使用 bioMart 包获取数据库信息
使用 bioMart 包获取数据库信息
通过 R 包获取数据库中的信息, 该数据库包括一下内容
以下内容参考网址1
1.查找某个基因在染色体上的位置。反之,给定染色体每一区间,返回该区间的基因;
2.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的GO注释。反之,给定相关的GO注释,获取相关的EntrezGene的ID;
3.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的上游100bp序列(可能包含启动子等调控元件);
4.查找人类染色体上每一段区域中已知的SNPs;
5.给定一组的序列ID,获得其中具体的序列;
Step.01 Install Package
BiocManager::install("biomaRt")
install.packages('curl')
Step.02 Show Database
library("biomaRt")
library('curl')
listMarts()
Step.03 View Abstract
my_mart=useMart('ensembl')
dataset = listDatasets(my_mart)
grep('mm',dataset[,1],value = T)
Step.04 Choose species
mart <- useMart("ensembl","hsapiens_gene_ensembl")
##人类'hsapiens_gene_ensembl'
##小鼠'mmusculus_gene_ensembl'
Check input types
转换前的ID类型,如:
ENSG00000000003或ENMUSG000000003,属于类型为ensembl_gene_id;
ENST00000000233或ENMUST00000000233,属于类型为ensembl_transcript_id;
102178245,属于类型为entrezgene;
Hoxc13,属于类型为external_gene_name;
NM_000014,属于类型为refseq_mrna;
hsa-let-7a-1,属于类型为mirbase_id;
用listFilters()函数查看可选择的输入类型
Step.05 Use listAttributes check output types
要想知道biomaRt支持哪些ID类型的输出,可以通过以下命令查看,共支持3607种ID输出,这里只截取了一部分输出,一共有name和description两列
listAttributes(mart)
Step.06 getBM()
hg_symbols<- getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','hgnc_symbol',"chromosome_name", "start_position","end_position", "band"), filters= 'ensembl_gene_id', gene = my_ensembl_gene_id, mart = mart)
这个函数有4个参数
attributers()里面的值为我们输出的ID类型
filters()里面的值为我们输入的ID类型
gene= 这个值就是我们要输入的数据
mart= 这个值是我们所选定的数据库的基因组
Step.07 Practice
setwd("C:/Users/Desktop/circRNA分析结果/find_circ_result自己分析结果")#设置working directory
gene_symbol<-read.csv("SFTSV_24vscontrol_circBase_anno.csv",header=F,stringsAsFactors = F)[,11]#读取数据并提取含有gene_symbol的列
library(biomaRt)
mart <- useMart("ensembl","hsapiens_gene_ensembl")##小鼠选择mmusculus_gene_ensembl
gene_id<-getBM(attributes=c("external_gene_name","ensembl_gene_id"),filters = "external_gene_name",values = gene_symbol, mart = mart)#将输入的filters设置未external_gene_name(也就是gene_symbol),将输出的attributes设置为external_gene_name和emsembl_gene_id
write.table(gene_id,"SFTSV_24vscontrol_circBase_anno_gene_id.txt",row.names = F,col.names=F,quote=F)
https://www.cnblogs.com/yanjiamin/p/12054879.html ↩︎
使用 bioMart 包获取数据库信息相关推荐
- Java使用siger开源包获取服务器硬件信息(CPU 内存 网络 io等)
Java使用siger开源包获取服务器硬件信息(CPU 内存 网络 io等) 通过使用第三方开源jar包sigar.jar我们可以获得本地的信息 1.下载sigar.jar sigar官方主页 sig ...
- biomaRt包下载转录本信息
biomaRt:Interface to BioMart databases (i.e. Ensembl) 该包支持以统一的方式检索大量数据,而无需了解底层数据库模式或编写复杂的SQL查询.生物分子标 ...
- jdbc获取mysql 列信息_JDBC获取数据库信息:获取表中各列的信息
ResultSet getColumns(String catalog,String schemaPattern,String tableNamePattern,String columNamePat ...
- mysql databasemetadata_JDBC--使用DatabaseMetaData获取数据库信息
一些方法: getURL():返回一个String类对象,代表数据库的URL. getUserName():返回连接当前数据库管理系统的用户名. isReadOnly():返回一个boolean值,指 ...
- jqury ajax 直接获取数据库信息,使用jQuery Ajax从数据库加载信息
问题 我尝试使用以下 // Start method 1 var grbData = $.ajax({ type : "GET", url : "http://grb.s ...
- sql 获取数据库字段信息_使用DBATools获取SQL数据库详细信息
sql 获取数据库字段信息 In the series of articles on DBATools, (see TOC at the bottom) we are exploring useful ...
- server sql 数据总行数_SqlServer中获取数据库中每个表的行数
CREATE TABLE #RowCounts(NumberOfRows BIGINT,TableName VARCHAR(128)) EXEC sp_MSForEachTable 'INSERT I ...
- 如何编程得到数据库信息
获取数据库信息: public List<string> GetDatabase(string connectionString) {using (SqlDataAdapter sqlDa ...
- MySQL获取数据库元数据相关命令:DESC、SHOW、INFORMATION_SCHEMA、mysqlshow、mysqldump
MySQL提供了多种获取数据库元数据(即有关数据库的信息与它里面的各种对象)的方式: DESC/EXPLAIN用来查看表信息 各种SHOW语句,例如SHOW DATABASES或SHOW TABLES ...
- 前后端分离之后端代码实现获取数据库数据(2)——django+mysql+vue+element
评论系统后端代码实现 一. django创建 二. 数据库连接与创建 三. settings文件配置基本信息 四. 创建一个小的后端系统 前言: 作者:神的孩子在歌唱 大家好,我叫陈运智,大家可以叫我 ...
最新文章
- Linux学习笔记 Day 4~5
- C++井字棋游戏,DOS界面版
- python丢失api-ms-win-crt-process_api-ms-win-crt-process-l1-1-0.dll 丢失的处理,遇到问题和完美解决...
- QTP- 对输入格式的检查
- 回归素材(part3)--机器学习基础从入门到求职
- IBM 安全部门 CTO:AI 必须被重新定义为“增强智能”
- Android-AB系统OTA升级介绍
- 视觉位姿测量精度的影响因素分析(Camera Pose Estimation)
- 二、UI线程和界面卡死
- [Centos 7]MYSQL 安装及登录问题
- Ajax运用json数组传输数据
- Eclipse使用常见设置
- Axure授权码,2021年11月11日亲测有效
- 《如何阅读一本书》读书笔记
- 单片机笔记(江科大自化协)
- Qt5软键盘实现中文拼音输入法
- 获取地理位置定位信息-app端
- IME输入法编程:第一章 Windows9x系统下汉字输入法的基本原理
- 浅析FPGA局部动态可重构技术
- '/',‘\\’与‘\’的区别