计算机辅助抗体设计,Discovery Studio
分子动力学(Simulation):
l新增Multi-Site Lambda Dynamics method(MSLD):用于计算大型类属库分子的相对结合自由能,更好地进行先导化合物的筛选优化;
图1:通过MSLD方法计算组合库中分子的相对结合自由能
l新增显式膜结构的跨膜蛋白的分子动力学计算。提供多种类型的磷脂膜结构,同时支持自定义膜类型;
图2:在POPC显式膜内溶剂化的hERG离子通道
l优化了分子动力学的计算步骤,每一个计算步骤都可以通过作业提交系统进行资源分配;
lQM/MM升级为64位可执行程序。
药效团(Pharmacophores):
l新增Ensemble Pharmacophore Generation:从一组活性配体生成一组共同特征的药效团。活性配体使用2D指纹进行聚类。对于每个聚类,从聚类中心选择5个配体,然后使用共同特征药效团算法创建药效团;
l新增Interaction Pharmacophore Generation:从受体-配体复合物的非键相互作用出发产生药效团模型;
图3:依据受体-配体非键相互作用产生药效团模型
l优化了3D QSAR Pharmacophore Generation的验证方法;
l更新了PharmaDB数据库,容量达到253,818个药效团模型。
蛋白处理(Macromolecules):
l优化Prepare proteins模块:可以同时处理多个蛋白分子,并添加了并行计算提高计算效率;
l新增Analyze Protein Interface的参数Neighbor Distance Cutoff:用于确定两个氨基酸残基是否相邻。
抗体设计(Antibody):
l新增计算抗体黏度,蛋白溶解度;
l优化抗体人源化计算Predict Humanizing Mutations模块参数,可以同时自定义重链(H)和轻链(L)的V基因和J基因;
l计算聚集的工具面板重命名为Predict Protein Formulation Properties。
分子对接(Receptor-Ligand Interactions):
lGOLD接口支持最新版GOLD程序,可实现共价对接功能;
l新增核酸分子与配体分子的2D相互作用图;
l优化了非键相互作用中配体疏水作用的定义方法。
毒性预测(TOPKAT):
l新增解释TOPKAT计算结果的内容,帮助更好理解Toxicity Prediction(TOPKAT)和Toxicity Prediction (Extensible)计算的结果。
操作教程
新增教程:
nAdding an explicit membrane to a transmembrane protein:“跨膜蛋白添加显式膜结构”教程
nCalculate relative binding free energies using Multi-Site Lambda Dynamics:“MSLD计算相对结合自由能”教程
nGenerating ensemble pharmacophores from large data sets:“从一组活性配体生成一组共同特征的药效团”教程
nGenerating interaction pharmacophores from a protein-ligand complex:“通过受体-配体相互作用产生药效团模型”教程
程序版本和库更新
Ø支持Pipeline Pilot 2020
ØCHARMm版本更新至c43b2
ØMODELER版本更新至v9.22
ØDmol3版本更新至v2020
ØBlast+版本更新至v2.9
Ø抗体模板库更新至2019年7月
Ø客户端可以重新下载中断的作业(interrupted jobs)
支持
Ø客户端/服务器的操作系统
Ø新增支持OpenSSL1.1.1c
Ø新增支持SLURM
计算机辅助抗体设计,Discovery Studio相关推荐
- 计算机辅助抗体设计,计算机辅助设计提高单克隆抗体亲和力的研究
摘要: 增强抗体亲和力对于提高其检测灵敏度,延长解离时间,降低药物使用剂量和增强药效都具有非常重要的意义.到目前为止,提高抗体亲和力的方法主要是以原亲本单抗为改造模板,通过构建其突变体抗体库(如核糖体 ...
- 药物设计linux推荐,【经验交流】药物设计与研发专业平台系统之Discovery Studio 3.0(win)、Discovery Studio 3.5(linux)...
全球分子模拟.化学信息学和生物信息学领域的Discovery Studio的最新版本Discovery Studio 3.0. 与上一个版本相比,Discovery Studio 3.0在软件的部署( ...
- Discovery Studio简介
discovery studio 简介 discovery studio是基于windows/Linux系统开发的面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境工具,服务于众多实验生物学家.药物化学家.结 ...
- Discovery Studio Visualizer简单操作
Discovery Studio Visualizer BIOVIA Discovery Studio(简称DS),是基于BIOVIA Pipeline Pilot 构建的面向生命科学领域的综合分子模 ...
- 计算机辅助药物筛选教程,药物筛选之计算机辅助药物设计
欢迎您注册蒲公英 您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册 x 计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)是近年来发展起来的研究与开发新药的一种崭新 ...
- 计算机辅助药物设计CADD
计算机辅助药物设计CADD,分子对接,蛋白蛋白互作,同源建模,Discovery Studio,薛定谔Schrödinger,PyMOL,HADDOCK,Chemdraw等多种软件实操教学,为实验和文 ...
- 分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(十三):构建PLS模型(3D-QSAR)...
Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件,DS目前的主要功能包括:蛋白质的表征(包括蛋白-蛋白相互作用).同源建模.分子力学计算和分子动力学模拟.基于结构药物设计工 ...
- CADD计算机辅助药物设计+AIDD人工智能药物发现与设计
CADD(Computer Aided Drug Design):计算机辅助药物设计,依据生物化学.酶学.分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果,针对这些基础研究中所揭示的包括酶.受体.离子通道及核 ...
- 年度热点!药物设计必看!CADD计算机辅助药物设计 AIDD人工智能药物发现
详情可跳转微信公众号 CADD(Computer Aided Drug Design):计算机辅助药物设计,依据生物化学.酶学.分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果,针对这些基础研究中所揭示的包括 ...
最新文章
- linux下关于mysqldump备份的.sql导入数据库表数据丢失优化
- freeRtos学习笔(2)任务管理
- 洛谷 [SDOI2009]晨跑
- 微软官方office2010使用技巧宝典视频免费下载
- oracle 运营维护_Oracle数据库日常运维常用脚本
- 解决安装YouCompleteMe与Vim版本不兼容问题
- Python基础学习笔记(十三)异常
- 274.	H-Index
- c语言编程 设计密码锁,单片机控制安全密码锁的设计(附程序,pcb,原理图)
- dial协议服务器可以禁吗,Radius协议 1812 radius
- matlab如何进行四维拟合,matlab四维插值拟合
- 搜狗输入法在别的屏幕
- 投票 java_java实现投票程序设计
- CVAL,PVAL,SVAL宏定义
- Json与List、Map、entity的互相转化
- 《线性代数及其应用》阅读笔记:第二章 矩阵代数
- Tic tac toe井字棋游戏python实现
- mysql的基础查阅
- 深度学习:深度信念网络(DBN)结构和训练过程
- 辩证看待曾仕强老师的易经的智慧
热门文章
- 深入了解- TCP拥塞状态机 tcp_fastretrans_alert
- wzz24_0603
- 推荐一些好的学习网站
- Boosted Trees原理简介
- android ios 账号互通,天刀手游安卓和ios账号互通吗
- 逻辑信号检测仪的仿真与实物制作
- 解读apk分包-32位安装包、32位64位兼容包和64位安装包
- 调用微信支付wx.chooseWXPay 详细流程
- 论文中缩写w.r.t./i.e./et al./e.g./cf./etc的含义
- MATLAB里面size什么意思,简述Matlab中size()函数的用法