Python的Scipy模块中拥有大量的数值计算函数,方便我们快速进行数值计算。

Scipy中的integrate模块提供了几种数值积分算法,导入方式为:

from scipy import integrate

使用integrate时,需要先将要进行积分的方程定义为函数。求取一至三重积分的函数分别为:

integrate.quad(func,a,b,args,full_output)

integrate.dblquad(func,a,b,gfun,hfun,args,epsabs,epsrel)

integrate.tplquad(func,a,b,gfun,hfun,qfun,rfun,args,epsabs,epsrel)

以三重积分为例。func为运算对象函数,形式为func(z,y,x)。a,b对应变量x的积分区域,gfun,hfun对应变量y的积分区域,依次类推。

注意gfun,hfun等的形式应为函数,其中gfun,hfun是自变量为x的函数,qfun,rfun是自变量为x,y的函数。这些函数可以使用lambda函数进行定义,形式通常为:

lambda x,y:x*y

如果是常函数,则定义为:

lambda x:0

lambda x,y:1

args可选,为传递给func的格外参数;

full_output可选,非零则返回积分信息的dictionary。如果非零,则还会禁止显示警告消息,并将消息附加到输出元组。

epsabs可选,绝对容差直接传递到内部1-D正交积分。默认值为1.49e-8。

epsrel可选,内部1-D积分的相对容差。默认值为1.49e-8。

运算结果输出一个元组,第一项为积分结果,第二项为绝对误差,此外还有收敛情况等信息。

以下是一个用integrate.tplquad()计算立方体晶体的LJ势能的例子:

#To calculate the LJ potential energy between a cubic and an atom

#Author: Lewisbase

#Date: 2019.01.01

from __future__ import division

import numpy as np

from scipy import integrate

#Cubic length width hight A,B,C

A=10

B=10

C=10

#Average sigma(s,A) epsilon(e,K) rho(r,A^-3) of the cubic

s=np.array([4.24,3.84]); e=np.array([208.4541197,69.0609]); r=0.061540355

def LJ_cubic(x,y,z):

return 4*eps*rho*((sig**2/((xb-x)**2+(yb-y)**2+(zb-z)**2))**6-(sig**2/((xb-x)**2+(yb-y)**2+(zb-z)**2))**3)

lx=50

ly=50

lz=100

dx=lx/101

dy=ly/101

dz=lz/201

x0=lx/2-A/2

x1=lx/2+A/2

y0=ly/2-B/2

y1=ly/2+B/2

z0=lz/2-C/2

z1=lz/2+C/2

for m in np.linspace(0,1,2):

for ix in np.linspace(0,100,101):

for iy in np.linspace(0,100,101):

for iz in np.linspace(0,200,201):

xb=ix*dx

yb=iy*dy

zb=iz*dz

sig=s[m]

eps=e[m]

rho=r

if abs(xb-lx/2)

LJ = 1E100

else:

LJ=integrate.tplquad(LJ_cubic,

z0,

z1,

lambda y: y0,

lambda y: y1,

lambda y,x: x0,

lambda y,x: x1)

LJ=LJ[0]/298.15

print "%f %f %f %f\n"%(xb,yb,zb,LJ)

有关数值积分的方法还有高斯积分,龙贝格积分等,自己暂时还没有用到,待到以后再做详细学习。

参考资料

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