前言

在小编的上一篇文章里，主要介绍了利用python对包含多条蛋白质序列的fasta文件的拆分，其实小编做这一步就是因为有一些生物软件在跑特征的时候，需要一条一条的输入蛋白质序列，比如利用PSIPred得到蛋白质的二级结构的时候。今天小编依然和大家分享一下我在做东西的时候碰到的一些值得记录的过程。
今天的分享主要是在linux系统中利用Python对每条蛋白质序列循环计算得到其对应的二级结构（SS）和溶剂可及性面积（RSA），用到的软件是PSIPred和ASAquick，

一、ASAquick安装

下载所需要的包，链接：http://mamiris.com/ASAquick/GENN+ASAquick2.tgz
两种方法：在windows系统中，可以在网页中下载下来，并借助Xftp将压缩包传到linux系统中；直接使用下面的命令在linux中下载。（注：小编将压缩包放到了“/home/ASAquick/GENN+ASAquick.tgz”这个路径下）

 wget http://mamiris.com/ASAquick/GENN+ASAquick2.tgz#(wget+空格+链接)

在linux中对下载的压缩包进行解压
直接上代码，不过要记得哦，现在操作的应该是有这个压缩包的路径，在小编这里就是“/home/ASAquick”

tar zxvf GENN+ASAquick.tgz

回撤

解压之后进入到ASAquick文件中，并进行安装，这两步很简单，小编就不赘述了

cd GENN+ASAquick
./install

至此，你的ASAquick就整好了，可以用了，在任何路径下输入ASAquick filename.fasta文件就可以得出来结果了，这里的filename.fasta如果没有在当前的操作目录下，记得加上路径，输出的结果会是一个文件夹，保存在当前操作的目录下

举个简单的操作例子，小编的数据路径是“/home/DNA-binding/all_data/New_D31/3wpcA.fasta”，小编想保存到“/home/DNA-binding/all_data”中

cd /home/DNA-binding/all_data
ASAquick /home/DNA-binding/all_data/New_D31/3wpcA.fasta

利用Xftp找到/home/DNA-binding/all_data路径，就可以发现存放结果的文件夹了：

或者直接通过ls命令查看：

ASAquick的安装使用就是这样了，简单总结一下：下载、解压、安装、测试，还是很简单的呢！

二、利用Python跑多条序列

2.1 准备数据

上一篇文章我们已经拆分好文件了，小编将文件放到了’/home/DNA-binding/all_data’路径下了，利用ls命令查看一下，是6个文件夹：

打开其中一个查看一下，是多个fasta文件，每个文件中都是一条序列：

2.2 Python循环调用ASAquick的溶剂可及性

在这里小编需要说一下，其实压缩包中有介绍跑多条序列的文件，但是小编想要按照自己之前的思路做一下，感兴趣的小伙伴可以仔细阅读一下readme哦

思路：遍历每个文件中的每一条序列，dirname存放7个文件夹的路径，seqname用于存放指定文件夹下的所有文件名称，seq_file为当前遍历到的fasta文件，运用ASAquick name.fasta进行结果输出，在这一步之前打开指定的文件（即7个中的一个）

import os
path = '/home/DNA-binding/all_data/'#数据集路径
filenames = os.listdir(path)#读取path目录下的所有目录和文件名称存放到filenames中
file_count = 0#file_count用于计算path路径下所有目录和文件的个数
dirname = []#dirname用于存放path目录下所有目录的路径，即文件夹路径
for i in range(0,len(filenames)):file_count += 1if os.path.isdir(path+filenames[i]):dirname.append(path+filenames[i])#此时，dirname中已经存放了所有文件的路径
for i in range(len(dirname)):seqname = os.listdir(dirname[i])savepath = 'cd '+dirname[i]+';ASAquick'#'cd '+dirname[i]+'表示要将结果保存到的路径位置，ASAquick为执行命令for j in range(len(seqname)):seq_file = dirname[i]+'/'+seqname[j]os.system('%s %s'%(savepath, seq_file))

2.3 Python循环调用PSIPred得二级结构

这个软件中有两个脚本可以调用，一个是基于序列比对的./runpsipred，另一个是不用序列比对的./runpsipred_single
命令调用和ASAquick相同./runpsipred name.fasta或者./runpsipred_single name.fasta，但是需要注意的是这两个需要在存放这个脚本的路径下进行。依旧是一条一条跑，python程序如下：
代码如下（示例）：

import os
path = '/root/psipred/ourdata/'#存放数据的路径
filenames = os.listdir(path)#读取path目录下的所有目录和文件名称存放到filenames中
file_count = 0#file_count用于计算path路径下所有目录和文件的个数
dirname = []#dirname用于存放path目录下所有目录的路径，即文件夹路径
for i in range(0,len(filenames)):file_count += 1if os.path.isdir(path+filenames[i]):dirname.append(path+filenames[i])
for i in range(len(dirname)):seqname = os.listdir(dirname[i])for j in range(len(seqname)):seq_file = dirname[i]+'/'+seqname[j]os.system('%s %s'%("cd /root/psipred;./runpsipred_single", seq_file))#命令cd /root/psipred为进入到脚本所在位置路径中，./runpsipred_single seq_file为利用runpsipred_single脚本做非序列比对的二级结构计算

总结

今天的介绍就到这里了，作为小白的我，希望厉害的大佬们多多指教哦！

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Python+ASAquick+PSIPred蛋白质序列特征计算，ASAquick安装调用（Linux）

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