QIIME 2用户文档. 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch(2018.11)
文章目录
- 前情提要
- 鉴定和过滤嵌合体序列`q2-vsearch`
- 数据下载
- 无参嵌合体鉴定
- 可视化统计结果
- 过滤特征表和序列
- 过滤嵌合体和可疑序列
- 过滤嵌合但保留可疑序列
- Reference
- 译者简介
- 猜你喜欢
- 写在后面
前情提要
- QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程
- 1简介和安装Install
- 2插件工作流程概述Workflows
- 3老司机上路指南Experienced
- 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
- 5粪菌移植分析练习FMT
- 6沙漠土壤分析Atacama soil
- 7差异丰度分析gneiss
- 8数据导入Importing
- 9数据导出Exporting
- 10元数据Metadata
- 11数据筛选Filtering
- 12训练特征分类器Training
- 13数据评估和质控Evaluating
- 14机器学习分类和回归预测Classifier
- 15进行纵向和成对样本比较Longitudinal
鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
Identifying and filtering chimeric feature sequences with q2-vsearch
https://docs.qiime2.org/2018.11/tutorials/chimera/
注:最好按本教程顺序学习,想直接学习本章,至少完成本系列《1简介和安装》。
在QIIME 2中进行嵌合体检验基于FeatureTable[Frequency]
和FeatureData[Sequences]
对象。QIIME 2内嵌了vsearch的Uchime无参(de novo)和有参(reference)去嵌合体流程。对于此过程的细节,详见Uchime的论文和vsearch的帮助文档。(推荐USEARCH软件主页有比较详细的教程,vsearch帮助读起来不方便)
本节使用《6沙漠土壤分析Atacama soil》中的特征表。
数据下载
Obtain the data
mkdir qiime2-chimera-filtering-tutorial
cd qiime2-chimera-filtering-tutorialwget \-O "atacama-table.qza" \"https://data.qiime2.org/2018.11/tutorials/chimera/atacama-table.qza"wget \-O "atacama-rep-seqs.qza" \"https://data.qiime2.org/2018.11/tutorials/chimera/atacama-rep-seqs.qza"
无参嵌合体鉴定
Run de novo chimera checking
qiime vsearch uchime-denovo \--i-table atacama-table.qza \--i-sequences atacama-rep-seqs.qza \--output-dir uchime-dn-out
输入对象:
- atacama-rep-seqs.qza: 代表序列
- atacama-table.qza: 特征表
- uchime-dn-out/nonchimeras.qza: 去嵌合序列
- uchime-dn-out/chimeras.qza: 嵌合序列
- uchime-dn-out/stats.qza: 统计
注:基于参考序列(有参,Reference-based)的嵌合体鉴定方法详见vsearch uchime-ref
可视化统计结果
Visualize summary stats
qiime metadata tabulate \--m-input-file uchime-dn-out/stats.qza \--o-visualization uchime-dn-out/stats.qzv
输入对象:
- uchime-dn-out/stats.qzv
过滤特征表和序列
Filter input tables and sequences
过滤嵌合体和可疑序列
Exclude chimeras and “borderline chimeras”
qiime feature-table filter-features \--i-table atacama-table.qza \--m-metadata-file uchime-dn-out/nonchimeras.qza \--o-filtered-table uchime-dn-out/table-nonchimeric-wo-borderline.qza
qiime feature-table filter-seqs \--i-data atacama-rep-seqs.qza \--m-metadata-file uchime-dn-out/nonchimeras.qza \--o-filtered-data uchime-dn-out/rep-seqs-nonchimeric-wo-borderline.qza
qiime feature-table summarize \--i-table uchime-dn-out/table-nonchimeric-wo-borderline.qza \--o-visualization uchime-dn-out/table-nonchimeric-wo-borderline.qzv
输入对象:
- uchime-dn-out/rep-seqs-nonchimeric-wo-borderline.qza
- uchime-dn-out/table-nonchimeric-wo-borderline.qza
输入可视化结果:
- uchime-dn-out/table-nonchimeric-wo-borderline.qzv
过滤嵌合但保留可疑序列
Exclude chimeras but retain “borderline chimeras”
qiime feature-table filter-features \--i-table atacama-table.qza \--m-metadata-file uchime-dn-out/chimeras.qza \--p-exclude-ids \--o-filtered-table uchime-dn-out/table-nonchimeric-w-borderline.qza
qiime feature-table filter-seqs \--i-data atacama-rep-seqs.qza \--m-metadata-file uchime-dn-out/chimeras.qza \--p-exclude-ids \--o-filtered-data uchime-dn-out/rep-seqs-nonchimeric-w-borderline.qza
qiime feature-table summarize \--i-table uchime-dn-out/table-nonchimeric-w-borderline.qza \--o-visualization uchime-dn-out/table-nonchimeric-w-borderline.qzv
输入对象:
- uchime-dn-out/table-nonchimeric-w-borderline.qza
- uchime-dn-out/rep-seqs-nonchimeric-w-borderline.qza
输入可视化结果:
- uchime-dn-out/table-nonchimeric-w-borderline.qzv
Reference
Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet C, Al-Ghalith GA, Alexander H, Alm EJ, Arumugam M, Asnicar F, Bai Y, Bisanz JE, Bittinger K, Brejnrod A, Brislawn CJ, Brown CT, Callahan BJ, Caraballo-Rodríguez AM, Chase J, Cope E, Da Silva R, Dorrestein PC, Douglas GM, Durall DM, Duvallet C, Edwardson CF, Ernst M, Estaki M, Fouquier J, Gauglitz JM, Gibson DL, Gonzalez A, Gorlick K, Guo J, Hillmann B, Holmes S, Holste H, Huttenhower C, Huttley G, Janssen S, Jarmusch AK, Jiang L, Kaehler B, Kang KB, Keefe CR, Keim P, Kelley ST, Knights D, Koester I, Kosciolek T, Kreps J, Langille MG, Lee J, Ley R, Liu Y, Loftfield E, Lozupone C, Maher M, Marotz C, Martin BD, McDonald D, McIver LJ, Melnik AV, Metcalf JL, Morgan SC, Morton J, Naimey AT, Navas-Molina JA, Nothias LF, Orchanian SB, Pearson T, Peoples SL, Petras D, Preuss ML, Pruesse E, Rasmussen LB, Rivers A, Robeson, II MS, Rosenthal P, Segata N, Shaffer M, Shiffer A, Sinha R, Song SJ, Spear JR, Swafford AD, Thompson LR, Torres PJ, Trinh P, Tripathi A, Turnbaugh PJ, Ul-Hasan S, van der Hooft JJ, Vargas F, Vázquez-Baeza Y, Vogtmann E, von Hippel M, Walters W, Wan Y, Wang M, Warren J, Weber KC, Williamson CH, Willis AD, Xu ZZ, Zaneveld JR, Zhang Y, Zhu Q, Knight R, Caporaso JG. 2018. QIIME 2: Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science. PeerJ Preprints 6:e27295v2 https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.27295v2
译者简介
刘永鑫,博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组数据分析和植物微生物组。QIIME 2项目参与人,目前发于论文12篇,SCI收录9篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章500+篇,代表博文有《扩增子图表解读、分析流程和统计绘图三部曲》,关注人数3.5万+,累计阅读500万+。
猜你喜欢
- 10000+: 菌群分析
宝宝与猫狗 提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大 Cell微生物专刊 肠道指挥大脑 - 系列教程:微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组
- 专业技能:生信宝典 学术图表 高分文章 不可或缺的人
- 一文读懂:宏基因组 寄生虫益处 进化树
- 必备技能:提问 搜索 Endnote
- 文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
- 扩增子分析:图表解读 分析流程 统计绘图
- 16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
- 在线工具:16S预测培养基 生信绘图
- 科研经验:云笔记 云协作 公众号
- 编程模板: Shell R Perl
- 生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
点击阅读原文,跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA
QIIME 2用户文档. 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch(2018.11)相关推荐
- QIIME 2用户文档. 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch(2019.7)
前情提要 NBT:QIIME 2可重复.交互和扩展的微生物组数据分析平台 1简介和安装Introduction&Install 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experi ...
- QIIME 2教程. 17鉴定和过滤嵌合体q2-vsearch(2021.2)
鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch Identifying and filtering chimeric feature sequences with q2-vsearch https://do ...
- QIIME 2教程. 17鉴定和过滤嵌合体q2-vsearch(2020.11)
文章目录 鉴定和过滤嵌合体序列`q2-vsearch` 数据下载 无参嵌合体鉴定 可视化统计结果 过滤特征表和序列 过滤嵌合体和可疑序列 过滤嵌合但保留可疑序列 译者简介 Reference 猜你喜欢 ...
- QIIME 2用户文档. 13数据评估和质控Evaluating and controlling(2018.11)
文章目录 前情提要 数据评估和质控`q2-quality-control` 下载数据 基于比对过滤序列 质量评估已知组成的样品 评估序列质量 Reference 译者简介 猜你喜欢 写在后面 前情提要 ...
- QIIME 2用户文档. 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal(2019.7)
前情提要 NBT:QIIME 2可重复.交互和扩展的微生物组数据分析平台 1简介和安装Introduction&Install 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experi ...
- QIIME 2用户文档. 18使用q2-vsearch聚类OTUs(2018.11)
文章目录 前情提要 使用`q2-vsearch`聚类序列为OTUs 下载数据 序列去冗余 特征[频率]和特征数据[序列]的聚类 无参聚类 有参聚类 半有参聚类 Reference 译者简介 猜你喜欢 ...
- QIIME 2用户文档. 17序列双端合并read-joining(2018.11)
文章目录 前情提要 序列双端合并的另一种方法`read-joining` 数据下载 序列合并 查看合并序列的数据质量和摘要 序列质控 Deblur 查看Deblur特征表 导入双端合并的序列 导入序列 ...
- QIIME 2用户文档. 22Python命令行模式(2019.7)
前情提要 NBT:QIIME 2可重复.交互和扩展的微生物组数据分析平台 1简介和安装Introduction&Install 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experi ...
- QIIME 2用户文档. 20命令行界面q2cli(2019.7)
前情提要 NBT:QIIME 2可重复.交互和扩展的微生物组数据分析平台 1简介和安装Introduction&Install 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experi ...
最新文章
- mysql 表的继承,MySQL是否支持表继承?
- JS实现图片放大查看
- 那个博士生以死控告的教授,被ACM撤销了会员资格
- dom选择方法的区别
- 解析xlsx与xls--使用2012poi.jar
- 贺利坚老师汇编课程50笔记:call和ret配合
- hadoop(2.5) 分布式部署
- DeepStyle(第2部分):时尚GAN
- RTMP 两种方式推流:推H.264、ACC和推FLV封装格式
- 微信视频号如何申请认证,流程是什么?
- 如何保证战略落地_如何保障企业战略落地实施
- 西瓜书——支持向量机
- html的u标签去掉文字下划线代码
- C++整型int转字符串string
- 求Geohash编码周围的8个编码
- STM32F4_USMART调试组件
- ECSHOP 银联在线支付 PHP 银联商务
- 动态脑电图(Ambulatory EEG)及其工作过程、数据处理
- 集成经验模态(EEMD)原理详解与python实现
- Windows系列原版系统镜像下载