lammps教程：delete_atoms删除原子后原子ID不连续的两种解决方案

大家好，我是小马老师。
使用lammps自带命令建模时，有时候会用delete_atoms命令删除部分原子，但是在删除原子后，lammps并不一定会重新分配原子的ID，造成data文件中的原子ID序号不连续。
使用velocity命令进行温度初始化时，会提示“Atom IDs must be consecutive for velocity create …”错误。
错误的主要原因就是因为删除原子后，原子ID序号不连续。
针对这个问题，官网给出两种解决方案。

对于纯原子体系，保持compress属性为yes
对于不含有键、角的纯原子体系，在使用delete_atoms命令时保正compress属性为yes。
Compress yes对删除部分原子后的剩余原子进行编号压缩，保证ID连续不间断。
这个属性默认是yes状态，所以下面的两句命令效果是一样的：

delete_atoms region del compress yes
或
delete_atoms region del

Compress发挥作用的前提是atom_style不为full类型。
对于金属体系来说，一般原子类型为atomic，在使用delete_atoms会默认进行ID重新排列，因此，不会出现velocity错误提示。
如以下代码，原子类型为atomic，删除Cu底部原子后，剩余8个原子编号仍然为1-8：

units    metal
boundary    p p f
atom_style  atomic
lattice fcc 3.61
region  box block 0 2 0 2 0 2
create_box  1 box
create_atoms    1 box
region  del block INF INF INF INF INF 1
mass    1 64
write_data  Cu.data

对于含键角体系，使用reset_atom_ids命令
对于包含键、角的体系，如atom_style full类型，compress yes不起作用。
这时候就需要用到reset_atom_ids命令。
下面对full类型下，使用以及不使用reset_atom_ids命令的建模结果进行对比。

units               metal
boundary            p p f
atom_style          full
lattice             fcc 3.61
region              box block 0 2 0 2 0 2
create_box             1 box
create_atoms        1 box
#删除下部Cu原子
region              del block INF INF INF INF INF 1
delete_atoms        region del
mass                1 64
write_data          Cu.data

打开Cu.data文件后会发现，data文件包含8个原子，原子的ID是19-32，并且也不连续。

添加reset_atom_ids命令后，代码如下：

units    metal
boundary    p p f
atom_style  full
lattice fcc 3.61
region  box block 0 2 0 2 0 2
create_box  1 box
create_atoms    1 box
region  del block INF INF INF INF INF 1
delete_atoms    region del
mass    1 64
reset_atom_ids
write_data  Cu.data

再次打开Cu.data文件，此时原子ID已经重新进行了编号，ID编号1-8，完美解决这个难题。

总之，如果体系不包含键、角信息，使用delete_atoms compress yes命令不会造成原子ID不连续。
如果体系为包含键角的full类型，在删除原子后，需要使用reset_atom_ids命令对原子ID进行重新编号。
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