。到时,若不是成千也有上百的化学家,为了化学中日益增多的许多细节问题将走向计算机,而不是去实验室。”——Robert Sanderson Mulliken (1966 年获诺贝尔化学奖,分子轨道理论

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