易基因|新品:新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序(cfDNA-RBS)
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。
游离DNA(Circulating free DNA,cfDNA),是人体组织释放到血液等循环体系中的降解的DNA片段,是一种新型的肿瘤分子标志物。ctDNA(Circulating tumor DNA)特指来源于肿瘤细胞的cfDNA,ctDNA甲基化是重要的表观学修饰之一,可以在不改变基因序列的情况下,改变遗传表现,从而控制基因的表达。基因甲基化发生是癌症发生的重要机制,相当于调控基因表达的“开关”,其稳定性和一致性较好,因此ctDNA甲基化是癌症肿瘤标志物筛查的理想手段。
肿瘤的组织起源决定了其组织特异性的DNA甲基化模式:
(1)血浆中cfDNA包含来自机体各个组织器官凋亡细胞释放的DNA。
(2)肿瘤细胞释放的cfDNA比正常组织细胞更高。
肿瘤的表观遗传标志物
一、cfDNA甲基化检测技术瓶颈:
对于cfDNA等相对微量且片段化十分严重的样本,常用甲基化检测主要包括cfMeDIP,微量WGBS技术。应用RRBS检测的CG位点极为有限,主要原因cfDNA自身就在选择片段范围之内,如果片段内CG含量高被酶切,反而更短不被富集,因此可能检测到的都是CG含量低的区域片段。
追踪肿瘤的DNA甲基化模式
二、易基因cfDNA-RBS亮点:
为助力低样本量多维度分析,易基因开发了富集覆盖CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点的cfDNA甲基化测序方法——cfDNA-RBS,实现了高灵敏度和样本复用,使其具有高度可扩展性,并适用于有限的样本和单个细胞。
易基因建立的cfDNA-RBS技术,仅需10-15G测序数据,DNA建库起始量低至5ng的cfDNA样本,可以检测到的5X位点高达4M以上,是目前肿瘤甲基化标志物检测研究的优选技术,应用场景包括肿瘤早筛、肿瘤诊断、个性化用药、实时监控、预后监测等。
- 癌前病变的癌变预警标志物检测
- 肿瘤早期筛查标志物检测
- 肿瘤预后标志物检测
- 药物疗效预测标志物检测
WGBS、cfDNA-RBS、RRBS技术位点覆盖对比
三、技术优势:
易基因科技在DNA甲基化修饰等表观遗传检测领域,积累了一系列国际先进技术,可对高通量DNA甲基化组学研究,包括单细胞、微量和常量DNA甲基化测序,ctDNA、FFPE等严重降解痕量DNA甲基化检测等,提供多种有效解决方案。低成本、高通量的DNA甲基化组学测序技术建立,将为研究者对不同时间和空间的表观修饰研究奠定基础。
1)微量细胞或单细胞全基因组甲基化测序(Micro DNA-WGBS)DNA起始量:
单细胞/100-1000个细胞
1ng基因组DNA
90%以上基因组CG覆盖
2)微量细胞或DNA简化基因组甲基化测序(Micro DNA-RRBS)DNA起始量:
1ng基因组DNA;
10-20M有效CG位点覆盖;
10-20G测序数据量;
3)微量cfDNA简化基因组甲基化测序(cfDNA-RBS)
100ul血浆或1ng cfDNA
10M有效CG位点覆盖
15-20G测序数据量
四、cfDNA-RBS信息分析
易基因建立的cfDNA-RBS技术,可基于CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点等区域,实现单碱基分辨率的甲基化位点精准定位,快速准确地找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。
cfDNA-RBS | 分析内容 | 解决问题 |
标准分析 | 测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
参考基因组比对分析 | 比对率和覆盖度分析 | |
MSPI酶切效率及Bisulfite转化率质控 | MSPI酶切效率>95%;Bisulfite转化率>99% | |
甲基化位点 calling | 分析胞嘧啶甲基化位点 | |
甲基化分布图谱 | 甲基化在基因组及功能元件上的分布 | |
组间差异甲基化DMR分析 | 寻找 DMR及注释 | |
差异甲基化基因DMG分析 | 相关基因 GO,KEGG 富集分析 | |
多样本聚类分析 | PCA 分析多样本甲基化变化规律 | |
【个性化分析、多组学关联分析请联系对接销售或技术支持评估】 |
五、不同DNA甲基化检测技术指标比较
不同DNA甲基化检测技术CG位点比较
六、cfDNA甲基化临床研究技术选择推荐
cfDNA甲基化临床研究技术选择推荐
研究类型 | 样本量 | 研究方向 | WGBS | cfDNA-RBS | Target-BS | 850K |
大型队列研究EWAS | (几百以上) | 分子机制/biomarker | ★★ | ★★★★★ | ★★★★★ | ★★★★ |
临床样本库 | (几百) | Biomarker | ★★★ | ★★★★★ | ★★★★★ | --- |
临床样本 | (十几~几十) | 分子机制/Biomarker | ★★★★ | ★★★★★ | --- | --- |
动物模型 | (3~6) | 分子机制 | ★★★★★ | ★★★ | --- | --- |
细胞系 | (1~3) | 分子机制 | ★★★★★ | ★★ | --- | --- |
*考虑因素:样本类型(DNA含量与完整性)、经费、 期望检测范围、样本异质性等。
七、关于易基因:
专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务
易基因技术团队在国际上首创LHC-BS、HMST-seq、ChIP-BS、cfDNA-TBS等甲基化、羟甲基化技术流程,研发建立简化基因组甲基化dRRBS、cfDNA-RBS,单细胞/微量DNA全基因组甲基化及简化高通量甲基化测序技术,RNA甲基化测序等技术和方法,,并建立易基因科技全自动化弹性资源生信分析系统。在Nature、Lancet、Science、Nat Commun、Cell Res、Genome Biol、Blood、PloS Genet、Epigenetics、Epigenomics、Clin Epigenetic等著名期刊发表论文近100篇,申请发明专利12项、软件著作权27项。
近期热点:
- Nature | 易基因DNA甲基化测序助力人多能干细胞向胚胎全能8细胞的人工诱导
- 基于cfDNA甲基化的肿瘤液体活检如何开展?
