背景

需要分割出海马体。可借鉴方法：深度学习（UNet分割），形态学上的开闭，fsl中的分割。
使用fsl种的分割时需要注意，fsl分割分为左海马和右海马
方法：使用fsl中的first命令进行分割。
先在终端输入first查看需要输入的参数：

可以看到-i 要从哪个文件进行提取， -k输出分割文件名称，-m 分割的标准文件（*.bmv），-l 做flirt时的变换矩阵。
关于*.bmv文件：fsl自带的，在fsl安装目录data/first下面：

关于这两个文件夹有什么区别不清楚，但是海马在选中的文件夹中。

bash直接运行

命令：

first -i subj.nii -l subjmat.mat -m L_Hipp_bin.bmv -k l_hippo.nii

同样的方法生成右海马：

first -i subj.nii -l subjmat.mat -m R_Hipp_bin.bmv -k r_hippo.nii

使用freesurfer中的mri_concat命令将左海马和右海马合并成整个海马体：

mri_concat --combine l_hippo.nii r_hippo.nii --o hippo.nii

得到hippo.nii就是海马文件：

python+nipype实现

分割成左右海马体+合并代码

import os
import subprocess
from PyQt5 import QtWidgets
from PyQt5.QtWidgets import QMessageBoxdef hippoSeg(in_file, out_file, out_path):'''segmentation hippocampus, and show the messagebox.:param in_file: subj-T1.nii:param out_file: hippo.nii:param out_path: /home/xxx/Desktop/test:return:'''l_hippo = os.path.join(out_path, 'L_Hipp_bin.bmv')r_hippo = os.path.join(out_path, 'R_Hipp_bin.bmv')mat_file = os.path.join(out_path, 'reg.mat') # 配准时输出的矩阵l_hippo_out = os.path.join(out_path, 'l_hippo.nii.gz')r_hippo_out = os.path.join(out_path, 'r_hippo.nii.gz')try:''' 分割左海马体 '''l_hippo_cmd = 'first -i {0} -l {1} -m {2} -k {3}'.format(in_file, mat_file, l_hippo, l_hippo_out)# 因为是连接的远程环境，所以每次使用fsl中的命令需要重新inport一下，感觉有点繁琐。l_cmdline = 'export FSLDIR=/etc/fsl/5.0 && source $FSLDIR/fsl.sh && {0}'.format(l_hippo_cmd)task = subprocess.run(l_cmdline, shell=True, stdout=subprocess.PIPE)except BaseException as err:print('err\n', err)QMessageBox.information(QtWidgets.QWidget(), 'messagebox', 'left hippocampus segmentation error, see log file',QMessageBox.Yes)return -1try:''' 分割右海马体 '''r_hippo_cmd = 'first -i {0} -l {1} -m {2} -k {3}'.format(in_file, mat_file, r_hippo, r_hippo_out)r_cmdline = 'export FSLDIR=/etc/fsl/5.0 && source $FSLDIR/fsl.sh && {0}'.format(r_hippo_cmd)task = subprocess.run(r_cmdline, shell=True, stdout=subprocess.PIPE)except BaseException as err:print('err\n', err)QMessageBox.information(QtWidgets.QWidget(), 'messagebox', 'right hippocampus segmentation error, see log file',QMessageBox.Yes)return -1try:''' 左右海马体联合 '''# 这条命令可以换成nipype包中的API接口，这里偷懒没有换。concat_cmd = 'mri_concat --combine {0} {1} --o {2}'.format(os.path.join(out_path, l_hippo_out), os.path.join(out_path, r_hippo_out),os.path.join(out_path, out_file))''' 同样需要export一下freesurfer '''merge_cmdline = 'export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer && source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh &&  {0}'.format(concat_cmd)print('start merge')task = subprocess.run(merge_cmdline, shell=True, stdout=subprocess.PIPE)print('finished!')QMessageBox.information(QtWidgets.QWidget(), 'messagebox', 'finished hippocampus ',QMessageBox.Yes)return 1except BaseException as err:print('err\n', err)QMessageBox.warning(QtWidgets.QWidget(), 'messagebox', 'hippocampus merge error, see log file',QMessageBox.Yes)return -1

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fsl左右海马体分割+freesurfer合并

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