关于文献中二代测序数据下载（NCBI）的问题

现在二代测序用于生物学研究非常广泛，大部分文章的序列会上传到Sequence Read Archive(SRA)上，这东西也属于NCBI数据库中的吧，我理解是。

怎么从文献中下载这些序列呢？

首先在文章中找到作者提供的SRA号，或者SRP号。有的习惯写在材料方法中，有的习惯写在文章的末尾的Acknowlagements里面。本次的例子写在方法里面，如图。

L. Fernández Bidondo 的Detection of arbuscular mycorrhizal fungi …文章中的截图

打开NCBI官网

NCBI

选择SRA搜索文章中的SRA号

搜索结果

在 SRA 数据库中，研究课题的检索号以前缀 DRP、ERP或SRP开头。

样本的检索号以前缀 DRS、ERS或SRS开头。

序列及其质量信息在SRA 数据库中以run为单元存储。run的检索号以前缀DRR、ERR或SRR开头。

我们下载序列，所以点击下面的SRR555942。

点开SRR555942之后的页面

这里面介绍了它的基本信息，下载只需要点击Data access。

Run Browser : Browse : Sequence Read Archive : NCBI/NLM/NIH

Data access页面

大小是63kb，这里面是包含序列信息和质量信息的。右边的链接随便点一个就可以下载了。下载下来之后是这么一个文件。

SRR文件

这个文件是不可以打开的，需要使用官方的fastq-dump将这个文件转换。

官方软件下载

点开之后

Toolkit Documentation : Software : Sequence Read Archive : NCBI/NLM/NIHhttps://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc

这里面提供了这么多软件，我们需要的是fastq-dump软件，prefetch这个软件可以直接从网上下载你要的序列，后面我会从视频中介绍。

点击左边的Dowload

如果是Windows用户就下载最下面这个就可以了。

解压

我们别的都不需要，只需要bin文件夹里的东西，把这个文件夹解压到一个你存放软件的地方就可以了。这时候这里面的软件是不能使用的，我们需要设置工作路径，按下面的步骤来做就行。

这时候应该就可以用了。在你刚刚保存SRR文件的路径上面输入CMD。

输入fastq-dump结果如下，说明路径设置成功了。

输入fastq-dump 你的ssr号

我的有188个序列。

生成的是fastq格式的文件，里面是包含序列质量的。

fastq文件

如果不想要序列质量，只想要序列，你可以输入 fastq-dump 你的文件 --fasta

fasta文件

到此，序列下载结束。

后面我会通过视频来介绍如何用Rstudio来配置环境以及应用生物学常用的工具（不能算是软件吧，脚本吧）。

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