Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。

3D-QSAR 方法更能间接反映配体小分子和蛋白大分子之间的非键相互作用特征，具有丰富的物理化学内涵。这里利刃君为大家带来基于小分子的立体（steric）和静电（electrostatic）场构建3D-QSAR模型的教程。

模型构建

1.3D-QSAR的构建

①导入训练集分子

在文件浏览器中，点击Samples>Tutorials>QSAR，双击trainingset.sd，导入本次教程所需的14个训练集分子。②导入测试集分子

在文件浏览器中，点击Samples>Tutorials>QSAR，双击testset.sd，导入8个测试集分子。

• 训练集分子与测试集分子均事先进行了叠合，一般可直接基于小分子的公共骨架进行叠合。

③构建模型

在工具栏点击Small Molecules>Create QSAR Model>Create 3D QSAR Model，在弹出的对话框设置运行参数。

Input Ligands设置为trainingset:All；

Input Test Ligands设置为testset:All；

Activity Property设置为arNCTRlogRBA；

在Model Name 栏中输入GridBasedModel；

其余参数设为默认，点击Run运行任务。

2.结果查看

①可靠性评估

在Report 界面，点击View Results，弹出的窗口点击Yes即可。

此时打开一个plot 窗口，其中横坐标为训练集分子的实验活性值，纵坐标为预测值，该图表示了所构建3D-QSAR模型对训练集分子预测值与实验值的离散程度，R2=0.820，该值越接近1，表明预测结果越准确。

另外我们还需要对所构建的3D-QSAR模型进行测试集验证，以考察模型的预测能力。

在Report 界面点击View Test Results ，打开一个plot 窗口，与上一步类似，该图表示了所构建3D-QSAR模型对测试集分子预测值与实验值的离散程度，R2=0.485，表明本教程中构建的模型有一定的可靠性。

②格点图查看

格点图根据静点场和立体场提供了一些药物设计信息，根据该信息我们可对小分子进行设计改造以发现活性更好的药物分子。

在Report 中，点击View Training Set Aligned to Model（EP）。打开一个分子窗口，视图窗口中显示了训练集分子匹配至3D QSAR 模型的静电场系数等高图。

• 红色区域表示该区域取代基的负电性越强越有利于提高化合物的活性；蓝色区域表示该区域取代基的正电性越强越有利于提高化合物的活性。

在Report 中，点击View Training Set Aligned to Model（VDW）。打开一个分子窗口，视图窗口中显示了训练集分子匹配至3D QSAR 模型的立体场系数等高图。

• 黄色区域表示该区域取代基体积的增大不利于提高化合物的活性；蓝色区域表示该区域取代基体积的增大有利于提高化合物的活性。

另外，点击Results 部分的Model Description链接可以查看更多有关构建的QSAR 模型的信息。

以上就是利刃君为大家带来的利用Discovery Studio 2016软件采用能量格点作为描述符构建PLS模型（3D-QSAR）教程啦~

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