Bioedit软件做测序后的序列比对和序列的反向互补与翻译
1,我有两段序列,一段是基因组提取出来的CDS序列,一段是PCR出来的测序的序列,我们需要将它们比对,看看有没有碱基的变化。这时候就需要用到Bioedit软件了。首先,将两端待比对的序列,放到记事本中,要fasta格式,做个例子,如下:
2,选中全部,CTRL+C,先复制。再打开Bioedit软件,File>New Alignment,再File>Import FromClipboard,就出来这样的画面了。
3,再选中两条序列,点Accessory Application的ClustalW Multiplealignment。
4,弹出这样一个界面,勾选后,点击Run ClustalW,再点OK。
5,点一下那个按钮,相同碱基的就会变成点,不同的碱基就会显示出来,和CDS序列比对,PCR测序的序列发生了两个点突变。有时候测序的序列需要反向互补,则选中序列,用“ctrl+shift+R”,如果要翻译序列则是“ctrl+T”。
6,最后,感谢我美丽的吴师姐教导~
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