功能基因多样性研究概述

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不知道各位从事或即将从事微生物群落功能生态学研究的大虾有没有留意到，通过功能基因扩增子测序技术研究微生物群落功能的文章，一般多会将测序获得的核酸序列通过特定软件翻译成氨基酸序列后，再进行聚类、组成、比较、差异、关联和进化等一系列分析。

比如这篇文章：

DOI:10.1038/ismej.2017.97

或者这篇：

DOI:10.3389/fmicb.2016.01894

又或者这篇：

DOI:10.1111/1462-2920.12366

那么问题来了，为什么功能基因扩增子测序可（hai）以（yao）使用氨基酸序列做分析呢？原因有如下几点：

功能生态学关注的是功能类群的多态性
对核酸序列进行有效翻译后可以进一步降低分析数据的复杂度
提高功能基因的分辨率
序列翻译过程中能够去除（矫正）4种错误序列

嵌合体序列

测序带来的插入/缺失导致的移码突变（Frame shift）

包含终止子的序列

非目的功能基因序列

因此，功能基因使用氨基酸序列分析相较于使用核酸序列分析优势尽显！

怎么做呢？Follow me！

下面小美就给大家隆重介绍一下结合科研前沿自主研发的功能基因使用氨基酸序列分析的思路！

本方案整体的分析流程如下所示

查看全文

http://www.taodudu.cc/news/show-160435.html

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