NCBI数据下载-sra
NIBI数据下载-sra
- NCBI数据下载步骤
- 进入NCBI
- 选择需要的数据
- 选择需要的数据
- 查看数据相信信息
- 点击数据连链接，进入下载页面
- 下载并安装SRA Toolkit
NCBI数据下载步骤
NCBI具有强大的功能，今天就sra数据下载为例进行简单的介绍
进入NCBI
百度NCBI官网，点击进入，或者直接搜索链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
选择需要的数据
如下图所示，这里需要根据自己的需要进行选择，然后点击search进行搜索。
选择需要的数据
选择需要的数据，这里我们选择红色圈勾画的数据
查看数据相信信息
点击数据连链接，进入下载页面
点击18.5M的数据链接，下图红色圈勾出的地方
点击数据链接之后，进入下载页面
点击右下角的Accession List进行下载
下载并安装SRA Toolkit
在BCBI首页选择Download
选择Download Tools
找到SRA Toolkit并点击Download
选择需要的版本进行下载
这里以linux下为例进行说明，将下载好的bz包进行解压，使用SRA Tookit 的prefetch进行下载，prefetch 放在sratoolkit文件夹下的bin里，
使用如下命令对数据进行下载，其中SRR_Acc_List.txt在前面已经下载过。sra数据会下载到bin目录下的ncbi/public/sra中。
这里也可以用wget的方式进行下载
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