NCBI dbGap数据下载记录

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准备项：PI账号。

下载和安装软件wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.1/ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz

解压：tar zxf ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz

安装：sh ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh

添加到环境变量：

echo ‘PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/’ >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

测试 ascp --help

使用conda安装sra-tools

conda install -c bioconda sra-tools

下载表型数据

使用ascp客户端，照着dbGaP的指示操作，然后更改程序或配置文件路径即可（也可以使用krt文件下载）

在My projects里面下载解密秘钥，加载秘钥文件
vdb-config --import ？.ngc
切换到Repository文件夹下，运行解密命令，直接解密文件夹
vdb-decrypt
下载RUN数据

cat c1-list | while read row
do
prefetch  -X 200G ${row} -O . > ./c1-log/log.${row}echo "################Download sra finished########################" >> ./c1-log/log.${row}vdb-decrypt --decrypt-sra-files ${row}.sra /NAS/HIV_TCGA/c1/ >> ./c1-log/log.${row}echo "################Decrypt sra finished########################" >> ./c1-log/log.${row}rm ./${row}.sraecho "################Rm sra finished########################" >> ./c1-log/log.${row}done

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