#!/usr/bin/perl -w
print"Input sequence:\n";
chomp(my $seq = <STDIN>);
$ seq =~ tr/atcguATCGU/tagcaTAGCA/;
print"Reverse complement sequence:\n";
print scalar reverse $seq;#或者使用下面这种形式输出,因为reverse函数的结果需要赋予某个变量,否则不改变原本序列
# $rev_seq = reverse $seq;
# print $rev_seq."\n";

perl实现序列反向互补相关推荐

  1. Excel实现序列反向互补

    最近有需求需要把很多excel里的引物序列反向互补,当然,任何一个编程语言都能解决,可是编个脚本需要一定的时间,而且,跨平台性也不足够好吧.Excel就不一样了,人人电脑里有,天天用,如果能做一些小工 ...

  2. python生信脚本之fasta序列反向互补

    1.如何使用python把fasta序列进行反向互补 后续还要再优化 def fasta2dict(fasta_name):with open(fasta_name) as fa:fa_dict = ...

  3. mothur reverse.seqs 将序列反向互补

    reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列 用法: mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")" ...

  4. seqkit:序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能...

    写在前面 通过我几天的学习,我发现,seqkit十分好用,将序列的各种操作都囊括进去,加入多线程,我个人认为这将是非常好的胶水,在处理无论是基因组还是其他组学.定是一个必学神器.注意一下教程在0.15 ...

  5. gff文件_根据gff/gtf等注释文件取负链上的序列:先反向互补染色体再截取?还是先截取区间再反向互补序列?...

    最近需要根据注释文件在基因组上截取序列,突然想到一个问题:对于下面这样在负链上的基因,我们是先将整条染色体反向互补再截取对应区间?还是先截取对应区间再反向互补呢? 首先亮出答案:先截取区间,再反向互补 ...

  6. Bioedit软件做测序后的序列比对和序列的反向互补与翻译

    1,我有两段序列,一段是基因组提取出来的CDS序列,一段是PCR出来的测序的序列,我们需要将它们比对,看看有没有碱基的变化.这时候就需要用到Bioedit软件了.首先,将两端待比对的序列,放到记事本中 ...

  7. 反向输出dna序列_biopython 处理dna序列,翻译,反向互补。

    biopython 处理序列 Seq 对象和标准的Python字符串有两个明显的不同.首先,它们使用不同的方法. 尽管``Seq``对象支持常规字符串的很多方法,但是它的 translate() 方法 ...

  8. 根据gff/gtf等注释文件取负链上的序列:先反向互补染色体再截取?还是先截取区间再反向互补序列?

    最近需要根据注释文件在基因组上截取序列,突然想到一个问题:对于下面这样在负链上的基因,我们是先将整条染色体反向互补再截取对应区间?还是先截取对应区间再反向互补呢? 首先亮出答案:先截取区间,再反向互补 ...

  9. python学习——读取染色体长度(七:for循环对染色体序列进行反向互补)

    对fasta文件genome_test.fa中的染色体序列进行反向互补,并输出到文件genome_test_RC.fa genome_test.fa >chr1 ATATATATAT >c ...

最新文章

  1. 实践教程|YOLOX目标检测ncnn实现
  2. windows查看Python安装目录
  3. Deis发布1.4版本,支持Microsoft Azure
  4. 第六章 三大消息摘要算法总结
  5. Codeforces Round #617 (Div. 3) F. Berland Beauty 思维
  6. 物流机器人小车的运动控制与定位
  7. eclipse 编辑 python 中文乱码的解决方案
  8. 科大讯飞语音转文字_科大讯飞推出TWS真无线耳机:主打商务沟通,实时语音转文字...
  9. eclipse查看jar包源码(反编译)
  10. 3ds max 2020 vray 5.0 渲染设置
  11. dubbo架构概览-dubbo源码解析
  12. 如何利用SPSS进行秩和检验
  13. 立体几何——球缺问题
  14. 小A与小姐姐给气球涂色 题目描述 小A与小姐姐闲的无聊,它们路过一家商店,看见里面有很多无色的气球,于是他们突然有一
  15. Gauntlet风险评级上线: DeFi杠杆率多高?会不会崩盘?
  16. 《白夜行》读后感:白夜行走,暗中羁绊
  17. 数据挖掘之时间序列模型(最全流程分析)
  18. 十三届蓝桥杯基础知识大全
  19. 数据分析师 招聘要求
  20. java报名系统_java在线报名系统

热门文章

  1. vue怎么显示/下载后端返回的 .docx文档
  2. iOS开发 微信SDK的分享功能
  3. 操作系统OS - 重装Windows7卡在completing installation
  4. web3.eth详解
  5. 傅里叶级数与线性时不变系统应用举例
  6. CentOS7 安装 主题、图标、壁纸
  7. STM32免费开发环境该用谁?IAR?Keil?……
  8. 【WEB前端】使用百度ECharts,绘制项目质量报表
  9. 基于 SoC 的卷积神经网络车牌识别系统设计(3-1)基于 Python 编程的车牌识别预处理、定位、分割、缩放的效果一览
  10. U盘读取时文件或目录损坏且无法读取修复办法