- 全基因组cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌无创诊断成像的准确性
- 3文一览:基于cfDNA甲基化的液体活检在胰腺疾病中的研究进展
新品:新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序(cfDNA-RBS)mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNTY3NDIxMw==&mid=2650650303&idx=1&sn=78af2acbaa33f1fae4aeb5db84ea82db&chksm=83101335b4679a23d69ef0bfd843f9520231e56204d375fe5e56bdd4e466b913b70271dccc8e&token=1313364995&lang=zh_CN#rd正在上传…重新上传取消https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__biz%3DMzAwNTY3NDIxMw%3D%3D%26mid%3D2650650303%26idx%3D1%26sn%3D78af2acbaa33f1fae4aeb5db84ea82db%26chksm%3D83101335b4679a23d69ef0bfd843f9520231e56204d375fe5e56bdd4e466b913b70271dccc8e%26token%3D1313364995%26lang%3Dzh_CN%23rd
易基因|新品:新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序(cfDNA-RBS)相关推荐
- 肿瘤标志物检测一般有哪些项目
肿瘤标志物检测一般有哪些项目?肿瘤标志物不知道大家了解多少呢,很多人得了肿瘤以后就会觉得没有治疗希望了,一般认为是发现的不及时,所以没有更好的采取措施治疗,那么如何发现肿瘤的存在呢,就要做一些有关检查 ...
- 易基因|基于cfDNA甲基化的肿瘤液体活检如何开展?
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 液体活检是指通过微创或无创的方式收集血液或其他体液(包括尿液.腹水.胸腔积液等),并对其中肿瘤相关的物质进行分析的一种检验方式.以血液为 ...
- 易基因|全基因组cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌无创诊断成像的准确性
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 乳腺癌早期发现是提高患者预后和生存率的关键.基于乳房X线片和超声技术的乳腺影像报告和数据系统(BI-RADS)被广泛用于乳腺癌的早期诊断 ...
- 易基因|干货:手把手教你做RNA m5C甲基化测序分析(RNA-BS)
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 本期,我们讲讲m5C RNA甲基化重亚硫酸盐测序测序(RNA-BS)实验怎么做,从技术原理.建库测序流程.信息分析流程等方面详细介绍. 一 ...
- 易基因|综合DNA甲基化测序揭示前列腺癌死亡率的预后表观遗传生物标志物 | 文献速递
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 2022年09月30日,<Clin Transl Med >杂志发表了题为"Comprehensive methy ...
- 肿瘤MRD检测的前世今生
近年来,随着早中期肿瘤患者预后管理相关研究的不断深入,肿瘤复发风险及分子残留病灶(MRD)已愈来愈受到临床的关注,正在快速改变着肿瘤诊疗模式.求臻医学倾力打造"臻话MRD"系列文章 ...
- 肝癌的常用肿瘤标志物、肝癌的血清标志物研究进展
肝癌早期通常没有明显的症状,等到发现的时候,大多数已经处于中晚期了,但随着检测手段的进步和多样化,越来越多的肝癌能够在更早的时候被发现,这也是科学技术带来的进步. 肝癌的血清标志物,也叫肿瘤标志物,就 ...
- 肿瘤筛检时,常见的肿瘤标志物有哪些?
肿瘤标志物是由肿瘤细胞合成并释放的一种糖肽类的物质,通过对肿瘤标志物进行检测,就能够对肿瘤进行早期筛查. 我们做肿瘤筛检时常见的肿瘤标志物: 1.甲胎蛋白. 对于成年人来说,一旦甲胎蛋白含量升高,就有 ...
- 血液检查肿瘤标志物升高就是得了癌症吗?
体检那些事儿(一) 肿瘤标志物 年底了,又到了全民体检的季节,如果不出意外,应该又会收到很多"求助"信息.血液检查发现肿瘤标准物比标准值高,是不是说明身体有肿瘤了,是不是得癌症了, ...
最新文章
- 贝叶斯推断方法 —— 从经验知识到推断未知
- 广东时代互联---网络管理面试
- pytorch 矩阵相乘_深入浅出PyTorch(算子篇)
- H3C LMI协议标准
- 编译安装mysqld php服务 安装论坛
- HDR和SDR的区别
- 最囧的国庆,是一种怎样的体验?
- O(1) O(n)
- Mysql数据库更新操作导致死锁问题
- 前端英文和数字不换行怎么解决
- 科研小白如何有效下载英文文献和英文书籍?
- c ringbuffer 源码_C语言 ringBuffer 实现
- 数理逻辑(一):逻辑学初步
- inl和dnl matlab_matlab仿真inl dnl
- [Swift]LeetCode1135. 最低成本联通所有城市 | Connecting Cities With Minimum Cost
- dev-C++五子棋
- 戴尔外星人Alienware Aurora R8原厂预装系统,带一键还原,F12 Support Assist OS Recovery恢复功能一键恢复出厂设置
- Ubuntu安装sysstat
- C++圆的面积与周长 自定义函数
- 远景智能后台开发面试感悟