lammps教程：聚合物压缩，避免“bond atoms missing”

本文介绍聚合物的压缩方法。
lammps模拟聚合物体系时，最常见的一个错误是“bond atoms missing”,其中一个原因是建模方法不对。
这个原理在之前的专栏文章中已经详细介绍。
如果使用ms建模，聚合物的链会伸出到盒子外面，在导出data文件后，盒子外面的原子被周期性算法折叠进盒子对面，这就造成了边界附近的bond原子可能被分布到了盒子的两侧。

如果这种结构需要增加真空层、改变边界条件或者和其他结构组合到一起，都会造成边界处的键被拉长或者切断，从而造成“bond atoms missing”错误。
解决这个问题的原则只有一个：导出data时确保所有的bond原子没有跨越边界。
使用packmol或者moltemplate建模，基本不存在这个问题，如果使用ms建模，可以在导出data前去掉盒子

这样也存在一个问题，因为扩大了box范围，导致聚合物内部空隙过多，并且各个方向的尺寸无法精确控制。
并且，这个data文件不能使用npt系综进行压缩，npt系综必须使用周期性边界，在压缩时，bond原子同样会移动到对面的边界。

所以，最好的解决办法是使用一个反射墙墙进行压缩，设置一个反射墙墙既可以实现压缩效果，也可以组织原子跨越box边界移动到对面。

压缩完成后，可以任意改变box尺寸或者和其他模型合并。
如，增加真空层后进行聚合物的摩擦：

增加壁面原子进行流体模拟：

或者是界面吸附：

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