蛋白质对中可能相互作用域的数目计算
预备知识
关于蛋白质对中可能相互作用域的数目的计算这篇论文
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蛋白质域相互作用数据的准备
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1.首先我们先把数据导入到mysql
CREATE TABLE PFAM
(
DomainAccchar(7) PRIMARY KEY,
DomainId varchar(256),
DomainDesc varchar(256),
InterproIdchar(10)
);
CREATE TABLE GO
(
GoTermchar(10) PRIMARY KEY,
Ontology varchar(256),
GoDesc varchar(256)
);
CREATE TABLE PGMAP
(
DomainAccchar(7),
GoTermchar(10),
PRIMARY KEY (DomainAcc,GoTerm),
);
CREATE TABLE INTERACTION
(
Domain1char(7),
Domain2char(7),
iPfam boolean,
3didboolean,
ME boolean,
RCDP boolean,
Pvalueboolean,
Fusionboolean,
DPEA boolean,
PE boolean,
GPE boolean,
DIPD boolean,
RDFF boolean,
KGIDDI boolean,
INSITE boolean,
DomainGAboolean,
PP boolean,
PredictionConfidencechar(2),
SameGOboolean,
PRIMARY KEY (Domain1,Domain2),
);
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2.获得Gene ontology IDs和论文的uniport id 数据
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代码的设计
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Fri Nov 04 15:40:03 2016
@author: sun
"""
importMySQLdb
import pandas as pd
import re
yeast_gold_protein_pair=pd.read_csv('yeast_gold_protein_pair.csv',usecols=['idA','idB'])
yeast=pd.read_csv('yeast.csv',usecols=['Entry','Gene ontology IDs'],index_col=0)
idA=yeast.loc[yeast_gold_protein_pair.idA,:]
idB=yeast.loc[yeast_gold_protein_pair.idB,:]
idA.index=range(len(idA))
idB.index=range(len(idB))
db =MySQLdb.connect("127.0.0.1","root","123","domine")
cursor = db.cursor()
results=[]
for i in range(len(idA)):
go_a=tuple(re.findall(r"GO:\d{7}",str(idA.loc[i])))
go_a='\',\''.join(go_a)
go_b=tuple(re.findall(r"GO:\d{7}",str(idB.loc[i])))
go_b='\',\''.join(go_b)
sql_a ="select * from pgmap where goterm in ('%s')"% go_a
sql_b ="select * from pgmap where goterm in ('%s')"% go_b
# 执行SQL语句
a=cursor.execute(sql_a)
results_a = cursor.fetchall()
b=cursor.execute(sql_b)
results_b = cursor.fetchall()
if(len(results_a)!=0and len(results_b)!=0):
results_a=tuple(re.findall(r"PF\d{5}",str(results_a)))
results_a='\',\''.join(results_a)
results_b=tuple(re.findall(r"PF\d{5}",str(results_b)))
results_b='\',\''.join(results_b)
sql="select * from interaction where domain1 in ('%s') and domain2 in ('%s')"%(results_a,results_b)
result=cursor.execute(sql)
results.append(result)
else:
results.append(0)
yeast_gold_protein_pair['domain']=results
yeast_gold_protein_pair.to_csv('domain.csv',index=False)
# 关闭数据库连接
db.close()
最后结果
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结论
附件列表
转载于:https://www.cnblogs.com/ahusun/p/6068926.html
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