biomaRt包下载转录本信息

biomaRt：Interface to BioMart databases (i.e. Ensembl)

该包支持以统一的方式检索大量数据，而无需了解底层数据库模式或编写复杂的SQL查询。生物分子标记数据库最突出的例子是由Ensembl维护的，它为生物分子标记用户提供了对不同数据集的直接访问，并支持从基因注释到数据库挖掘的各种强大的在线查询。

1. 连接选定的数据库

library(biomaRt)#listEnsemblArchives()
#listEnsemblGenomes()# lists the available BioMart databases hosted by Ensembl
listEnsembl()
# 连接选定的数据库
ensembl <- useEnsembl(biomart = "genes", mirror = 'asia',dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

2. 选定数据集

# 数据库中的数据集
datasets <- listDatasets(ensembl)head(datasets)
# 查询数据集
searchDatasets(mart = ensembl, pattern = "hsapiens") #hsapiens_gene_ensembl# 选定数据集
ensembl <- useDataset(dataset = "hsapiens_gene_ensembl", mart = ensembl)

3. 下载转录本信息

可以进行ENSG ID 转化基因名（symbol），含有转录本长度等。

# 下载转录本信息
my_ensembl_gene_id <- c("ENSG00000000003","ENSG00000000005","ENSG00000000419","ENSG00000000457","ENSG00000000460","ENSG00000000938")# listAttributes(mart = ensembl)
hg_symbols<- getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','hgnc_symbol',"chromosome_name", "start_position","end_position", "transcript_length","band"), filters= 'ensembl_gene_id', values = my_ensembl_gene_id, mart = ensembl)

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1. 连接选定的数据库

2. 选定数据集

3. 下载转录本信息

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