全球分子模拟、化学信息学和生物信息学领域的Discovery Studio的最新版本Discovery Studio 3.0。

与上一个版本相比，Discovery Studio 3.0在软件的部署(New Deployment)、功能的增加(New Science)、分子界面的显示(New graphics)、与三方软件的合作(New collaboration)都有较大的更新，主要体现在：

1. 新功能：

抗体设计、蛋白设计

• 自动构建具有全长结构的抗体：以免疫球蛋白G1和G2为模板，构建抗体的全长3D结构

• 自动构建抗体骨架区(framework)：分别将抗体重链和轻链的模板与第三个决定两链相对位置的模板进行叠合，构建抗体的骨架区3D结构

• 增强抗体序列和结构的描述功能：识别并注释抗体序列中相应的高可变区

• 使用氨基酸扫描进行蛋白质亲和性分析：计算单点突变对于蛋白复合物亲和力的影响，且支持并行计算。

• 使用氨基酸扫描进行蛋白稳定性分析：计算单点突变对于蛋白稳定性的影响，且支持并行。

• 预测稳定性突变：预测蛋白质结构中双突变或三突变位点对蛋白质稳定性的影响

基于配体的药物设计

• 基于受体-配体复合物产生具有选择性的药效团：基于受体-配体复合物产生选择性最优的药效团模型(采用GFA模型预测药效团的选择性)。所产生的药效团模型与受体-配体间的相互作用一致。

• 完全基于配体产生具有选择性的药效团：从配体出发，自动生成系列药效团特征，并用GFA方法挑出选择性最优的药效团模型。

• 产生全新配体的组合库设计新工具

• 用BREED算法[Pierce et al,2004]将一系列叠合后的分子按匹配价键进行替换，生成新的“杂合”配体。应用这种方法，可以指定一个配体分子集合，并从该集合分子中产生多个新的配体分子。

QSAR流程

• 为QSAR准备配体：可以通过多个步骤，例如将配体加氢，进行Kekulize设置等操作准备配体分子，用于后续的QSAR分析

• 为QSAR产生训练集和测试集：提供将配体分子分成训练集和测试集的方法。其中训练集用于构建QSAR模型，测试集用于验证模型的预测能力。

• 准备从属性质：将分子性质放大，或分子的某些连续性质转变为离散性质以便为某些在构建某些QSAR模型中使用。

2. 与第三方软件的合作：

• 分子对接(GOLD)：DS3.0继续支持整合GOLD软件(支持最新的GOLD5.0)，提供与GOLD最新功能的接口，这些新功能包括将配体与系列蛋白对接、改进对接过程中水分子的处理。

• NAMD: DS3.0新增实例protocol，该protocol允许用户在DS的界面中调用NAMD分子动力学程序进行模拟计算。NAMD分子动力学程序由伊利诺伊大学TCB集团的贝克曼研究所开发。用户需要有NAMD程序的使用权限。

3. 新的客户端：

• 新的“Storyboard”模式：图形界面观看分子结构时，可以将分子的每一个景象保存为.dsv格式，方便后续的查看。

• 免费的DS客户端：无需连接Pipeline Pilot或license服务器用户便可以免费使用Discovery Studio的客户端。

• 3D显示性能：分子显示性能得到极大的改善，使用硬件加速后可显示分子的阴影效果

• 3D显示新效果：可以在目标分子周围或分子内直接产生阴影，可以进行深度模糊以及原子轮廓显示，并可以自定义背景.

4. 软件部署的更新：

• 与最新版本的Pipeline Pilot完全兼容。 Discovery Studio 3.0直接作为Pipeline Pilot8.0CU2的一部分，两产品可以进行统一安装。

• 新增对Microsoft Windows7 (仅限DS客户端) 、Red Hat Enterprise Linux 5 Update2 (5.2)和Windows 2008 Server(64-bit)三个操作系统的支持。