二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求;另外还需要统计reads数量、base数据量、q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标;

在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快
kseq.h下载地址:

fastq_stat.c文件内容

#include <zlib.h>
#include <stdio.h>
#include <string.h>  #include "kse

使用C语言快速统计fastq文件q20、q30、GC含量相关推荐

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